New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2102579 | 220 (0.770) | 14 (0.050) | 9/146 | NT | 6.2% | intergenic (‑39/+277) | USA300HOU_RS10625/USA300HOU_RS10630 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2102583 | 220 (0.840) | intergenic (‑43/+273) | USA300HOU_RS10625/USA300HOU_RS10630 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGCTTCCGCAGT > USA300TCH1516_ALE/2102493‑2102673 | tttGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTc < 2:3826847‑M2/91‑2 (MQ=255) tGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTccc > 2:1804582‑M2/1‑88 (MQ=255) ggATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTcccc < 1:3383972‑M2/91‑5 (MQ=255) tcttctACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTcccctct > 1:3413669‑M2/1‑84 (MQ=255) tcttctACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTcccctct < 1:1680099‑M2/91‑8 (MQ=255) tcttctACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTcccctct > 1:2741837‑M2/1‑84 (MQ=255) ttctACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTCTAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTa < 1:5492293/91‑1 (MQ=255) ttctACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTa > 2:67406/1‑91 (MQ=255) ttctACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTa < 2:4147955/91‑1 (MQ=255) ttctACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTa > 2:2615828/1‑91 (MQ=255) tctACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTAt < 2:4843017/91‑1 (MQ=255) actaATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCt < 2:5311372/91‑1 (MQ=255) actaATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCt < 2:2356739/91‑1 (MQ=255) aaTTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCt < 2:2441086/91‑1 (MQ=255) 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ataatGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACAttt < 1:5071574/91‑1 (MQ=255) ataatGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACAttt < 1:3291796/91‑1 (MQ=255) taatGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTa > 1:1010609/1‑91 (MQ=255) taatGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTa > 2:3710810/1‑91 (MQ=255) taatGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTa > 1:4141689/1‑91 (MQ=255) taatGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTa > 1:4550719/1‑91 (MQ=255) aatGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTAt < 2:1086670/91‑1 (MQ=255) atGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTAtt > 2:2514520/1‑91 (MQ=255) tGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTg > 1:518430/1‑91 (MQ=255) tGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTg < 1:3138745/91‑1 (MQ=255) gTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGt > 2:3957325/1‑91 (MQ=255) gTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGt > 2:3512399/1‑91 (MQ=255) gTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGt > 1:146923/1‑91 (MQ=255) gTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAg < 2:4446034/91‑1 (MQ=255) gTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAg < 2:3450234/91‑1 (MQ=255) ttttAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAgt < 1:567283/91‑1 (MQ=255) tAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTc < 2:4514478/91‑1 (MQ=255) aaTTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCa > 2:1025943/1‑91 (MQ=255) aaTTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCa < 2:2035768/91‑1 (MQ=255) aaTTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCa > 1:3786830/1‑91 (MQ=255) aTTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCAc > 1:4241804/1‑91 (MQ=255) ttttGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACt > 2:1687372/1‑91 (MQ=255) tttGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTc > 1:580100/1‑91 (MQ=255) ttGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCa < 2:1241063/91‑1 (MQ=255) tGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCat < 1:1968785/91‑1 (MQ=255) tGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCat < 1:174540/91‑1 (MQ=255) gCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCata > 1:4434087/1‑91 (MQ=255) aTTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTa < 2:4284672/91‑1 (MQ=255) tttATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTAcc < 1:3555969/91‑1 (MQ=255) ttATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCa > 1:485647/1‑91 (MQ=255) ataataCTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAAc < 1:4862756/91‑1 (MQ=255) taataCTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACa < 1:1091338/91‑1 (MQ=255) ataCTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACata > 1:768498/1‑91 (MQ=255) ataCTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTAGTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACata > 1:4346614/1‑91 (MQ=255) taCTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACatat > 1:4656557/1‑91 (MQ=255) tctcCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCt < 2:438969/91‑1 (MQ=255) tctcCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCt < 2:2250577/91‑1 (MQ=255) ctcCTTATTGTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTGCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCtt < 2:1340512/91‑1 (MQ=255) tcCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCttt > 1:4283811/1‑91 (MQ=255) tcCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCttt < 2:594614/91‑1 (MQ=255) 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agagGGGTTGTcccctctattttatttgaaaataaggagagtattataaaatggcaaaattaaaccgtaacagtattcaatcactagaaga < 2:4517936‑M2/91‑81 (MQ=255) gagGTGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACAGGTATTGTTATGGTGTCACTCATATTACCAACAGATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTCTGc < 2:3031495/91‑1 (MQ=255) gagGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGc > 2:2174002/1‑91 (MQ=255) gagGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGc < 1:1776024/91‑1 (MQ=255) gagGGGTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGc > 1:2065816/1‑91 (MQ=255) gagGGATTGTccaatctattttatttgaaaataaggagagtattataaaatggcaaaattaaaacgtaacattattaaattagtagaagat < 2:3484853‑M2/91‑82 (MQ=255) ggggTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGCtt > 1:2504675/1‑91 (MQ=255) ggggTTGTCCCCTCTTATGCTTCTACATTTATTGTTATAGTGTCACTCATATTACCAACATATGCTTTAACCGTGGCAATACCTTGTGCtt < 2:1449942/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |