| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2492466 = | 299 (1.040) | 17 (0.070) | 10/138 | NT | 6.5% | intergenic (+9/+37) | yhfP/rimI_4 | Putative quinone oxidoreductase YhfP/Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2492499 = | 233 (0.940) | intergenic (+42/+4) | yhfP/rimI_4 | Putative quinone oxidoreductase YhfP/Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase | |||||
ATATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATGTCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2492566‑2492466‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatgtctttttTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAGTCTG > USA300TCH1516_ALE/2492499‑2492588 ATATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCCGGCGGTATGTATATCAAATACTAACTTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGG > 2:1875860/1‑91ATATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGG < 1:4521429/91‑1ATATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGG < 2:2028591/91‑1 TATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGTATA‑ACGGGA < 2:1796640/91‑1 TATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGA < 2:2256257/91‑1 ATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGAT < 1:1069401/91‑1 ATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGAT > 2:1030068/1‑91 ATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGAT > 1:509823/1‑91 ATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGAT < 1:3772916/91‑1 ATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGAT > 2:3035028/1‑91 ATACAAAATTTGGATTTATACCTACAGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACCTCTCGCATA‑ACGGGAT > 2:5369427/1‑91 TACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATc > 2:5194792/1‑90 TACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATG < 2:596493/91‑1 TACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATG > 1:643486/1‑91 TACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATG > 2:4507826/1‑91 actAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATGT < 2:4980080/88‑1 ACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATGT < 2:5088289/91‑1 ACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATGT < 2:589682/91‑1 ACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATGT > 2:4802579/1‑91 ACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATGT < 2:3040811/91‑1 ACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATGT < 2:434070/91‑1 ACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATGT < 2:3996259/91‑1 CAACATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGAGTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATA‑ACGGGATGTC < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |