| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 825232 | 50 (0.940) | 4 (0.080) | 4/250 | NT | 7.5% | coding (24/1056 nt) | tagO | putative undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminyl 1‑phosphate transferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 825273 | 51 (1.000) | coding (65/1056 nt) | tagO | putative undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminyl 1‑phosphate transferase | |||||
ATTTATAATAAAGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGATTCTCTTTTC > USA300TCH1516_ALE/825099‑825372 | attTATAATAAAGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTCCATTATTACTAGTTGCAGTAACaa > 2:332521/1‑141 (MQ=255)attTATAATAAAGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACaa < 1:57063/141‑1 (MQ=255)attTATAATAAAGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACaa > 1:152783/1‑141 (MQ=255)attTATAATAAAGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACaa > 2:26256/1‑141 (MQ=255)attTAAAATAAAGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTCAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACaa < 1:449649/141‑1 (MQ=255)aatcataaaaAAACTATAAGAGTTACGTAGAAAATAGATATATCATTCTGTAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACaa < 2:258645/137‑1 (MQ=255) tataATAAAGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGa > 1:379023/1‑141 (MQ=255) tataATAAAGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAAAAATGa > 2:409712/1‑141 (MQ=255) aaaGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCa < 2:208557/141‑1 (MQ=255) aaaGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCa < 2:208607/141‑1 (MQ=255) aaaGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCa < 1:84509/141‑1 (MQ=255) aaGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAg > 1:245092/1‑141 (MQ=255) cTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGttt < 2:591334/141‑1 (MQ=255) aatatACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGAt < 2:655537/140‑1 (MQ=255) atatACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATCATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATa > 2:338806/1‑141 (MQ=255) taCGTAGAAAATAGATATCTAACGCTATAATTACAATACTAAACAAATATAACGTTAATAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCACTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAaca < 2:497478/141‑1 (MQ=255) taCGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACGATATTAAATAAATATGACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAaca > 1:440396/1‑141 (MQ=255) aCGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATCTTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAacac > 1:460731/1‑141 (MQ=255) aaaaTAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTCACAAAAAAGATCGGTAAATACAATTAATATCGATGAAAATGATTAAATGGTAAAATTATTAATAGTTGCAGTAACAATGATTCTCAGTTTGACGATAACAACAATTg > 2:437438/1‑141 (MQ=255) aaaTAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAAGAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGt < 1:55383/141‑1 (MQ=255) aGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATt > 2:497846‑M2/1‑140 (MQ=255) atatCATTCTATAAAGAGAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATAGCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTACAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATtgcaa > 2:633691‑M2/1‑136 (MQ=255) atatCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATtgcaa > 2:275815‑M2/1‑136 (MQ=255) atCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAata > 1:146471/1‑141 (MQ=255) actCTATAAAGCCAATACTAAATAAATAAAACGCTAAAAACAATTAATATCGATGAATGTGAATAAATGGTTACATTATCACCAGTTGCAGTAACAATGATTGTCATTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCg < 1:183822/139‑1 (MQ=255) cTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAataacaattggtgttatcgtcaaactgacaatcattattactgcaactagtaat > 2:509822‑M1/1‑87 (MQ=255) cTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATtgcaaatagtaat < 1:509822‑M2/141‑14 (MQ=255) aaGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGAtt > 1:362942/1‑141 (MQ=255) gACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACATCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTaa > 2:53447/1‑141 (MQ=255) gACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACAACCATTGTAATTGCAATCTAGAAACGATTaa > 2:359976/1‑141 (MQ=255) cAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAAt < 1:288274/141‑1 (MQ=255) aaTATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAataacaattggtgttatcgtcaaactgacaatcattgttactgcaactagtaataatgtaacca > 2:501379‑M1/1‑77 (MQ=255) aaTATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATtgcaactagtaataatgtaacca < 1:501379‑M2/141‑24 (MQ=255) atTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTAAGTTCGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAg < 2:332043/141‑1 (MQ=255) atTAAACAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAAGTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAg < 1:164022/141‑1 (MQ=255) aataaataTAAAGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGa < 2:24598/141‑1 (MQ=255) atatAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAAc > 2:86032/1‑141 (MQ=255) atatAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAAc < 1:282143/141‑1 (MQ=255) atatAACGGTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAAc < 1:282031/141‑1 (MQ=255) tataACGTTAAAAAAAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAAcc > 1:356121/1‑141 (MQ=255) aCGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAAt < 2:415124/141‑1 (MQ=255) tAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTa > 2:72068/1‑141 (MQ=255) gATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTaaa > 1:120694/1‑141 (MQ=255) gATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTaaa < 1:86032/141‑1 (MQ=255) ggAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTc < 1:280670/140‑1 (MQ=255) aaTGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTAAATTaa > 1:204247/1‑140 (MQ=255) tGGTTACATTATTACTAGTTGCAataacaattggtgttatcgtcaaactgacaatcattgttactgcaactagtaataatgtaaccatttattcaccttcatcgatattaattgtttttaacgttatatttatttaatatt < 1:501379‑M1/141‑119 (MQ=255) tGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATtgcaactagtaataatgtaaccatttattcaccttcatcgatattaattgtttttaacgttatatttatttaatatt > 2:501379‑M2/1‑64 (MQ=255) aCATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGGTAGGggtggt < 2:146471/141‑1 (MQ=255) cATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTa > 2:352458/1‑141 (MQ=255) tattaCTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAg < 2:245092/141‑1 (MQ=255) attaCTATTTGCAataacaattggtgttatcgtcaaactgacaatcattgttactgcaactagtaataatgtaaccatttattcaccttcatcgatattaattgtttttaacgttatatttatttaatattgtctttatag < 1:509822‑M1/141‑129 (MQ=255) attaCTAGTTGCAGTAATAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATtgcaactagtaataatgtaaccatttattcaccttcatcgatattaattgtttttaacgttatatttatttaatattgtctttatag > 2:509822‑M2/1‑54 (MQ=255) attaCTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATGTCAGTTATGGGTGGTACAGt < 1:406317/141‑1 (MQ=255) taCTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTgt > 2:624751/1‑140 (MQ=255) cTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGAtt > 1:309859/1‑141 (MQ=255) tAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGATtc < 2:488528/141‑1 (MQ=255) aGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAACGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGGGGTACAGTGTTtct > 1:508702/1‑141 (MQ=255) aGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGATtct > 2:480621/1‑141 (MQ=255) aGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGATtct > 1:605812/1‑141 (MQ=255) aGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGATtct > 2:341500/1‑141 (MQ=255) ttGCAataacaattggtgttatcgtcaaactgacaatcattgttactgtaactagtaataatgtaaccatttattcaccttcatcgctattaattgtttttaacgttatatttatttaatattctctttatagaatgatat > 2:633691‑M1/1‑5 (MQ=255) ttGCAataacaattggtgttatcgtcaaactgacaatcattgttactgcaactagtaataatgtaaccatttattcaccttcatcgatattaattgtttttaacgttatatttatttaatattgtctttatagaatgatat > 2:275815‑M1/1‑5 (MQ=255) ttGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGATTctct > 2:239274/1‑141 (MQ=255) tGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGATTCTCtt < 1:72068/141‑1 (MQ=255) tGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGATTCTCtt > 2:36415/1‑141 (MQ=255) aataacaattggtgttatcgtcaaactgacaatcattgttactgcaactagtaataatgtaaccatttattcaccttcatcgatattaattgtttttaacgttatatttatttaatattgtctttatagaatgatatatct > 2:497846‑M1/1‑1 (MQ=255) | ATTTATAATAAAGCTATAAGATATACGTAGAAAATAGATATATCATTCTATAAAGACAATATTAAATAAATATAACGTTAAAAACAATTAATATCGATGAAGGTGAATAAATGGTTACATTATTACTAGTTGCAGTAACAATGATTGTCAGTTTGACGATAACACCAATTGTTATTGCAATATCGAAAAGATTAAATTTAGTTGATAAACCAAATTTTAGAAAAGTACACACTAAACCTATTTCAGTTATGGGTGGTACAGTGATTCTCTTTTC > USA300TCH1516_ALE/825099‑825372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |