| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,373,715 | C→A | 9.8% | G21C (GGT→TGT) | pbuG ← | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,715 | 0 | C | A | 9.8% | 158.8 / 6.6 | 59 | G21C (GGT→TGT) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/28); new base A (2/4); total (27/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
TGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGA > USA300TCH1516_ALE/2373578‑2373849 | tgctgcTAATGCAGTCGCGACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGc < 1:453643/140‑1 (MQ=255) ctgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATGAGAAAGTTGTGATACCGCCt > 1:338711/1‑140 (MQ=255) ctgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCt > 2:160234/1‑140 (MQ=255) ctgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCt > 2:385886/1‑140 (MQ=255) tgctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTa < 1:155111/140‑1 (MQ=255) gctAATTCAGTCGCTACAAAAATGGCATCTTGGTCCATTATCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGTTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTaa < 2:567667/140‑1 (MQ=255) ctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAg < 2:72579/140‑1 (MQ=255) ctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAg < 1:690308/140‑1 (MQ=255) tGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAACTATAGGCAATAGAGAAGAAAGTTGTGATACCGCCGAAGAttt > 2:627901/1‑140 (MQ=255) gTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTctct < 1:68270/140‑1 (MQ=255) tACAAAAATGGCACCTGGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaa < 1:104601/140‑1 (MQ=255) tACAAAAACGGCACCTTTGTCCATTTTCACATCATCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaa < 1:230826/140‑1 (MQ=255) ctGGCCCCTTCGTCTAATCTCATAGCCTCTGATACGCCCTTAGCACCTCCTAAGCTCAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAACAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGt < 1:296618/139‑1 (MQ=255) ggCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAGACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTc < 2:561963/140‑1 (MQ=255) gCATCTTGCTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAACTATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTcc < 2:258502/140‑1 (MQ=255) aCCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAACATTTCTCTTTTAAAGTTTCTTCCat > 2:561651/1‑140 (MQ=255) cTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCatat > 2:231305/1‑140 (MQ=255) ttttCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAAc < 1:480618/140‑1 (MQ=255) cATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATATGCCATATATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGa < 2:533478/140‑1 (MQ=255) tGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGtttt > 1:679575/1‑140 (MQ=255) gATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGttttt < 2:375228/140‑1 (MQ=255) gATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGttttt < 2:294173/140‑1 (MQ=255) tACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACAGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCa < 2:665526/140‑1 (MQ=255) tACGCCTTTAACAACTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACAGCCTAAGATGTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCa < 2:243296/140‑1 (MQ=255) tACACCTTTAACACCTGATAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGTCTAAATATATGCCATAGATAAGATAATTGTGTTACAGCCTAAGATTTCTCTTGTTAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCa < 2:461629/140‑1 (MQ=255) aCGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCAc > 2:30428/1‑140 (MQ=255) ttAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATgg > 1:69644/1‑140 (MQ=255) atcacCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGAt < 1:275296/138‑1 (MQ=255) cacCTGCTAAGCTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAAGATAGGCCCTAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAATTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGc < 2:194421/140‑1 (MQ=255) acCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGAATACt > 2:79524/1‑140 (MQ=255) tAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACAGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCtttt < 1:606106/140‑1 (MQ=255) aCTTAAAACTTGCGGGCCAACTGCTAAACGATAGGCCACAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTCTTCACGAATGGCTGCGCCttttttt > 1:13424/1‑140 (MQ=255) cTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATCTAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTa < 2:338582/140‑1 (MQ=255) ttAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAACTAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTaa > 2:303350/1‑140 (MQ=255) aaaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATCTAGGCCATCGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGCTTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTCTCGAACTGGAAATAGTTTTTTACGAATGGATGCTCCtttttttcaca > 2:86661/1‑136 (MQ=255) aaaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGCTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTaaaa > 1:524847/1‑140 (MQ=255) cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAATTAcc > 2:200994/1‑140 (MQ=255) cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATAcc < 2:188998/140‑1 (MQ=255) cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATAcc < 2:14669/140‑1 (MQ=255) cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATAcc < 1:686811/140‑1 (MQ=255) ttGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCt < 1:73165/140‑1 (MQ=255) aaCTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGttt < 1:160234/140‑1 (MQ=255) cggCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTCTCGCACTGCAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTGTAAAATACCTTAATAGTTTaa < 1:100140/138‑1 (MQ=255) gCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAata < 1:589589/140‑1 (MQ=255) tAAAATATATGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATc < 2:233639/140‑1 (MQ=255) atatAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTc > 1:367697/1‑140 (MQ=255) atatAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTc > 1:35124/1‑140 (MQ=255) aGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaa > 1:571178/1‑140 (MQ=255) aGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGATCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaa > 1:666867/1‑140 (MQ=255) cATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATaaa > 1:228412/1‑140 (MQ=255) cATAGATAAGAAAGTTGTGATACAGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACATTAATAGTTTAATATCATTCTtaataca > 2:392450/1‑138 (MQ=255) ataataAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTATTTTAAAGTTTGTTTCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACa < 2:472976/140‑1 (MQ=255) tAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATATCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATaaaataaaa > 2:338860/1‑135 (MQ=255) aGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTACTTGTTTAATATCTTTCTTCATAATAAACAATa > 2:344101/1‑140 (MQ=255) aaaGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAACATACCTGAATTTTTTACTATAATTCTGATTAATAAACAGTaac > 2:244011/1‑138 (MQ=255) gTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaa > 2:434505/1‑140 (MQ=255) gTTGTAATACCGACTAAGATTTCTATTTTATAGTTTGTTCCATATATATCGAAATGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaa < 2:392371/140‑1 (MQ=255) ttGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 2:619200/1‑140 (MQ=255) gATACAGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACTAAAAGCGa > 2:580314/1‑140 (MQ=255) | TGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGA > USA300TCH1516_ALE/2373578‑2373849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |