| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,373,809 | A→T | 15.4% | intergenic (‑34/+79) | pbuG ← / ← topB | Guanine/hypoxanthine permease PbuG/DNA topoisomerase 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,809 | 0 | A | T | 15.4% | 137.3 / 13.2 | 62 | intergenic (‑34/+79) | pbuG/topB | Guanine/hypoxanthine permease PbuG/DNA topoisomerase 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/24); new base T (7/3); total (35/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
AACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCAAGTTCTTTAATGCATCTTTAAACGGATTATTGTCTAAACCTTCA > USA300TCH1516_ALE/2373674‑2373942 | aaCTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGttt < 1:160234/140‑1 (MQ=255) cggCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTCTCGCACTGCAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTGTAAAATACCTTAATAGTTTaa < 1:100140/138‑1 (MQ=255) gCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAata < 1:589589/140‑1 (MQ=255) tAAAATATATGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATc < 2:233639/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCaaaa > 2:619200/1‑140 (MQ=255) gATACAGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACTAAAAGCGa > 2:580314/1‑140 (MQ=255) caccTAATATTTCGATTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCCAAATGGAAAATAACAATCACGAATGGCTGCTCCGCGATTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATAATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACttt < 2:315321/138‑1 (MQ=255) ccTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTTAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAACCAATACCAAAAGCGTCCTTTTc > 1:589258/1‑140 (MQ=255) ccTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTATAATACCTTAATTGTTTAATTTCATTCTTTATTAAAATCAATACCAAAAGCATTCTTTTc > 2:410627/1‑140 (MQ=255) cggaGAATTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGGTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCGTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCg < 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1:600316/1‑140 (MQ=255) aaaGTGTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATTGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACt < 2:589525/140‑1 (MQ=255) ttGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACTTTAATTGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGtt > 2:588408/1‑140 (MQ=255) ttGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATTGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCTAACTTTTCTTTTTTCTGATTCAACtttttt > 2:119526/1‑140 (MQ=255) ccATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGAtt > 2:2178/1‑140 (MQ=255) ccATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGAtt > 1:210779/1‑140 (MQ=255) tATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCta > 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2:453441/1‑140 (MQ=255) ggAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCaa > 1:231508/1‑140 (MQ=255) gAAATATGTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTAAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCAAg < 2:52714/140‑1 (MQ=255) gAAATAGTTTTTGACGCTTGGATGCTACGTTTTTTAAAATAACTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCAAg < 2:144278/140‑1 (MQ=255) gAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCAAg < 1:385886/140‑1 (MQ=255) gAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCAAg > 1:704171/1‑140 (MQ=255) aaaaTAATTTTTCACGAAGAGATGATCATTTTTTTAAAATAACTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCAAg < 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< 2:69644/140‑1 (MQ=255) ttttttttAATAGTTTAATATCATTCTTAATACATTTCAATACCATAAGCGTACTTTTCGTTTTTCTGAATCCACTTTTTTTTTTTTTATTTATAACTTCAACTTCTTTAATTCTTCTTTAAACGGATTATTTTCTAAAc > 2:568235/7‑140 (MQ=255) aTACCTTAATTGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCAAGTTTTTTAATGTATCTTTAAATGGATTATTGTCTAAAcc > 2:141795/1‑140 (MQ=255) ccTTGAGAGTTTAATAGCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTGTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATCAATTCAAGTTCTTTAAGGCATCTCTAAACGGATTATTGTCTAAACCTTc < 2:13424/140‑1 (MQ=255) taataTAGTTTAATACCAGTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCAAGTTCTTTAATGCATCTTTAAACGGATTATTGTCTAAACCTTCa < 2:517448/136‑1 (MQ=255) | AACTGCTAAAATATAGGCCATAGATAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAATAAAAAACAATACCAAAAGCGAACTTTTCGTTTTTCTGATTCAACTTTGTTCGATTTTATCTATAAATTCAAGTTCTTTAATGCATCTTTAAACGGATTATTGTCTAAACCTTCA > USA300TCH1516_ALE/2373674‑2373942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |