New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 292 (1.020) | 18 (0.080) | 12/132 | NT | 8.2% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 162 (0.690) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA |
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
GATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAT > USA300TCH1516_ALE/759936‑760116 | aaaataattaacttttgtgatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta > 2:4399987‑M1/91‑91 (MQ=255) aaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta < 1:352334‑M1/1‑1 (MQ=255) aaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta > 1:258615‑M1/91‑91 (MQ=255) aaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta > 2:1026702‑M1/91‑91 (MQ=255) aaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta < 1:2090734‑M1/1‑1 (MQ=255) atAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATaaa < 1:379834/91‑1 (MQ=255) aataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaa > 2:4105973‑M1/89‑91 (MQ=255) aaaTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATaaaaa < 1:1307801/91‑1 (MQ=255) aattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttaaaaaa > 2:717734‑M1/86‑91 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATaaaaaaa < 1:4296176/91‑1 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATaaaaaaa > 1:540268/1‑91 (MQ=255) aTGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATaaaaaaa < 1:4643772/91‑1 (MQ=255) attaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAAc > 2:1741130‑M1/85‑91 (MQ=255) attaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAAc < 1:2307203‑M1/7‑1 (MQ=255) attaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAAc > 1:1529864‑M1/85‑91 (MQ=255) ttaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACt < 1:5148528‑M1/8‑1 (MQ=255) ggTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACt > 2:1919935/1‑91 (MQ=255) taactttcgtcatgagaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTg > 2:4346865‑M1/83‑91 (MQ=255) gTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTg < 1:4549581/91‑1 (MQ=255) gTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTg > 2:2033226/1‑91 (MQ=255) gTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTg < 2:5496812/91‑1 (MQ=255) aacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGc > 1:4013880‑M1/82‑91 (MQ=255) aacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGc > 1:1659500‑M1/82‑91 (MQ=255) acttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCt > 2:5033287‑M1/81‑91 (MQ=255) aaaaTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCt > 2:4248944/1‑91 (MQ=255) ttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgtgagttAAAAAACTGCTTg > 1:5471510‑M1/79‑91 (MQ=255) aaTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTg > 2:2738043/1‑91 (MQ=255) tttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGa > 2:4061919‑M1/78‑91 (MQ=255) ttAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGa > 2:1678358/2‑91 (MQ=255) tAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAATAACTGCTTGAt > 2:5642119/1‑91 (MQ=255) 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aGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGa < 2:3422499/91‑1 (MQ=255) gggAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGaa < 1:1886732/91‑1 (MQ=255) gggAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGaa < 2:64742/91‑1 (MQ=255) attaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGaaa > 1:1755187‑M1/66‑91 (MQ=255) gAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAAc > 1:3632252/1‑91 (MQ=255) taaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAAcc > 2:3785741‑M1/64‑91 (MQ=255) taaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAAcc > 2:2088568‑M1/64‑91 (MQ=255) aaaCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAAcc > 2:799185/1‑91 (MQ=255) aaaCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAAcc < 1:4821223/91‑1 (MQ=255) aaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCt > 2:3972873‑M1/63‑91 (MQ=255) aCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCtt > 2:5163430/1‑91 (MQ=255) tATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTc < 1:3233726/91‑1 (MQ=255) taatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagttAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCa > 2:5338790‑M1/59‑91 (MQ=255) aTCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCa < 1:616339/91‑1 (MQ=255) aTCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCa < 1:2188763/91‑1 (MQ=255) tCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCaa < 1:696564/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |