Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,825 | A→T | 5.4% | intergenic (+106/+154) | USA300TCH1516_02485 → / ← USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,608,825 | 0 | A | T | 5.4% | 1245.3 / 44.5 | 341 | intergenic (+106/+154) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (146/175); new base T (11/8); total (158/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
ATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGG > USA300TCH1516_ALE/2608735‑2608915 | atataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAAtata > 1:1466844/1‑91 (MQ=255) ataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAgg < 1:1430523/91‑1 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTGAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa < 2:3807732/91‑1 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa < 2:5012526/91‑1 (MQ=255) aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGAc < 2:4202866/91‑1 (MQ=255) aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGAc > 2:1727231/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |