Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG34.2% 41.5 / 27.9 39intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (12/13);  new base G (8/5);  total (20/19)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

TTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  USA300TCH1516_ALE/512511‑512782
                                                                                                                                    |                                                                                                                                            
tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                                                                      <  1:192171/141‑1 (MQ=255)
 ttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt                                                                                                                                     >  2:37103/1‑141 (MQ=255)
     aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                                 <  1:200633/141‑1 (MQ=255)
            gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                                          >  1:34975‑M1/98‑141 (MQ=255)
             tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                         <  1:251674/141‑1 (MQ=255)
                     gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgattaaaaaataaaatgaacaagataaAAAAAGTTATTGACTTCAATGTTTATAAATTGTATAATTAATTATTGT‑CAGTa                                                                                                                <  2:92952‑M1/53‑1 (MQ=255)
                        aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGa                                                                                                             >  1:138417/1‑141 (MQ=255)
                           aaatttacgtacagaaagagtagaacgttaacaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGaaaa                                                                                                          >  2:270427‑M1/83‑141 (MQ=255)
                             cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAAt                                                                                                        >  2:215691/1‑141 (MQ=255)
                              tGTATAGTATTTAGTTTATAAGAAAAACAAAAAAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATg                                                                                                       <  2:270169/141‑1 (MQ=255)
                               gTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGa                                                                                                      <  2:222474/141‑1 (MQ=255)
                               gTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGa                                                                                                      >  2:220628/1‑141 (MQ=255)
                                 acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATgaaa                                                                                                    <  1:104631‑M1/65‑2 (MQ=255)
                                    gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTCTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                                                 >  2:149968/1‑141 (MQ=255)
                                           agagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                          >  1:105055‑M1/67‑141 (MQ=255)
                                                   ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                                                  <  1:225951/141‑1 (MQ=255)
                                                       aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                              >  2:231008/1‑141 (MQ=255)
                                                       aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                              >  2:15121/1‑141 (MQ=255)
                                                        gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                                             <  1:209607‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                          caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                                           <  1:54411‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                          caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                                           <  1:84335‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                            aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATAAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                         >  2:269407/1‑141 (MQ=255)
                                                             acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                                        >  2:178107/1‑141 (MQ=255)
                                                               aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                                      <  2:120590/141‑1 (MQ=255)
                                                               aactcaaatTAAGAAATAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                                      <  2:218827/141‑1 (MQ=255)
                                                                   caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                                  >  1:239351/1‑141 (MQ=255)
                                                                     ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAGAATATGTCAACGTTAATTc                                                                <  1:171138‑M1/101‑1 (MQ=255)
                                                                         aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                                            <  2:78399/141‑1 (MQ=255)
                                                                          aGAAATAACTTGAATTACTAAATAAAATTAATTTTAAAAAGTTAATGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                                           <  2:36965/141‑1 (MQ=255)
                                                                              ttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAAGGTATATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                                                       >  1:179482‑M1/32‑141 (MQ=255)
                                                                                       aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                              <  1:82403/141‑1 (MQ=255)
                                                                                         tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                                            <  1:69295/141‑1 (MQ=255)
                                                                                          aataaaagggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                           >  1:169505‑M1/20‑141 (MQ=255)
                                                                                           cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                                          >  1:139435/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGT‑ATATATTTTTTTTGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat                                   >  1:65337‑M1/12‑141 (MQ=255)
                                                                                                    attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta                                 >  2:193781/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      aagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt                               >  1:149864‑M1/8‑141 (MQ=255)
                                                                                                               aaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATAAAAACCTGTGCACTCTG‑TGTATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTa                      <  1:64175/141‑1 (MQ=14)
                                                                                                                 aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATACGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg                    >  1:20959/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   taataaAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATa  <  1:276306/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    |                                                                                                                                            
TTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGT‑CGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  USA300TCH1516_ALE/512511‑512782

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑