| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2207841 = | 283 (0.980) | 15 (0.060) | 9/142 | NT | 6.0% | intergenic (+202/+62) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2207874 = | 221 (0.870) | intergenic (+235/+29) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein | |||||
GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2207939‑2207841‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatagctttAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACGA > USA300TCH1516_ALE/2207874‑2207963 GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTTATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATG < 2:5465039/91‑1GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATG < 2:2787188/91‑1GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATG > 2:5372161/1‑91GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATG < 1:2115031/91‑1 CCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGA < 2:26094/91‑1 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CAGCATCTAATAAACTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCCTTAAAGCTATCGGCGGACTATTCGATGAT < 1:5174698/91‑1 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAG < 2:2648337/91‑1 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAG > 1:5560085/1‑91 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAG > 1:1575362/1‑91 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAG > 1:3469058/1‑91 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAG > 2:1783633/1‑91 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAG < 2:4387172/91‑1 CATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGC < 1:1122098/91‑1 CATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGC < 2:289653/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/2207939‑2207841‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatagctttAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACGA > USA300TCH1516_ALE/2207874‑2207963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |