Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 430,394 | A→G | 8.4% | K27E (AAA→GAA) | nfrA → | NADPH‑dependent oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 430,394 | 0 | A | G | 8.4% | 168.0 / 4.5 | 59 | K27E (AAA→GAA) | nfrA | NADPH‑dependent oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/29); new base G (2/3); total (27/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
AAAAAGTTCAATTATTAACTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACTCAATTATTGGTATCGACGATGAGA > USA300TCH1516_ALE/430254‑430532 | aaaaaaTTCAATTATTATGTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAAGTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGa < 2:748412/141‑1 (MQ=255) aaGTTCAATTATTAACTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGaaaa > 2:215163/1‑141 (MQ=255) aaGTTCAATTATTAACTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGaaaa < 1:602693/141‑1 (MQ=255) ttCAATTATTAACTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGc < 1:633136/141‑1 (MQ=255) tCAATTATTAACTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGca > 2:323793/1‑141 (MQ=255) cAATTATTAACTTAAAAGCAAAGAAGTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGcat < 1:282632/141‑1 (MQ=255) attattAACTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGCAAAAGcatcc > 1:194998/1‑140 (MQ=255) attattAACTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGcatca > 1:298917/1‑141 (MQ=255) ttattaACTTATAAGCAAAGAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGcatcat < 2:442412/141‑1 (MQ=255) cTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGGAAAAGCATCATTCTGTTa > 1:247799/1‑141 (MQ=255) cTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGGAAAAGCATCATTCTGTTa > 1:663692/1‑141 (MQ=255) ttATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAg < 2:331471/141‑1 (MQ=255) ttATAAGCAAATAAATGAAATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAg < 2:105753/141‑1 (MQ=255) ataAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGaa < 1:450951/141‑1 (MQ=255) aaGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGaaaa < 1:442714/141‑1 (MQ=255) aGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAAt > 1:528180/1‑141 (MQ=255) cAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGCTAGAAAAttt > 2:466475/1‑141 (MQ=255) aaaTAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTa > 1:86422/1‑141 (MQ=255) taatTGCTATAAAAAAGTTTGGATGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGa < 2:596128/141‑1 (MQ=255) taatTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAATCATCATTCTGTTAGATAAATTAAGa > 1:546290/1‑141 (MQ=255) taatTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGa > 2:340452/1‑141 (MQ=255) aaatTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGAACAATGGGAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGa < 2:596135/140‑1 (MQ=255) aatTGCTATAAAAAAGTTTGGAAGTGTACAATTTCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGaa < 2:689063/141‑1 (MQ=255) aatTACTAAAAAAAAGATTGGAAGTGTACAATTGCAAGAGGAAAATTAAAAAATAATAGTAAAGAAAAAAGAAGAAAATAACGTGAAAGAAAAAATATATAAAAAAGAGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGaa < 2:670129/141‑1 (MQ=255) ttGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATa < 1:72038/141‑1 (MQ=255) ttGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATa < 2:99959/141‑1 (MQ=255) aataAAAAAGGTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGAATTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATGATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAAcc < 2:251752/140‑1 (MQ=255) aaaaGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTaa > 1:271561/1‑141 (MQ=255) aaGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGt < 2:591250/141‑1 (MQ=255) gTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGa > 1:333341/1‑141 (MQ=255) tGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGa < 2:568477/141‑1 (MQ=255) ggACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGAc > 2:454392/1‑141 (MQ=255) gtACAATTGTAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACgttgtt < 1:183905/141‑1 (MQ=255) agaaTTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTaa < 2:31671/139‑1 (MQ=255) aCAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTaa < 1:702857/141‑1 (MQ=255) aCAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTaa < 1:46962/141‑1 (MQ=255) cAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAg > 1:454232/1‑141 (MQ=255) aagatGAAGAATTTAAATTAATTGTAAAGTAACGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTgg < 2:612593/138‑1 (MQ=255) aaTATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTgg < 1:450607/141‑1 (MQ=255) atGAAGATTTTAAATACATTGACACGTACCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTCAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTaa > 2:421776/1‑140 (MQ=255) aaGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGCTAGAAg > 2:635323/1‑141 (MQ=255) aTTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGGCGTAGGAGCAGTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTg < 1:176672/141‑1 (MQ=255) ttAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGAc > 1:526407/1‑141 (MQ=255) aaaTTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGACGACGTTGTTAATAAATTGTTAGAAGCTGGATaa > 2:226880/1‑141 (MQ=255) aaaTTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACaa > 1:81722/1‑141 (MQ=255) ttGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAGGAGTTTGGTGTGCGCTGGACAAAGCGCtt < 2:346374/141‑1 (MQ=255) aaGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACg > 1:44498/1‑141 (MQ=255) cGAGGAGTGGGTAATATGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGt < 2:223369/141‑1 (MQ=255) cGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGt < 2:598309/141‑1 (MQ=255) cGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGACAAGt > 2:644009/1‑141 (MQ=255) ggTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCt < 2:687111/140‑1 (MQ=255) agTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCt > 1:439574/1‑141 (MQ=255) gTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGGAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAg < 2:247799/141‑1 (MQ=255) gTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGGAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAg < 2:663692/141‑1 (MQ=255) tgtCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAGAGCATCATTCTGTTAAAAAATTCAAGAATTAATCTTTTATTCAATACTTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACt < 1:286102/141‑1 (MQ=255) tCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACTCa > 1:456387/1‑141 (MQ=255) gAAAATGTATATAATCTTGTGAAAAAGAATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGATATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACTCAatt < 2:103870/141‑1 (MQ=255) tatataATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGACAAGTTTCCTGCAAGCATACTCAATTATTGGTa > 1:387843/1‑141 (MQ=255) tCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTACGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACTCAATTAGTGGTATcgacga > 1:333993/1‑141 (MQ=255) gtaaaaaaGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACTCAATTATTGGTATCGACGATgag < 1:559531/138‑1 (MQ=255) tgAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACTCAATTATTGGTATCGACGATgaga > 1:600771/1‑141 (MQ=255) tgAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACTCAATTATTGGTATCGACGATgaga < 1:215163/141‑1 (MQ=255) tgAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACTCAATAATTGGTATCGACGATgaga > 1:625576/1‑141 (MQ=255) | AAAAAGTTCAATTATTAACTTATAAGCAAATAATTGCTATAAAAAAGTTTGGACGTGTACAATTGCAATATGAAGATTTTAAATTAATTGTAAAGTATCGAGGAGTGGGTAACGTGTCAGAACATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAGACGTTGTTAAGAAATTGGTAGAAGCTGGACAAAGCGCTTCGACGTCAAGTTTCCTGCAAGCATACTCAATTATTGGTATCGACGATGAGA > USA300TCH1516_ALE/430254‑430532 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |