| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | A→G | 24.9% | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275 → / ← yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | 0 | A | G | 24.9% | 88.3 / 11.1 | 63 | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/23); new base G (11/5); total (33/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2211168‑2211444 | ggtggtttGCTGTGTTGTGGTGTTGTAGTCGGGGCTGGGTTAGATGTCATGTTACTGTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatg < 2:536415/134‑1 (MQ=11)ggggcggtGCGGTGGTGTGGTGTTGTTGGGGGGTTTGGGGGGGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatg < 2:552875/133‑1 (MQ=14) gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttg > 1:534980/1‑140 (MQ=255) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGGCTTGGTGTAGTGCTATGGTGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTGGTGGCCGGGgtggtgttgat > 2:639717/1‑140 (MQ=11) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTATTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGGCTTGCTGTAGTGCTATGGTGTGGCGTCGCGGTGAGATGGTGTTATAGGCGGGTttggtggtgag > 2:452432/1‑139 (MQ=11) gCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCAGGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTGTGGGCTGGTttggtgaggatggc > 2:601889/1‑138 (MQ=14) gCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGCGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGTCCGTTTTTGTGTTGATGcc > 2:364763/1‑140 (MQ=14) cGGTGTTGTGGTGTTATAGACAGGTCTGGCGTTGAGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCGCGACGCGAGTTGATGTAGCGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTAGGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCa < 1:615616/140‑1 (MQ=18) cGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCa > 1:244314/1‑140 (MQ=255) ggtgttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCCACGAGGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACTGAGttggtgttgatgtaat > 2:177484/1‑136 (MQ=11) tgttatggtgttgtAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGt < 1:112634/140‑1 (MQ=255) tatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAc > 1:343239/1‑140 (MQ=255) ggtgttatCGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCGTGTTAGttt > 1:408861/1‑140 (MQ=17) gACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTCCCACGATGCGCCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTTCTTTGATGTGCTg > 1:125740/1‑140 (MQ=255) aCAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTgg > 1:212685/1‑140 (MQ=255) gTTTGGGGGTCATGCCAGGTCACCTTGTTGTGCTGGTCCCATGACGCGCCTGGATGTAGTGCGATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCt < 2:244314/140‑1 (MQ=14) gTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCGATGTTACTTTTATGTGCTGGTGCTACGATGc > 1:474748/1‑140 (MQ=255) gTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGCTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGc > 1:516468/1‑140 (MQ=255) gATGCCATGTTACTTTGCTGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTGGATGTCCTGTGAGTGTGATGTGCTGGTGCTACGATgagag > 2:306305/1‑139 (MQ=14) gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTGCGATGCGAc > 1:573527/1‑140 (MQ=255) gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGGGTTATGGTGTTATAGACCAGTTTCGGGTTGATGTCACGCTATTTCGATTTTCTGATGTTGCGGTGGGAc > 2:670080/1‑140 (MQ=14) gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCAATGATGTGGAATTGCGGTGTTATGGGGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGGGCTACGATgggga > 1:19011/1‑136 (MQ=14) gtcATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTg < 1:178221/138‑1 (MQ=255) gCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATCGACCGGCGTGGTGTTGTGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGGGACGTg > 1:226486/1‑140 (MQ=14) cATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGAt < 2:319764/140‑1 (MQ=255) tGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGCTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGGGTTGATGCCGTGTCGTTTTGATGCGCTGGTGCTATGTTGCgacgtgacgt > 2:546497/1‑140 (MQ=14) aCTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGGTGGTGCTACGATGCGACTTGATgtggtg > 1:585727/1‑140 (MQ=255) ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGTCTTGCTGTAGTGCTa > 1:436525/1‑140 (MQ=255) gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatg > 1:451594/1‑140 (MQ=255) tgtgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTAGGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTGTGTTGCTatgat > 1:285045/1‑140 (MQ=255) tgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGCGATGTTAGTTTGATGTGCTGGGGCTACGACGCGACGTGATGTAGTGCTATGAtgt > 2:327636/1‑140 (MQ=11) cTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGGGTTGATGCCATGCTAACAACTGGTTCGGGTGCTCCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAtgtag > 2:312806/1‑138 (MQ=11) cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGGTGTTGCTGTGCTGCTGGTCTGATGTGCTGGTGTTGCGATGCGACGTGGTGTCGTGCTATGAtctgc > 2:139396/1‑139 (MQ=14) ggTACCACGGTGCGTCTTGGTGTAGTGTCATGGTGTGGCATTGCGGCGTTATGGTGTTATAGACCGGTCTGGCGTTCATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCg < 2:590899/140‑1 (MQ=11) gttccACGATGCGTCTTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCCTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGt < 2:626093/137‑1 (MQ=11) aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTg > 1:506937/1‑140 (MQ=255) ccACGATGCGACTTTATGTAGGGTTATGATGTTGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgc < 1:201264/140‑1 (MQ=255) cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGGCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcg > 1:146183/1‑140 (MQ=255) cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgtg > 1:179259/1‑138 (MQ=255) cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcg > 1:101097/1‑140 (MQ=255) attaTGCGACTGGATGTAGTGCTGTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcgc < 1:186364/137‑1 (MQ=255) aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcgc < 1:616596/140‑1 (MQ=255) cGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGGTGCGCt > 1:115458/1‑140 (MQ=255) ttttgctttGATGGAGTGCTATGATGTGGCATTGGGTTGTTATGGTGTTATAGACGGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt < 1:104624/133‑1 (MQ=14) aTGTGACTTGATGTATTGTTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAGCGGTTTGATGTAGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt < 1:402911/140‑1 (MQ=17) aTGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCGACGATGCGACGTGATGTCGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt > 2:619037/1‑140 (MQ=11) tGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt > 1:186648/1‑140 (MQ=255) tGCGACGTGATGGAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt < 1:241043/140‑1 (MQ=255) tcGACTTCGTGTAGTGCTATGGGGTTGCCTTGCTGTTTTGTGGTGTTGTTGTGCGGGTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTa < 2:158038/139‑1 (MQ=17) gtgttttGGTGTAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTGTAGTCCGGGTTGGTGGTGATGCCATGTTACTTTCATGTGCTGGTGCGACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTa < 2:356849/135‑1 (MQ=14) gCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTTGCAGTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTa < 1:416487/140‑1 (MQ=255) cGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTATGATGTGCTGGTGCTACGATGGGACGTGGTGTAGTGCTATGAGGCGGCGTTGCGCTGTTAt > 2:566330/1‑140 (MQ=17) cTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgt < 1:392541/140‑1 (MQ=255) tGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTCGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCGACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTtat < 1:215582/140‑1 (MQ=255) tGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGTTGCGTGGTGACTACCAGGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCa < 1:327636/140‑1 (MQ=17) atgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGGCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGtt < 1:417160/140‑1 (MQ=255) tttgGTATTGTGGCGTTGTGGTGTTGTTATGCGGGTTGTGGGTGATGCCATGGTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGgt < 2:590929/138‑1 (MQ=14) tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTGACTTTGATGTGATGGTGGGACGAGGCGACGTGATGTAGTGCTGTGATGTGGCGTTGAGCTGATATGGTGTTATGGCCGGGTTgggg > 2:394096/1‑139 (MQ=14) tgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGATGTTATGGTGTGACAGGCAGGTGTGgggt > 2:66834/1‑140 (MQ=17) cgctgttgtgttgtggtgttgtTGACGGGGCTGGGGGTGATGCCATGCTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa < 1:62771/133‑1 (MQ=17) gCGGTGTTATGGTGTGAGAGTCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTGTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTc < 1:243132/140‑1 (MQ=255) ggtgttatggtgttatTGGGCGGTTTGTTGGTGATGCCATGTTCCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTGATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCAt < 2:363748/140‑1 (MQ=18) ttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGAGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 1:444930/140‑1 (MQ=255) tgatgctgttgtGGGCCGGTGTGGTGTTGAGGCCATGTTACTTGGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 2:285045/138‑1 (MQ=18) tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGAGGTCATGCCGTTa > 2:157362/1‑140 (MQ=255) tggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGGTGCGACTTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCGTGGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTGTGGTGTGGGTGTCGTgttacta > 2:392579/1‑134 (MQ=11) gtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACg < 1:639717/140‑1 (MQ=255) gtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACg < 1:102936/140‑1 (MQ=255) gtgttatAGACCGGTCTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACg < 1:452432/140‑1 (MQ=255) aCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTGTGATGTGCTCGTGCTCCACCGCGACCTTATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa < 1:511186/140‑1 (MQ=25) tgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGCTTCTATGATAtgttg > 1:195291/1‑140 (MQ=255) tgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTCTGATAtgttg > 1:287638/1‑140 (MQ=255) tgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttg > 1:200848/1‑140 (MQ=255) gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttgt > 1:176016/1‑140 (MQ=255) gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttgt > 1:648738/1‑140 (MQ=255) atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt > 1:574068/1‑140 (MQ=255) | GTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2211168‑2211444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |