| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 614,082 | G→A | 11.5% | S798S (TCG→TCA) | sdrC → | Serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 614,082 | 0 | G | A | 11.5% | 156.0 / 2.1 | 76 | S798S (TCG→TCA) | sdrC | Serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/31); new base A (8/3); total (39/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
ATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAG > USA300TCH1516_ALE/613946‑614221 | aTAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACt < 1:433246/141‑1 (MQ=255)aTAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACt > 1:510480/1‑141 (MQ=255) aagagatacagattcaGACAGCGACGAAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTc < 2:379362/137‑1 (MQ=255) aGCGATTCATATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAACGATACAGACTCGGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGTCTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCa < 1:189258/141‑1 (MQ=17) gCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAg < 2:385010/141‑1 (MQ=255) tgattcagatttaTGTAGTGATTCAGGCTCAGACAGCGATTCGGCCTCTGATAGAGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGTATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGTTTCGGACTCAGa < 2:15977/140‑1 (MQ=14) cgagacagatgcagaCAGCGAGATAGAGTCAGACAGCGATACAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGa < 2:503718/136‑1 (MQ=14) cGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCCGAACGCGATGCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGa < 1:709656/141‑1 (MQ=255) cGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGa < 1:199314/141‑1 (MQ=255) gattcagatgcaGAAAGCGAATAAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGAc < 2:175312/141‑1 (MQ=255) ttcagaCAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATCGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGAgattc > 1:448498/1‑141 (MQ=255) ttcagaCAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGAAAGTgattc > 1:225024/1‑141 (MQ=255) ttcagaCAGCGACTCAGACGCAGACACCGATTCAGACGCGCATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTgattc < 1:337939/141‑1 (MQ=255) ttgaaCAGCGAGTCGGACTCATACAGCGATTCAGACTCGGATAACGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTgattca < 2:1365/137‑1 (MQ=17) tcagaCAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCTGCTTCGAACAACCACACAGATTCAGATATCCACGCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTgattca < 1:357893/141‑1 (MQ=14) tcagaCAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTgattca > 1:3621/1‑141 (MQ=255) cagaCAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCCGACTCAGACAGTgatacag > 2:434033/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGAATCAGATTCAGATAGCGACTCGGAATCAGAAAGCaaatcagaacaa > 2:123082/1‑137 (MQ=14) gCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGattcagattcag > 1:336068/1‑141 (MQ=255) cGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGAttcagattcaga > 1:302342/1‑141 (MQ=255) ctcagactcagaCAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGCTAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTc > 1:228260/1‑141 (MQ=255) cagactcagacAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGAGATCCAGATTCAGACCCAg > 2:264136/1‑141 (MQ=17) agactcagacAGCGATTCAGACTCGGATAGTGACGCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGa < 2:107209/141‑1 (MQ=255) actcagacAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGAGATTCAGATTCAGACACAGAtc > 2:511792/1‑140 (MQ=14) gataGCGATTCAGGCTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGAc < 2:586715/138‑1 (MQ=255) gacAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGAc < 1:409994/141‑1 (MQ=255) cAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTc < 1:14800/141‑1 (MQ=255) aGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATGGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCa > 1:361518/1‑141 (MQ=255) aGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCa < 1:232931/141‑1 (MQ=255) gCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAg > 1:257185/1‑141 (MQ=255) tCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACACCGATACAGACTCAGacaca > 2:360042/1‑137 (MQ=14) cAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGAAAGCGATTCACATACAGACACAGATCGCGACTCacagccag > 2:749256/1‑134 (MQ=14) aGACTCGGATAGAGACTTAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGAGATTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAAAGATAGCGACTCAGCTTCTGa > 2:660963/1‑141 (MQ=18) aGACTCAGATAGTGCGTGAAACTCAGATAGCGACTCGGAGTGGGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTGAGATTCAGATAGCGATTTTGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGa < 2:140040/141‑1 (MQ=17) cTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGCTTCGGTTAGTGGAACAGAATCAGCTCATTTCTCAAATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAg > 1:357993/1‑141 (MQ=18) cGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCCGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCg > 1:118145/1‑141 (MQ=255) tgATAGCGCGTCAGACTCACACAGCGACTCTGATGCGGATAGCGACTTAGACTCAGATAGCGAGGCAGATTCAGATAGCGATCCTGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGa < 2:18243/140‑1 (MQ=21) aaTAGCGACGCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGAt < 1:196957/140‑1 (MQ=255) gactcagactcaGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATtcagac < 1:491162/141‑1 (MQ=255) ctcagactcagaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATTGCAACTAAGATTTTGA‑TAGAGAGacagactc > 1:429274/1‑141 (MQ=17) agactcagaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATtcagactcaga < 1:359373/141‑1 (MQ=255) gactcagaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATtcagactcagac < 1:69090/141‑1 (MQ=255) actcagaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGACtccgactccgacc > 1:46998/1‑140 (MQ=255) actcagaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGAGATTCAGACTCAGACa > 1:89828/1‑141 (MQ=255) cagaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCg < 1:524893/141‑1 (MQ=255) cagaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAACGACTCAGATTCAGACACCGACACAGACTCAGATTCTGATCAAC‑ACTCAGACTCAGACacca > 2:96031/1‑138 (MQ=14) agaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCga > 1:160037/1‑141 (MQ=255) agaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCga > 1:411776/1‑141 (MQ=255) gaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAATGAATCAAATTCAAACACAGATCGAGACTCAGATTCAGA‑TAACGATTCACACTCAGACAACgaa > 2:370427/1‑140 (MQ=18) aTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCgact > 1:503590/1‑141 (MQ=255) gCGACGCAGATTCGGATAGCGACTCGGACGCAGATAACAATAAAGATGCGGATAGCGCATCAGCCAATTTCACGGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCgactcag < 1:355301/141‑1 (MQ=12) gACTGAGATTCAGACAAGGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACTGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑TAGCGATTCAGACTCAGACAGCgactcagac < 2:271472/141‑1 (MQ=18) gACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGAGCCAGATAGCGACTCAGACACTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCgactcagca > 2:634738/1‑139 (MQ=18) cAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCgactccgactcaa > 1:577792/1‑140 (MQ=255) ttgggATAGCGACTCAGACTCAGATACCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAg < 1:641041/138‑1 (MQ=255) ttCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAg < 1:721501/141‑1 (MQ=255) atccgggaGCGTCTCAGTCGCAGAGACGGACTCAGATTCAGAGAGCGATTCGGACGCAGACAGTGATTCAGAGTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAg < 2:393141/134‑1 (MQ=18) atcagatagataCTAAGACTCAGATTCAGATTCAGATACAGATACCGATTCAGACTCAGACAGAGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAg < 2:291477/137‑1 (MQ=18) tCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATACTGA‑CAGAGATTCAGACTCAGACCGCGACtccgactcagacgac > 2:716822/1‑138 (MQ=21) cGGATGCCGACTACGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCGGACTCAGACTCTGATGCAGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTg < 2:197691/141‑1 (MQ=17) cGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAGAGATAGCGACTCAGATACCGA‑CACCGATTCAGACTAAGACAGAGACTCAGACCTAGACaaag > 2:198179/1‑138 (MQ=18) tAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACACAGATGCAGACTCAGATCCCGA‑CACGGCTTCAGACGCCGACAGCGCCTCAGCCTCAGACCCTgattc > 2:169152/1‑141 (MQ=14) aGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGCCAGTgattca > 1:195204/1‑141 (MQ=255) tcagaTAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGc > 1:609255/1‑141 (MQ=255) agaTAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCATACAGCGACTCAGAATCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGa > 2:303987/1‑141 (MQ=255) aacagagattcagattcaGACAGAGACTCGGACTCCGACAGTGATTCAGATTCAGAATCAGATAGCGACTCAGATTCAGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGAc < 2:361227/135‑1 (MQ=18) gagatacagatttaGATAACGATACAGACACCGCCTGGGACTAAGATAGAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATACAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGAATCAGATTCAGACAGCGACtcag < 2:50140/139‑1 (MQ=14) gCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCTGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCTACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACCCAGACAGCGACTGAGAGTGAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcag < 1:678562/141‑1 (MQ=21) cGATTGATATTCACATGGAGATTCGAACTCAGACACTGATTCAGATACAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCTGA‑CAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcaga < 2:291596/141‑1 (MQ=17) ttcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatag < 1:411581/141‑1 (MQ=255) atAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTGAGCTAGCGACTCAGATTCAGG‑CAGCGATTCAGAGTCAGAGAGCGACTCAGAGTCGGACAGGGATTAAGATCAAGACAGCGACTCAAATgcagacagcgcgt > 2:547431/1‑138 (MQ=18) caGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACCCAGAACCACCTTTGCTTGCAGACAACGACTCAGACtcagatagcgactc > 2:7546/2‑141 (MQ=17) ttCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactc > 1:135263/1‑141 (MQ=255) cGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTGAGGCTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcag > 1:276446/1‑141 (MQ=255) cGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcag < 1:97020/141‑1 (MQ=255) cGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcacacagcgactcagactcac > 2:443262/1‑140 (MQ=255) | ATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGA‑CAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAG > USA300TCH1516_ALE/613946‑614221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |