| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP000731 | = 12919 | NA (NA) | coding (413/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0016 | IS257 transposase | |||||
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
TAAGCAACGAGATAATCATTCAGCATATGCGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCACCTTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/12821‑12916‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accttcGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCT < CP000731/12919‑12830 TAAGCAACGAGATAATCATTCAGCATATGCGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCA > 1:504298/1‑91TAAGCAACGAGATAATCATTCAGCATATGCGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCA > 1:1348246/1‑91TAAGCAACGAGATAATCATTCAGCATATGCGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCA < 1:1924466/91‑1 AAGCAACGAGATAATCATTCAGCATATGCGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCAC > 2:4033485/1‑91 AAGCAACGAGATAATCATTCAGCATATGCGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCAC > 2:2620513/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |