| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,243,494 | A→T | 5.3% | intergenic (+72/+37) | USA300HOU_RS11475 → / ← pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,243,494 | 0 | A | T | 5.3% | 1262.4 / 46.6 | 341 | intergenic (+72/+37) | USA300HOU_RS11475/pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (172/149); new base T (7/11); total (180/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
AAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGG > USA300TCH1516_ALE/2243404‑2243584 | aaGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCaa < 2:361924/91‑1 (MQ=255)aaGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCaa > 1:2150335/1‑91 (MQ=255)aaGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCaa < 1:2073238/91‑1 (MQ=255) agagACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAAt < 1:4450874/91‑1 (MQ=255) agaCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGt > 2:5469299/1‑91 (MQ=255) agaCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGt > 1:1954947/1‑91 (MQ=255) gaCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGtt > 1:2501505/1‑91 (MQ=255) cTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTa > 2:663460/1‑91 (MQ=255) ttAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTaa > 1:3932781/1‑91 (MQ=255) ttAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTaa > 2:1132559/1‑91 (MQ=255) tAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAAc < 1:591031/91‑1 (MQ=255) tAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAAAAAAAAAAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAAc < 2:838803/91‑1 (MQ=37) aaTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAAt > 2:3460813/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg < 2:4076561/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg < 1:2815173/91‑1 (MQ=255) ttATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTATCACTAACATAATATTAAAAAAATAAAAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACATTGa < 2:149630/91‑1 (MQ=25) ataAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAAGATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGaaa > 2:3307800/1‑91 (MQ=255) taAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAg < 1:3421952/91‑1 (MQ=255) taAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAg < 2:3878125/91‑1 (MQ=255) taAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAg < 1:1344421/91‑1 (MQ=255) aaaaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGt > 2:3562596/1‑91 (MQ=255) aaaaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGt > 1:1222778/1‑91 (MQ=255) aaaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACATTGAAAGTa < 2:178966/91‑1 (MQ=37) aaaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTa > 2:4857100/1‑91 (MQ=255) aaaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTa > 1:5246754/1‑91 (MQ=255) aaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAc < 1:4580370/91‑1 (MQ=255) aGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAcc < 2:241161/91‑1 (MQ=255) aGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAcc < 2:753971/91‑1 (MQ=255) aGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAcc > 2:4561121/1‑91 (MQ=255) aGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAcc < 1:1109334/91‑1 (MQ=255) tCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCgg > 2:2978613/1‑91 (MQ=255) tCACTATTGTTATGTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCgg < 2:3043978/91‑1 (MQ=255) cgaTTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATGTTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTGAACAATGAAAGTACCGGctt > 2:4711400/3‑91 (MQ=38) tATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGtttt > 1:2338332/1‑91 (MQ=255) tATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGtttt < 1:3851850/91‑1 (MQ=255) aTTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTtta > 2:4343290/1‑91 (MQ=255) ttGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTttat > 2:2250755/1‑91 (MQ=255) tGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACATTGAAAGTACCGGtttttcg < 1:5056869/91‑4 (MQ=21) gTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTttatta > 2:3717855/1‑91 (MQ=255) gTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAACGAAAGTACCGGTTttattg > 1:4343069/1‑90 (MQ=255) ttCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCaaa > 1:1299437/1‑91 (MQ=255) cgtACCTTGTCACTAACATAATATTGAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGCTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatt > 2:4738415/3‑91 (MQ=255) aTACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAattt < 2:2611381/91‑1 (MQ=255) aCCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttat > 2:1217508/1‑91 (MQ=255) aCCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttat < 1:1572727/91‑1 (MQ=255) ccTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttatt > 2:2564890/1‑91 (MQ=255) ccTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttatt < 2:1679579/91‑1 (MQ=255) ttGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGTAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttattta > 2:1318862/1‑91 (MQ=255) ttGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttattta > 1:2753294/1‑91 (MQ=255) gTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAATACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAActttatttatt > 1:5164788/1‑91 (MQ=255) tCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttatttattt > 2:3250022/1‑91 (MQ=255) cACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTAtttt > 1:477716/1‑91 (MQ=255) aaCATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTttgttg > 1:4039162/1‑91 (MQ=255) aaCATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTttgttg < 2:4935242/91‑1 (MQ=255) aCATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGa > 1:4979566/1‑91 (MQ=255) ttaataTTAAAATTATACGAAAAACCGGTAGTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGata < 2:189779/90‑1 (MQ=255) ataataTTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGata < 2:5048902/91‑1 (MQ=255) aataTTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAtt < 2:5407542/91‑1 (MQ=255) atatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAttt > 1:4218279/1‑91 (MQ=255) atatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAttt > 1:2901527/1‑91 (MQ=255) tatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAtttt < 2:4199514/91‑1 (MQ=255) tatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAtttt > 1:4540665/1‑91 (MQ=255) atTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTa < 2:2070242/91‑1 (MQ=255) atTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTa > 1:3030133/1‑91 (MQ=255) atTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTa > 1:4333169/1‑91 (MQ=255) agtAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATGAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTa < 2:4490053/89‑1 (MQ=255) ttAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTaa < 1:170964/91‑1 (MQ=255) ttATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGc < 2:5111108/91‑1 (MQ=255) ttATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGc < 2:1795119/91‑1 (MQ=255) ttATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGc < 2:1041746/91‑1 (MQ=255) ttATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGc < 1:4856211/91‑1 (MQ=255) tataCGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCt < 1:3160431/91‑1 (MQ=255) tataCGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCt < 1:3609921/91‑1 (MQ=255) tataCGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCt < 1:5321508/91‑1 (MQ=255) tataCGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCt > 1:4637649/1‑91 (MQ=255) taCGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTc > 1:1153060/1‑91 (MQ=255) cGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCaa < 2:5334317/91‑1 (MQ=255) ccGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGa < 2:3749273/91‑1 (MQ=255) ccGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGa < 1:861698/91‑1 (MQ=255) cGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAt < 1:2089361/91‑1 (MQ=255) ggTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAtt > 2:4435379/1‑91 (MQ=255) ggTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAACGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAattatt > 2:3968931/1‑91 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt > 2:4880225/1‑91 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt < 1:1477245/91‑1 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt > 1:4876590/1‑91 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt < 1:3516915/91‑1 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt > 2:5233557/1‑91 (MQ=255) tACTTTCATTGTTAAACATTGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTa > 2:2685238/1‑91 (MQ=37) tACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTa > 2:2883891/1‑91 (MQ=255) tACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTa > 1:1020438/1‑91 (MQ=255) aCTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGCTATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTaa < 1:5523001/91‑1 (MQ=255) aCTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTaa > 1:4896933/1‑91 (MQ=255) aCTTTCAATGTATAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTaa < 2:5648751/91‑1 (MQ=255) tttCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTaaaa < 1:4078463/91‑1 (MQ=255) tttCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTaaaa < 1:4137265/91‑1 (MQ=255) ttCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTaaaaa < 1:3108639/91‑1 (MQ=255) ttCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATGTTAATGAAGCTTCAATATATGATTTataaa > 2:1980862/1‑91 (MQ=255) cAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATc < 2:5387012/91‑1 (MQ=255) cAATGTTGAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTGAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATc < 1:4481966/91‑1 (MQ=255) aTGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCgg < 1:3230453/91‑1 (MQ=255) | AAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGG > USA300TCH1516_ALE/2243404‑2243584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |