| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,328,291 | G→A | 6.4% | A458V (GCA→GTA) | lacE ← | PTS system lactose‑specific EIICB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,328,291 | 0 | G | A | 6.4% | 207.9 / 3.1 | 72 | A458V (GCA→GTA) | lacE | PTS system lactose‑specific EIICB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/31); new base A (3/2); total (38/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGCTGCCGCTTTCACTGGCACATGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGAATTTCACTATCATAAACTTT > USA300TCH1516_ALE/2328157‑2328430 | cAGCTGCCGCTTTCACTGGCNCATGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTGTGTTCTGTGATATTTGAAGCTGTAGATGCATCg > 1:600932/1‑140 (MQ=255)cAGCTGCCGCTCTCACTGGCACATGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCg < 1:230444/140‑1 (MQ=255) gCTGCCGCTTTCACTGGCACATGCTTTTCATCCGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTACATCGTc > 2:503640/1‑140 (MQ=255) gCTGCCGCTTTCACTGGCACATGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCAGTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTc > 1:298892/1‑140 (MQ=255) gCTGCCGCTTTCACTGGCACATGATACTCTTCAGCGGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTACATCGTc > 2:503839/1‑140 (MQ=255) cTGCCGCTTTCACTGGCACATGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCt > 1:525491/1‑140 (MQ=255) gcgtgCACCTGATATTCTTCAGCCGCTTTATTGAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTACGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCATTAGACCCATCTTCTGATACACCACt < 2:86804/136‑1 (MQ=255) tGGCACATGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTg < 1:231048/140‑1 (MQ=255) gCACATGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGcc > 1:365281/1‑140 (MQ=255) gCACATGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGcc > 1:329162/1‑140 (MQ=255) caTGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCt < 1:566747/140‑1 (MQ=255) caTGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCt < 1:299396/140‑1 (MQ=255) cAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTATGATACACAACTTGCCGCTCAAACTGACTCa > 1:693214/1‑140 (MQ=255) tctcctTTATTGGGGGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCAACACCGGCACTAAGTACTAATACATTTGTTTGTTCTGTTATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGc < 2:493150/136‑1 (MQ=255) gctgctTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGc < 2:42597/140‑1 (MQ=255) gctgctTTATGAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGc < 2:442578/140‑1 (MQ=255) ctgctTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGCCATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTCCCGCTCACATTGAATCAGCt > 1:106714/1‑140 (MQ=255) tgctTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGCTACACCACTTGTCGCTAAAATTGAATTAGCtt > 2:79416/1‑140 (MQ=255) tgctTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGACACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCtt < 1:452455/140‑1 (MQ=255) tgctTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACAACCACCGGCACAAAGTACTAAGACGTTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTTCCGCTAAAATTGGATCAGCtt > 1:671730/1‑140 (MQ=255) gTGCATTGGCTAATAATCCTCTTGTCCCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCa < 2:700793/140‑1 (MQ=255) gTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCa < 2:298892/140‑1 (MQ=255) cATTGGCTAATAATTCACTTGTAGCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAg < 2:8116/140‑1 (MQ=255) aTTGGCTCAAAATCGGCTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGt < 2:417499/140‑1 (MQ=255) gCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTtgc > 1:315293/1‑140 (MQ=255) cTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACCCCACTTGCCGCTAAAATTGACTCAGCCTTTTTCGCATCAACGTTtgct > 1:429994/1‑140 (MQ=255) taataaTCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTACATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTtgctg < 1:503640/140‑1 (MQ=255) taataaTCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTACATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTtgctg < 1:503839/140‑1 (MQ=255) aatattCGAGTTGTACCACCACCGGCACAATGTACTAATACATGTTTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTtgctgc < 2:389899/140‑1 (MQ=255) ttCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGCTACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACt < 2:381466/139‑1 (MQ=255) atCCACTTGTACCACCCCCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACt < 2:517407/140‑1 (MQ=255) tCCTCTTGCTCCACCACCGGCACAAAGTACTACGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGACGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACtt < 2:600932/140‑1 (MQ=255) tCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTtgctggcacga > 1:322485/1‑134 (MQ=255) tCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACtt < 2:518711/140‑1 (MQ=255) ccACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACttt > 2:292214/1‑140 (MQ=255) cACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACtttt < 1:345441/140‑1 (MQ=255) cTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTCATCTTTGAAGCTCTAGCTACATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTCACATTGAATCTGCTTTTTTCGTATCACACTTTGCTCCAACttttta > 2:462928/1‑139 (MQ=255) gTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATTGACCGTTTCTCCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCttt > 1:328582/1‑140 (MQ=255) gTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCttt > 2:388971/1‑140 (MQ=255) gTACCACCAACGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTGTTTCGTATCGAAGTTTGCTGCAACTTTTTCttt > 1:646730/1‑140 (MQ=255) tACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCtttt < 2:329162/140‑1 (MQ=255) tACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCtttt > 1:434809/1‑140 (MQ=255) accaccaccGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTa > 1:539246/1‑140 (MQ=255) accaccaccGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTCTTTTCGTATCAAAGCTTGTTGCAACTTTTTCttttt > 2:113470/1‑139 (MQ=255) ccaccgccGGCGCAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTGCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTaa < 2:306506/140‑1 (MQ=255) accaccGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGCTATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTTCTGCAACTTTTTCTTTTattt > 2:366886/1‑137 (MQ=255) caccGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAACTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCt > 1:225497/1‑140 (MQ=255) ggCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGACGCTTTAGCTGCATCGTCTGCTACGTCACTTGCCTGGAAGATTGAATCATCTTTTTTCGTATCACAGTTTGTTGTAACTTTTTCTTTTAAATCTGAAt < 2:571680/140‑1 (MQ=255) cacaAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGCAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCATAGTTTGCTGCACCTTTTTCTTTTAATTCTGACTTa > 2:137599/1‑140 (MQ=255) cacaAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGCATTa > 1:182761/1‑140 (MQ=255) actaattACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTAc < 1:314883/134‑1 (MQ=255) aaaGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTActt < 1:336061/140‑1 (MQ=255) tAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTAc < 1:368143/140‑1 (MQ=255) tAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTAGTATCAAAAACTGCTGCGAGTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTAc > 1:511608/1‑140 (MQ=255) aGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGt > 1:30516/1‑140 (MQ=255) acacTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTcc < 2:635708/140‑1 (MQ=255) aCATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTACATCCGAATTACGTTCTTTACGTcc > 1:260767/1‑140 (MQ=255) atgtctttgttCTGTTTTATTTTAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATAGACCACTTTCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCctt < 1:155981/135‑1 (MQ=255) aTTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCctt < 1:639944/140‑1 (MQ=255) tttgttCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATTTGAATTACTTTCTTTACGTCtttttttt > 2:205678/1‑138 (MQ=255) gtgATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCACCTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCTTCCAg > 1:361498/1‑140 (MQ=255) tgATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGa > 2:521438/1‑140 (MQ=255) tgATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGa < 2:569710/140‑1 (MQ=255) tgATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTCCATCAAGa > 1:407259/1‑140 (MQ=255) tatTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGGTACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCACCTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGactc > 1:100841/1‑137 (MQ=255) tGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGAATTTCAc > 1:690082/1‑140 (MQ=255) gAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGAATTTCACt < 1:388971/140‑1 (MQ=255) aaGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGCATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGAATTTCACTa > 1:42418/1‑140 (MQ=255) gCTTTCGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCTCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGAATTTCACTATc < 2:211698/140‑1 (MQ=255) cTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGAATTTCACTATCa < 1:459041/140‑1 (MQ=255) ttAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTTTTCATCAAGAATCTCACTCTtata > 2:679127/1‑140 (MQ=255) ttAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAACTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTCCGTCCTTCTTCTTCCCCCACAATTTCCCCCTCATa > 2:89897/1‑140 (MQ=255) gCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGAATTTCACTATCATAAACttt > 2:366725/1‑140 (MQ=255) | CAGCTGCCGCTTTCACTGGCACATGATATTCTTCAGCTGCTTTATTAAGTGCATTGGCTAATAATCCACTTGTACCACCACCGGCACAAAGTACTAAGACATTTGTTTGTTCTGTGATATTTGAAGCTTTAGCTGCATCGTCTGATACACCACTTGCCGCTAAAATTGAATCAGCTTTTTTCGTATCAAAGTTTGCTGCAACTTTTTCTTTTAAATCTGAATTACTTTCTTTACGTCCTTCTTCTTCATCAAGAATTTCACTATCATAAACTTT > USA300TCH1516_ALE/2328157‑2328430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |