Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,454,616 | G→A | R315R (CGC→CGT) | arlS ← | Signal transduction histidine‑protein kinase ArlS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,454,616 | 0 | G | A | 100.0% | 34.6 / NA | 14 | R315R (CGC→CGT) | arlS | Signal transduction histidine‑protein kinase ArlS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (6/8); total (6/8) |
CAATAAAGATTAAAAATAATTGTTCGAATTGATGAGGTTTCATTTTAATTTCTAGATTTTTAGATGTCAGATCCGTATCAAATTGATAATCAGGATGCAATTGTTTTAATGAGTGTATTCGCGAGCGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAATTTTATGATACGATTCATTTCTTCAATAGAAATATTTAACGAT > USA300TCH1516_ALE/1454492‑1454748 | cAATAAAGATTAAAAATAAATGTTCGAATTGATGAGGTTTCATTTTAATTTCTAGATTTTTAGATGTCAGATCCGTATCAAATTGATAATCAGGATGCAATTGTTTTAATGAGTGTATTCGAGAACGAATTTCATCATTaa > 2:133646/1‑141 (MQ=255) ataatTGTTCGAATTGATGAGGTTTCATTTTAATTTCTAGATTTTTAGATGTCAGATCCGTATCAAATTGATAATCAGGATGCAATTGTTTTAATGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCtgtg < 2:223698/141‑1 (MQ=255) gttCATTTTAATTTCTAGATTTTTAGATGTCAGATCCGGATCAAATTGATAATCAGGATGCAATTGTTTTAATGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTAc < 2:170722/140‑1 (MQ=255) cATTTTAATTTCTAGATTTTTAGATGTCAGATCCGTATCAAATTGATAATCAGGATGCAATTGTTTTAATGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACAtc < 1:151123/141‑1 (MQ=255) tAGATGTCAGATCCGTATCAAATTGATAATCAGGATGCAATTGTTTTAATGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTa < 2:99067/141‑1 (MQ=255) tATCAAATTGATAATCAGGATGCAATTGTTTTAATGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAAtt < 1:137807/141‑1 (MQ=255) aTCAGGATGCAATTGTTTTAATGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAATTTTATGATACGAtt > 2:162226/1‑141 (MQ=255) ttAATGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAATTTTATGATACGATTCATTTCTTCAATAGaaa < 1:229864/141‑1 (MQ=255) tAATGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACTGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAATTTTATGATACGATTCATTTCTTCAATAGAAat < 1:133646/141‑1 (MQ=255) tGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGGACGGACTGTGCTTCAGAAGAAATGTCCTTTACTTATCCTTTCGTCAGTCCCAGTACTTCTTTGAATAATTTCATGATCAGATTACTTTCTGCAATAGAAATAtt > 2:39555/1‑141 (MQ=255) tGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAATTTTATGATACGATTCATTTCTTCAATAGAAATAtt > 1:139505/1‑141 (MQ=255) tGAGTGTATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAATTTTATGATACGATTCATTTCTTCAATAGAAATAtt > 2:193771/1‑141 (MQ=255) gtgtATTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAATTTTATGATACGATTCATTTCTTCAATAGAAATATTTaa < 2:80678/141‑1 (MQ=255) aTTCGCGAACGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCATTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAATTTTATGATACGATTCATTTCTTCAATAGAAATATTTAACGAt > 2:45884/1‑141 (MQ=255) | CAATAAAGATTAAAAATAATTGTTCGAATTGATGAGGTTTCATTTTAATTTCTAGATTTTTAGATGTCAGATCCGTATCAAATTGATAATCAGGATGCAATTGTTTTAATGAGTGTATTCGCGAGCGAATTTCATCATTAATATGCACGGTCTGTGCTTCAGAAGAAATGTCATTTACATCTCCTTTAGTCAATTCAAGTAATTCTTCGACTAATTTTATGATACGATTCATTTCTTCAATAGAAATATTTAACGAT > USA300TCH1516_ALE/1454492‑1454748 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |