| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | G→A | 100% | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | 0 | G | A | 100.0% | 167.5 / ‑6.5 | 67 | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (44/22); minor base C (1/0); total (45/22) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTT > USA300TCH1516_ALE/2279568‑2279842 | ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTCGCTTGCGATTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACtg > 2:22262/1‑141 (MQ=255)ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACtg > 1:629363/1‑141 (MQ=255) tgtgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACtgt > 1:492428/1‑141 (MQ=255) tgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACtgttg > 2:423599/1‑141 (MQ=255) gCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACtgttgt > 2:554282/1‑141 (MQ=255) tctttattaGTTCATTCTACTTCTGTTTTACTAGTCACTGCGTTATCACATT‑TTGTTGTTTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTgttgtt < 2:495620/138‑1 (MQ=255) ccGTTATTAGTTTATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATTTGCAGT‑TGCTGATGTTACTgttgtt < 2:237705/141‑1 (MQ=255) ttattaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGATGTTTCa > 2:507628/1‑141 (MQ=255) ttatcaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACGGTGTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTACCATTTGCATCATCAGT‑GCCTGCTGTTACTGGTGttttc > 2:580828/1‑139 (MQ=255) gTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGtt > 1:443960/1‑141 (MQ=255) gTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCCGATGTTCCTGTTGTTTCACCTGtt > 2:257081/1‑141 (MQ=255) ttGATTCTACTTCTGGTTTGCTAGTTACATCGTGATT‑CATTGTCGGACTGTTTGTAGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTg < 2:42574/141‑1 (MQ=255) ttGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTg > 1:690118/1‑141 (MQ=255) gtGATTCTGCTTCTTGTCTACAAGTTACATTGTGTTC‑TATTGTCGGACTGTTTGTTTATGCATCTACACTAGGATTGTTATTAGTTTGCGGTTTATCATGTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTg < 2:99091/140‑1 (MQ=255) tGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGc > 1:49695/1‑141 (MQ=255) tGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGc < 1:490392/141‑1 (MQ=255) tGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGc < 2:658994/141‑1 (MQ=255) ttCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCTTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTTATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGc > 2:78647/1‑141 (MQ=255) cTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAt < 1:602749/141‑1 (MQ=255) aCTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATTCATCTACTCTAGAATTGTTATTCGTCTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCGCCATCa > 2:374398/1‑141 (MQ=255) cTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCAc > 2:571943/1‑141 (MQ=255) tCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGACGGTCTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCCTTTGCATCATCAGT‑TGCTGGTGTTACTGTTGTTTCACCTGTTCCCCCATCACtt > 2:249434/1‑140 (MQ=255) ggTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACtatta > 1:613391/1‑141 (MQ=255) ggTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGAATGATGATGGATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCCTTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCCTtattt > 2:234266/1‑140 (MQ=255) aGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGgtgt > 1:307406/1‑141 (MQ=255) tCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGga > 1:507825/1‑141 (MQ=255) ttATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGaa > 1:488277/1‑141 (MQ=255) tATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAACTTGCGATGTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAg > 2:570728/1‑141 (MQ=255) aTC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGc < 2:747973/141‑1 (MQ=255) tC‑CATTGTTGGATTGTTTGGTGATGCATCTATACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTTATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCg < 2:735136/141‑1 (MQ=255) c‑cATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGt > 1:145696/1‑141 (MQ=255) cATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTCTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTTTCCGTGAATCGTc > 2:108134/1‑141 (MQ=255) aTTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGCGAAGCGTCt > 2:725366/1‑141 (MQ=255) tGTCGGTCTGTTTGTTGTTGTATCTACATTAGAATTGTTATTAGCTTGTGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTTCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGc < 2:501526/141‑1 (MQ=255) tggtttgttGATGCTTCTACACTAGAATTGTTAGTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCa < 2:397441/139‑1 (MQ=255) gtttgttGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTTCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCAtt < 2:263560/141‑1 (MQ=255) gATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTgtc > 2:93244/1‑141 (MQ=255) tCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCa < 1:602956/141‑1 (MQ=255) cTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAg > 1:707982/1‑141 (MQ=255) aGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGtt > 1:700661/1‑141 (MQ=255) aGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTCCTTTGCTATTAGCTGTCGTCTCACGTACGtt > 2:257979/1‑141 (MQ=255) aGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTGGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATCCGtt > 2:194060/1‑141 (MQ=255) ttGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCGTCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGt < 2:690118/141‑1 (MQ=255) ttGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGACGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTATGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGt < 2:666650/141‑1 (MQ=255) ttGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCAACAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATATGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTCGGt > 2:161641/1‑141 (MQ=255) gTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTg > 2:618155/1‑141 (MQ=255) gTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTg > 2:590355/1‑141 (MQ=255) tcttaGCTTGCAGTTGATCATGTGTATCAT‑AGTGTGCTGATGTTACTGTTTTTTTTCCTTTTGGCGTATTTCTATTTTTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCTTTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTc < 2:224362/139‑1 (MQ=255) ttaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCCCTATTATTTGGTGTTGTAGGATAATCTCCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGCTACGTTAGCTTGTCCa > 2:160527/1‑141 (MQ=255) ttaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCa > 1:494524/1‑141 (MQ=255) tGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTAttt > 1:257457/1‑141 (MQ=255) tGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGGCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTAttt < 1:571987/141‑1 (MQ=255) ttATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGgt < 1:1982/141‑1 (MQ=255) ttATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTAGTATCTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTTTCGTCTCAGATACTTTAGCTTGTCCAGTACTTTCCGgt > 2:298436/1‑141 (MQ=255) aTCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTGCAGTCTTTTCTGgtgt > 2:317976/1‑141 (MQ=255) ttGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGTTGTTGCAt > 2:207349/1‑141 (MQ=255) tGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCAtt > 2:109242/1‑141 (MQ=255) tcatcaGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCa > 1:430420/1‑141 (MQ=255) tcatcaGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCa < 1:78647/141‑1 (MQ=255) atcaGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTCTTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGCTACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCAGTAGCAtt > 2:617337/1‑141 (MQ=255) atcaGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAtt > 1:126997/1‑141 (MQ=255) tcaGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAttt > 1:270090/1‑141 (MQ=255) tcaGT‑TGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAttt > 1:607742/1‑141 (MQ=255) t‑tGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTACTTGGTGTTGTCGGCGAAGCCTCTCCTTCGCCCTTCGCTGTCCTCCCAGATACGTTAGGCTGTCCAGTCTTTTCTGCTGATGCATTACAATTTGAAt > 2:308516/1‑141 (MQ=255) tgcgggtGTTACTGTTGGTTCGCGTGTTGCCGCATCACGATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAtt < 2:449583/135‑1 (MQ=255) tGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGTATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGt < 1:264478/141‑1 (MQ=255) gTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGtt < 1:219477/141‑1 (MQ=255) | TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATC‑CATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGT‑TGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTT > USA300TCH1516_ALE/2279568‑2279842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |