| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 129,796 | G→C | 92.5% | intergenic (‑209/+212) | spa ← / ← sarS | Immunoglobulin G‑binding protein A/HTH‑type transcriptional regulator SarS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 129,796 | 0 | G | C | 92.5% | 168.9 / 6.5 | 54 | intergenic (‑209/+212) | spa/sarS | Immunoglobulin G‑binding protein A/HTH‑type transcriptional regulator SarS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (17/32); total (19/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/129660‑129928 | tatTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATCAAATATAGACatat > 2:623762/1‑141 (MQ=255) atTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAtt < 2:85801/141‑1 (MQ=255) atTTATAATTAAAATTAAAGGTAAGTTTCTCTACTTATAAAATAACCATTTCCCGAAAATATGTATTCACAAAAAAAAAGACTGAAAACCTCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAtt < 2:58037/141‑1 (MQ=255) aaaTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATg < 1:44741/141‑1 (MQ=255) aaaTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATg > 2:50496/1‑141 (MQ=255) aGGTAAGGTTTACAACTTATAAAAAAAAGATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGt < 2:328942/141‑1 (MQ=255) aaGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTGTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTaa > 1:428873/1‑141 (MQ=255) aGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAAT‑AAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATa < 1:528078/141‑1 (MQ=255) tgttACTACCTATAAAATAAATACTTTGCAGAAAGATTTATTCAGGAAGGAAAAGGCTTAAAACCGAAAAATCACGATATTTCGAGTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATAc < 1:54642/139‑1 (MQ=255) tACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACata < 2:109866/141‑1 (MQ=255) aCAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACatat > 2:438285/1‑141 (MQ=255) aaCTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGa < 1:164024/141‑1 (MQ=255) aCTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAg > 1:315106/1‑141 (MQ=255) cTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGt < 2:78411/141‑1 (MQ=255) attATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGt < 1:210834/140‑1 (MQ=255) ttATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATCTTTGTTAAATTAAAAGCGGTTTCCTACATATGAGtt > 2:166994/1‑141 (MQ=255) ttATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGtt > 1:506397/1‑141 (MQ=255) ataaaataaaTATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTaa > 2:525412/1‑141 (MQ=255) aaataaatATGTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAACCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTaaaaa < 1:590494/141‑1 (MQ=255) aataaataTTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTATAATACATATGAGTTaaaaaa > 2:221659/1‑141 (MQ=255) ttGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACTCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAg < 2:435925/141‑1 (MQ=255) ttGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAg < 1:502094/141‑1 (MQ=255) ttGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTCTAATACCTCTGAGCTAAAAAATATTTTTAAg < 2:660171/141‑1 (MQ=255) tGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAACAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGGGTTAAAAAATATTTTCAAGAATa > 2:1129/1‑141 (MQ=255) tGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATa < 1:283936/141‑1 (MQ=255) tGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATa < 1:114449/141‑1 (MQ=255) gATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTg > 1:270445/1‑141 (MQ=255) tttATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTggg < 1:50496/141‑1 (MQ=255) ttCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCtt < 1:508097/141‑1 (MQ=255) gAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCAGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGCATAAAGTGGGGCTTTGAAt < 1:432429/141‑1 (MQ=255) gTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAAtgtg > 1:4706/1‑141 (MQ=255) aaGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGGTTAATACATATGAGATAAAAAATATTTTTAAGAATACAGTGAGGCTTTGAATGTGCTGa > 2:285595/1‑141 (MQ=255) gtcctAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAgg < 1:311248/137‑1 (MQ=255) ggCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAgg < 1:309796/141‑1 (MQ=255) cTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGCAATCAATGTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGtt < 1:316120/141‑1 (MQ=255) cTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTGGAATGTGCTGAGGtt < 1:495072/141‑1 (MQ=255) cTTAAAACCGCAAAAACACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGtt < 1:64463/141‑1 (MQ=255) ttAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGttt < 2:636788/141‑1 (MQ=255) ttAAAACCGCAAAATCACGCCATTTCTATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGttt < 1:270169/141‑1 (MQ=255) aaaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTTTAATGAAAGCGGGTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAATGTGGGGCTTTGAATATGCTGAGGTTTact > 1:81195/1‑139 (MQ=255) ccaaaaaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg < 2:327648/138‑1 (MQ=255) cGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg < 2:58949/141‑1 (MQ=255) cAAAAGCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGCGGTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGa < 1:489464/141‑1 (MQ=255) aaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAAt < 1:525412/141‑1 (MQ=255) aaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAAt > 1:548932/1‑141 (MQ=255) aTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTTTATTTTTAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATg > 2:653433/1‑141 (MQ=255) tCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATgg < 2:614669/141‑1 (MQ=255) tCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAGTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATgg < 2:193788/141‑1 (MQ=255) tCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGa < 1:646347/141‑1 (MQ=255) tCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGa < 1:610468/141‑1 (MQ=255) taataaAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatag < 1:438285/141‑1 (MQ=255) aaaaaCAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATATCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaa > 2:47376/1‑141 (MQ=255) aTAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgt > 1:396630/1‑141 (MQ=255) aaTATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgttgtt > 1:132235/1‑141 (MQ=255) | TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/129660‑129928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |