| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,755,876 | C→T | 5.4% | A202T (GCG→ACG) | opuD_3 ← | Glycine betaine transporter OpuD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,755,876 | 0 | C | T | 5.4% | 243.4 / 2.8 | 84 | A202T (GCG→ACG) | opuD_3 | Glycine betaine transporter OpuD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/36); new base T (2/3); total (45/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
ATGAACTAATGGCAAATATAACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACAAATACTAAATAACCAA > USA300TCH1516_ALE/2755741‑2756013 | gtGATCTAATGGCAAATATAACAGGGATGGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGCTTCTCTTCCTACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGcacca < 2:318436/139‑1 (MQ=255) gAACTAATGGCAAATATAACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCaccacc < 1:122308/140‑1 (MQ=255) gAACTAATGGCAAATATAACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCaccacc < 1:670234/140‑1 (MQ=255) aaCTAATGGCAAATATAACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCt < 2:277504/140‑1 (MQ=255) cTAATGGCAAATATAACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAGCCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAg < 1:357593/140‑1 (MQ=255) cTAATGGCAAATATAACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAg < 1:18206/140‑1 (MQ=255) cTAATGGCAAATATAACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAg < 1:509241/140‑1 (MQ=255) aTGGCAAATATAACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCaa < 1:460904/140‑1 (MQ=255) ggCAAATATAAACGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATc > 2:14271/1‑140 (MQ=255) ataACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGat > 1:493997/1‑140 (MQ=255) agaaCCGTGATTGTTAATAAGATGGCCGAACGTATAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGat < 2:542753/138‑1 (MQ=255) taACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGata > 1:281268/1‑140 (MQ=255) aCCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGataaa > 2:100888/1‑140 (MQ=255) aCCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGAAATTCAAAGctaaa > 2:176491/1‑140 (MQ=255) ccGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCACAGataaac > 1:681535/1‑139 (MQ=255) cGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGgtaaaca > 2:588698/1‑138 (MQ=255) cGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGataaata > 1:258392/1‑140 (MQ=255) tGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGatat < 2:581397/140‑1 (MQ=255) taataaAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGTACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTa > 2:90495/1‑140 (MQ=255) taataaAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGTACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTa > 2:90106/1‑140 (MQ=255) taataaAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTa > 1:154199/1‑140 (MQ=255) aatatAATGTCCTGACATAAACTCTTATTTTTACCATCTAAACCTGTTAATCTTTCTATGCTTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGTACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTAc < 2:10189/140‑1 (MQ=255) aataaAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTCATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACTTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTAc < 2:286297/140‑1 (MQ=255) gCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATCTCTAACACTTTAca > 2:415539/1‑139 (MQ=255) gCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTAcc > 1:341234/1‑140 (MQ=255) gCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAACCCAAAGCTACAAAAAATATCTACAACTTTAcc > 2:605666/1‑140 (MQ=255) gCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCATGCAGAAAATAATAGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCAACTCGCAACCCAAAGATAACAACGAGATCTACAACTTTAca > 2:78716/1‑139 (MQ=255) ccGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCt > 1:564630/1‑140 (MQ=255) ccGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAACCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCt > 2:459856/1‑140 (MQ=255) gAACGTAAAATCACATGTTGACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAACTAAGGGGGCTTGGATTGCGAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTAc < 1:162957/140‑1 (MQ=255) aaCGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACa < 1:406863/140‑1 (MQ=255) aCGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATTGAAAACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGGCATCCAAGGATAACTAAGATATCTACAACTttacttacga > 2:84618/1‑138 (MQ=255) tatTTTTACCATCTATACCAGTTAATATTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACAGAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCCATCCAAATATGATTAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGtt < 2:103017/140‑1 (MQ=255) tatTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGtt < 1:7511/140‑1 (MQ=255) atTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGttt < 2:71238/140‑1 (MQ=255) ttttACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGa > 1:198698/1‑140 (MQ=255) tttACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATCAATAAGATCTCTACAACTTTACCTACCAATTTATCTGTTTGAc > 1:270821/1‑140 (MQ=255) tACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCt < 1:585824/140‑1 (MQ=255) tACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCt < 1:570005/140‑1 (MQ=255) aCCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCtt > 1:657695/1‑140 (MQ=255) cATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGTACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCtttt < 1:90106/140‑1 (MQ=255) cATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGTACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCtttt < 1:90495/140‑1 (MQ=255) cATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCtttt < 2:158635/140‑1 (MQ=255) ccAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCgg < 1:109006/140‑1 (MQ=255) ccAGTTAATCTGTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCgg < 1:12074/140‑1 (MQ=255) gTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGgacg > 1:483445/1‑140 (MQ=255) aaTCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACa < 1:645327/140‑1 (MQ=255) aaTCCTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACa < 2:608447/140‑1 (MQ=255) aTCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCCCCCCCTCGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTCCAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGCCGACaa > 1:535830/1‑140 (MQ=255) aTCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACaa > 1:227217/1‑140 (MQ=255) aTCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTATACCTACAAATTTATCTGTGTGACCTTGTAAAATCGGACGACaa > 2:126131/1‑140 (MQ=255) cTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTAGAACTTTACCTACAAATTTCTCTGTTTGACGTTTTAACATCGtacggtgtgg > 1:543297/1‑134 (MQ=255) tctCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGACATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCt < 1:98485/138‑1 (MQ=255) ttCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCtt < 1:345127/140‑1 (MQ=255) tGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACATAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAAGCGGACGACAAGCTTGACTa > 1:455294/1‑140 (MQ=255) ccTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCCCACCACCTAGCAATCCAAAGACAAAGTGGAGACCCACAACTTTACCTACAAATTTACCTGCTTGACCCTATACAATCGGACGACCAGATCGACtcct > 2:175228/1‑137 (MQ=255) cTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAAtt > 2:382605/1‑140 (MQ=255) gAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTtata < 1:313644/140‑1 (MQ=255) gAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTtata > 2:591732/1‑140 (MQ=255) aTTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAACTTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATAGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATacac > 1:488657/1‑140 (MQ=255) aTTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTACTTTTATccac > 1:520091/1‑140 (MQ=255) aTTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATacac > 1:475980/1‑140 (MQ=255) aTTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTCTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTACTTTTATacac > 2:699880/1‑140 (MQ=255) aTTAATGGCACACCTAACGCTACTGATGTTGCCGCACCACCCAGCAATCCACAGATAACTACGATCTCTACAACTTTACCTACAACTTTATTTGATAGACCTTTTAAAATCGCACGACAAGCTCGACTAATTTtataaca > 2:626885/1‑137 (MQ=255) ttAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCTCCTAACAATCCAAATATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACAcc < 2:78771/140‑1 (MQ=255) tGGCACAGCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAATATAAATATGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGATCTTTTAGAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGgtt < 2:461603/140‑1 (MQ=255) tGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACAACATAGCATTGTTTAGAGAAATAAGATATATACAACTTTACCTACAAATTTATCTGATTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTCAATAATTATATATACCGatt > 2:502985/1‑140 (MQ=255) acacCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGttt < 2:341234/140‑1 (MQ=255) cacCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCACCACAAACATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGtttt < 2:380641/140‑1 (MQ=255) cTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACAACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTAAAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACATTTTAAAATCGGCCGAAAAGCTTGCATAATGTTATATAAAGGTTGTGTCTTa > 2:473103/1‑140 (MQ=255) tAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTTACCTTTTAAGATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTaa < 2:701815/140‑1 (MQ=255) tAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGCTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTaa < 1:509110/140‑1 (MQ=255) tAAAGCTACTAATGTTGCCGCATCTCACAGACATCCAAAGATAAATAATCTATCTACAACTTTACCCACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGCCGTTCAGCTTGACTATTTTTAGTCACCGGTTGTTTTTTaa < 2:152735/140‑1 (MQ=255) aaCGCTGGTGAGGCTGCCGCGCCACCTAGCAATCCAAATATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAGCTTGCGCTTTTCGGCCATTTAATATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAAc < 2:84536/140‑1 (MQ=255) aaCGCTAGTGATGTTGCCGCGCCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAAc < 1:455372/140‑1 (MQ=255) aCGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATCTATCAGATACCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACa < 2:681535/140‑1 (MQ=255) aCGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACa > 1:72490/1‑140 (MQ=255) gCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAACAATCCACGAATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACaaa < 2:493997/140‑1 (MQ=255) aTGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACTAATACTcaa > 2:36268/1‑140 (MQ=255) aTGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACGAATGTTATACACCGGTTGTTTTTTAACAAATACTaaa > 1:546663/1‑140 (MQ=255) gTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACAAATACTAAATa > 1:617755/1‑140 (MQ=255) ttGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACAAATACTAAATaa > 1:391154/1‑140 (MQ=255) tGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACAAATACTAAATAAc > 1:550784/1‑140 (MQ=255) ccGCACCACCTAGCAATCCAAAGATCAATCAGATATCTACCACTTTACCTACCAATTTCTCCGTTTGACCTTTTAACATCGGACGACCAGCTTCACTAATCTTATACACCGGTTGTCTTTTAACAAATCCTAAATCACCa > 2:321299/1‑140 (MQ=255) cGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACAAATACTAAATAACCaa > 1:628496/1‑140 (MQ=255) | ATGAACTAATGGCAAATATAACCGTGATTGTTAATAAAATGGCCGAACGTAAAATCATATTTTTACCATCTAAACCAGTTAATCTTTCTATGCCTGCAGAAATTAATGGCACACCTAACGCTAGTGATGTTGCCGCACCACCTAGCAATCCAAAGATAAATAAGATATCTACAACTTTACCTACAAATTTATCTGTTTGACCTTTTAAAATCGGACGACAAGCTTGACTAATTTTATACACCGGTTGTTTTTTAACAAATACTAAATAACCAA > USA300TCH1516_ALE/2755741‑2756013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |