| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,504,989 | T→C | 10.3% | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_RS12890 → / ← gltT | hypothetical protein/Proton/sodium‑glutamate symport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,504,989 | 0 | T | C | 10.3% | 138.1 / 2.2 | 70 | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_RS12890/gltT | hypothetical protein/Proton/sodium‑glutamate symport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/34); new base C (4/4); total (31/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTT > USA300TCH1516_ALE/2504857‑2505128 | tacatAAACGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGCTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaac < 1:672031/138‑1 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCCTAAAAGTCCCTAACACCCTGCGGTct > 1:67125/1‑139 (MQ=255) tAACAACCTGACGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACt < 1:597372/140‑1 (MQ=255) acaacCTGGGGCCGCTGCGCGCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAATGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTAc < 2:214708/140‑1 (MQ=17) acaacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGGGGTCACTACGCTCCGGTTCGCCTGCGCTGTAGCGCATGCATAAAAGCTCCTCACAACCCGCGGacacccc > 2:567231/1‑137 (MQ=11) acaacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTGTACCGCATGCATAAAAGTCCCTAACACCCTGAGGTccccac > 2:520596/1‑135 (MQ=17) acCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCCTAAAAGTCCCTAACACCCTGCGGTCACTACGCt > 1:35545/1‑140 (MQ=255) acCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAATACCTAACAACCTGAGGTCACTAAGcg > 1:539060/1‑139 (MQ=255) gTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTTCGTTc > 1:561241/1‑140 (MQ=255) tcccTGCTCTCCGGGTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg < 1:379023/137‑1 (MQ=255) cTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACACCCTGCGGTCACTACGCTCCCGTTCGCCt > 2:303622/1‑140 (MQ=255) cTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCGTCGGATCGCCTGCGCCTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACCACGGTCACGTACGCCt > 2:531457/1‑140 (MQ=14) gcTCCGGTTCGCCGGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTgcgc < 1:579859/140‑1 (MQ=255) cTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCGCGACGCGCCCGATCGCCTGGGCt > 2:516124/1‑140 (MQ=14) cGGTTTGCCTTTGGTTTTGCGCATGCATATAAGCTCCTAACATCCTGAGGTCACTACGCTTCGTTTTGCCGGGGCCTTAGCGCACGCCTAAATGCCCCTCACTACCTGCCGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTa < 2:194009/140‑1 (MQ=12) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAgc > 1:486857/1‑140 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatg < 1:498198/140‑1 (MQ=255) gcgcTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgcat < 1:297168/140‑1 (MQ=255) tAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCAGTTGGCATGCGCTTTAGCGCATGCAGAAAAgg > 1:320174/1‑139 (MQ=255) tAGCGCATGCATAAAACCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGc < 1:653394/140‑1 (MQ=255) gcgcATGCATAGAAGCCCCTTACCAGCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTGTAGCGCATGCATAAAAGCCCCCAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGccc < 2:442529/140‑1 (MQ=11) tgcatAAAGGCCCCTTGCTATATGAAGTCACTACGCTTCGGTTCCCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaac < 2:565796/140‑1 (MQ=11) tgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGCGGTCACTACGCGCCCGCTCGCCCGCGCACTATCGCCTGCATAAACGCCCCTtac > 2:559733/1‑140 (MQ=14) tgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCCGAGGTTACTACGCTTCCGATCGCCTACGCCTTAGCGCATGCATTAAAGCCCCTaac > 2:392610/1‑140 (MQ=14) catAAAAGCGCCTCACCACCTGGGATCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACCACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaa < 2:352616/140‑1 (MQ=14) catAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaa < 1:220193/140‑1 (MQ=255) catAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCTGTTAGCCTACGCCTTAGCGCCTGAATCAAACCCCCGtacaa > 2:258290/1‑140 (MQ=14) atAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaac > 1:353208/1‑140 (MQ=255) agtgaaGCCCCTAACTGCCGGAGGTCACCACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaac < 2:586332/136‑1 (MQ=14) tAAACGCCCCTAACCACCTGAGGTCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAAcc < 1:411868/140‑1 (MQ=255) aaaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCaa < 1:7284/140‑1 (MQ=255) cTAACAACCTGACGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGt < 2:560138/140‑1 (MQ=255) tagccacCTGAGGTCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTCGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTa < 2:198314/135‑1 (MQ=255) acaacCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAg > 1:66836/1‑140 (MQ=255) cTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAACGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCCTGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTGGTAAgagact > 1:307902/1‑135 (MQ=17) tGAGGTCACTGCGCTGCGGTCCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCtt < 1:265854/140‑1 (MQ=255) gTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTaaa > 1:239961/1‑140 (MQ=255) tCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAAt < 1:35392/140‑1 (MQ=255) ctctgcGCTTCGGTTCGCCTGCGCGTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATg < 2:291415/135‑1 (MQ=255) cACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATg < 1:516124/140‑1 (MQ=255) aCTACACTTCCGTTGCCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGt < 2:109925/140‑1 (MQ=255) cTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCCTAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTCCGCGCCCGCTCGCCTCCGCCTCAGAGCATGCATAAACTCCCCACACACCCAACCGTTGCCAGGGCCTTCaaacctc > 2:632354/1‑136 (MQ=9) cTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTTCCTATCAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTc < 2:210226/140‑1 (MQ=255) cTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCCAACGTTGTACGGGGCCTTAAATGTc > 1:689044/1‑140 (MQ=255) cGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCCTAAATGTCCCTAACAACCTGGGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCATGGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGa < 2:231227/140‑1 (MQ=18) cGCTTCGGTTAGCCTCTGCCTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGa < 1:259810/140‑1 (MQ=255) cTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATa < 1:112940/140‑1 (MQ=255) cTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACAACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAACTGTccggta > 1:267662/1‑135 (MQ=255) ttCGGTTCCTCTTCGCTTTCGCGTATGCATAAAAGTCCCTAGCAACTTGAGGTCGCTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTCACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAg < 2:212666/140‑1 (MQ=21) tggTTCGGGTGCGTGTTAGGGCACGCATAAAAGTCTCTAACAGCTGGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGAGCTTTAGCGCATGCATAAAAGACGCGAACATCCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTa < 2:151576/139‑1 (MQ=18) cGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTa < 1:480128/140‑1 (MQ=255) ggTTCCCCTGCGCTGTAGCGCATGCATAAAAGGCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCGTACATGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAt < 1:666090/140‑1 (MQ=18) ttatgCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAACGTCAGATAGTAtt > 2:131279/5‑140 (MQ=255) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAtt > 1:376495/1‑140 (MQ=255) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCACCTGCGCTTTAGAGAAAACATAAAAGCCCCTAACAACCCAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAtt > 1:488443/1‑140 (MQ=18) gTTCGCCTGCGCCTTAGCGCATGCATCCAAGTCCCTCACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTACACTTTAACGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGCTGTAAGGGGCTTTCAATGTCAGATAATAtt > 1:279348/1‑140 (MQ=18) cGCCTGCTCGGTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAttttt < 1:30141/140‑1 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTGAGGGGCTTTGACTGTCACATAGTATTTTTTa > 1:126693/1‑140 (MQ=255) tgcTATAGCGCCTGCATGAAACTCCCTAACAACCTGATGTCTCTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAAtt < 2:33266/139‑1 (MQ=25) cgcTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAAtt < 2:676546/140‑1 (MQ=255) cgcTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAAtt < 1:569754/140‑1 (MQ=255) cgcTGTGGCGGATGCATAGAGGTCCCTAACGACGTGGGGGCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCAGAAAAGCCTCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAAtt < 2:608621/140‑1 (MQ=25) gcgtATGTATTATAGTCCTTTTCATCCTTAGGTCACTACGCTTCCGTTCGTCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAATCAAAGGTTGTAAGGTGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTa < 2:272948/140‑1 (MQ=25) gcgcATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCATCCGTACGCCTGCGCCTTAGCGCATGCATACAAGCCCCTAACAACCAAAGGCTGTACGGCGCATTAAATGTCAGAGAGAAATTTTTAAATTGATGTTa > 2:517832/1‑140 (MQ=18) gcatgcatAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTaaa < 2:239961/140‑1 (MQ=255) gcatgcatAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTCAAATTGATTTTaaa > 2:511675/1‑140 (MQ=255) tgcatAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTCGCGCAAGCATAAAAGCCCCTAACAACCACAGGTCGTAAGGGGCTTTAAATGCCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAatat > 2:95654/1‑140 (MQ=25) tgcatAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAatat > 2:374912/1‑140 (MQ=255) tAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCtt < 2:66836/140‑1 (MQ=255) aaGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGAc > 1:664786/1‑140 (MQ=255) tCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCtt < 1:103560/140‑1 (MQ=255) | TGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTT > USA300TCH1516_ALE/2504857‑2505128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |