| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 318807 = | 83 (0.290) | 29 (0.110) | 9/150 | NT | 32.6% | intergenic (+170/‑58) | USA300HOU_RS01425/USA300TCH1516_00272 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1443642 | 42 (0.160) | intergenic (‑215/+138) | USA300TCH1516_01342/brnQ_3 | hypothetical protein/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGCC > USA300TCH1516_ALE/318717‑318897 | agtatttcaaagtaaaattacacgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg < 2:4405722‑M1/1‑1 (MQ=255)agtatttcaaagtaaaattacacgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg < 2:4582446‑M1/1‑1 (MQ=255)agtatttcaaagtaaaattacacgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg > 1:1710389‑M1/91‑91 (MQ=255) tatttcaaagtaaaattacacgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGc > 2:3100268‑M1/89‑91 (MQ=255) atttcaaagtaaaattacacgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCa > 2:3886209‑M1/88‑91 (MQ=255) aaattacacgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCa > 2:1598759‑M1/77‑91 (MQ=255) tagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAAta < 1:4091004‑M1/33‑1 (MQ=255) gagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAAtttt < 1:2080176‑M1/55‑1 (MQ=255) agcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACttt < 2:107847‑M1/60‑1 (MQ=255) gcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACGTGTAATTTTACTTTg < 2:4540175‑M1/61‑1 (MQ=255) aGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTg > 2:1652153/1‑91 (MQ=31) ggTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGaa < 2:5430053/91‑1 (MQ=33) agtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACGTGTAATTTTACTTTGaa < 1:4352055‑M1/63‑1 (MQ=255) agtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACGTGTAATTTTACTTTGaa < 1:4352276‑M1/63‑1 (MQ=255) gTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGaaa > 1:3026825/1‑91 (MQ=33) gTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGaaa > 2:3490657/1‑91 (MQ=34) tGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAAt < 1:3756400/91‑1 (MQ=34) gCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATa > 2:176301/1‑91 (MQ=34) ccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATAc < 1:2219245‑M1/67‑1 (MQ=255) ccGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATAc > 1:577932/1‑91 (MQ=33) ccGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATAc < 2:4555202/91‑1 (MQ=34) cGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATAca < 2:4817083/91‑2 (MQ=18) cGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACt > 1:2231783/1‑91 (MQ=34) cGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACt < 1:3427073/91‑1 (MQ=34) cGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACt < 1:3427474/91‑1 (MQ=34) cGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACt > 1:284911/1‑91 (MQ=34) cGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACATTGaaaaaaa < 2:5193038/91‑5 (MQ=255) gTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGCGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtt > 2:4561689/1‑91 (MQ=18) gTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtt > 1:1791359/1‑91 (MQ=34) gTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtt < 1:4191394/91‑1 (MQ=34) gTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtt < 2:1802403/91‑1 (MQ=34) gTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtt > 2:1749644/1‑91 (MQ=34) gTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtt < 2:1446128/91‑1 (MQ=33) gTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtt > 1:3307058/1‑91 (MQ=33) gTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtt > 2:3448715/1‑91 (MQ=33) agtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtt < 1:3789061‑M1/69‑1 (MQ=255) tctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACttt < 1:3973086/91‑1 (MQ=34) tctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACttt > 1:1888543/1‑91 (MQ=34) tctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACttt > 2:239569/1‑91 (MQ=33) tctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACttt < 1:3456146/91‑1 (MQ=34) gtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACttt < 1:1824525‑M1/70‑1 (MQ=255) gtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACttt < 2:2538238‑M1/70‑1 (MQ=255) ttcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTAGTCCCTTAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTa < 2:4984793/90‑1 (MQ=11) tcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACGTGTAATTTTACTTTGAAATACTTTa < 2:57969‑M1/71‑1 (MQ=255) tcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTa < 1:1293786‑M1/71‑1 (MQ=255) tcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTa < 1:1175161‑M1/71‑1 (MQ=255) ctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTa < 1:4908885/91‑1 (MQ=34) ctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTa < 2:3814278/91‑1 (MQ=34) ctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTa > 2:5139933/1‑91 (MQ=34) tcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaa > 1:4563689/1‑91 (MQ=33) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATactttta < 2:3459970‑M1/72‑3 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTaa < 2:3561683‑M1/72‑1 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaa < 2:1165797‑M1/72‑1 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaa < 2:1323494‑M1/72‑1 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACCACGTATTAACATGTAATTTTACTTATACATACTTTaa < 2:3612919‑M1/72‑1 (MQ=255) cgaagaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACAAGTAATTTTACTTTGAAAtacttaaa < 2:5244253‑M1/72‑4 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAAtactttgaa < 2:3003311‑M1/73‑4 (MQ=255) gaagaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAAtacttttaa < 1:2339149‑M1/73‑4 (MQ=255) cAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaa < 2:4552474/91‑1 (MQ=34) cAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaa < 1:3018544/91‑1 (MQ=34) cAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaa < 2:4260378/91‑1 (MQ=34) cAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaa < 1:3018851/91‑1 (MQ=34) cAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaa < 1:5627598/91‑1 (MQ=33) aagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTtaaa < 2:5395068‑M1/74‑1 (MQ=255) aagaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAatacttttaaa < 2:2512011‑M1/74‑5 (MQ=255) aGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaaa > 2:1901658/1‑91 (MQ=33) gCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaaaa < 1:2901817/91‑1 (MQ=34) gaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTaaaaaa < 1:151987‑M1/76‑1 (MQ=255) gaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaaaaa < 2:1974704‑M1/76‑1 (MQ=255) ccTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaaaaa > 2:1765117/1‑91 (MQ=34) 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tCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATAAGa < 1:1301841/91‑1 (MQ=34) tCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATAAGa < 2:3238129/91‑1 (MQ=33) cTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATAAGac > 1:516062/1‑91 (MQ=34) ttCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATAAGaca > 1:861318/1‑91 (MQ=34) ttCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATAAGaca > 1:5214118/1‑91 (MQ=34) tCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATAAGacac < 2:1197751/91‑1 (MQ=33) tCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATAAGacac < 1:415729/91‑1 (MQ=34) cGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATAAGACACt < 1:1405154/91‑1 (MQ=34) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |