| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | T→G | 100% | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 → | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | 0 | T | G | 100.0% | 293.5 / ‑6.5 | 84 | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (42/41); total (42/42) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGACAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATGAAGA > USA300TCH1516_ALE/665254‑665527 | cGACAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATgat > 1:107256/1‑141 (MQ=255)cGACAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATgat > 2:444746/1‑141 (MQ=255) acaacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGatat < 1:45716/141‑1 (MQ=255) acaacaGTTAAGCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTACTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGatat < 1:647771/141‑1 (MQ=255) caacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATAtt < 1:600415/141‑1 (MQ=255) aacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATAttt > 2:531027/1‑141 (MQ=255) acaGGTAATCACGTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAAAATGTTATGCCTAAGTTACCACTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTa < 1:319486/141‑1 (MQ=255) attAACCACTTGTTAGAAGCCTCATACAATGAACATCAATTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCCTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGACATTTATCa < 2:85560/140‑1 (MQ=255) tAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTAATTCAGGGGGAAGAATGATATTTATCAGc > 2:329014/1‑141 (MQ=255) aTCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTc > 1:408993/1‑141 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2:649347/141‑1 (MQ=255) aGAAGCGTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTaa < 2:311436/141‑1 (MQ=255) aGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAAcc < 1:522944/141‑1 (MQ=255) aGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAAcc < 1:366951/141‑1 (MQ=255) tCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGaa > 1:659102/1‑141 (MQ=255) atatAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTCGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATGTACGGTGAAGGATGATATTTATCACCTCATTATGTTAAACCAGAATc > 1:386020/1‑141 (MQ=255) tataATGAACATCATTTAAAGACAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCg < 1:129157/141‑1 (MQ=255) tataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCg > 2:111873/1‑141 (MQ=255) tataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACAGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCg > 2:341231/1‑141 (MQ=255) aataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCg < 2:384355/140‑1 (MQ=255) ataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTGGTCGTTGAAGAAGGTCATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTAAGTTAACCCAGAATCGc > 1:244084/1‑141 (MQ=255) ataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGCAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTCCCTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCACCTGATTATGTTAAACAAAAATCGc > 1:245669/1‑141 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2:255344/141‑1 (MQ=255) aaCATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATa < 1:107866/141‑1 (MQ=255) aaCATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATa < 2:408993/141‑1 (MQ=255) atcatTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAg > 2:333951/1‑141 (MQ=255) atcatTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGATAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGGATCCCAAAATACAg > 2:96942/1‑141 (MQ=255) tcatTTAAAGAGAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAgg < 1:104176/141‑1 (MQ=255) ttAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTAt > 1:350718/1‑141 (MQ=255) tAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATAAAGGTTATg > 2:43749/1‑141 (MQ=255) aagaCTTCAAGAATAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCTTTATCTTGTCTAACTTTACTTACGGTGAAGAATTATATTTATTAGTTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGc < 2:1645/141‑1 (MQ=255) ttCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGt < 2:403041/141‑1 (MQ=255) ttCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGt < 2:403044/141‑1 (MQ=255) cAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGACGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTAGTTAAGGTGAAGAATGATATGTATCAGCTCATTCTGTTAAACCAGACTGTCAACATTGAGGTTATGGTACAGCCTTGTTa > 2:184547/1‑141 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1:329014/141‑1 (MQ=255) attCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGTTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACTTACAGGTTATGGTAAAGCATTGTTAAATGAAGGAtt < 1:111873/141‑1 (MQ=255) attCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTATAGCATTGTTAAATGAAGGAtt < 1:341231/141‑1 (MQ=255) ttCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTa > 2:553908/1‑141 (MQ=255) ttCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTa > 2:270030/1‑141 (MQ=255) ttCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTa > 2:310937/1‑141 (MQ=255) ttCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTa > 2:311031/1‑141 (MQ=255) ttCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGAATTGTTAAATGAAGGAttt > 2:297776/1‑140 (MQ=255) tCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTCTTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTaa > 2:427075/1‑140 (MQ=255) tCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACACGGTACGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTAt > 2:578458/1‑141 (MQ=255) tCTTAGTCGTTGAAGAAGGGAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTAt > 2:5966/1‑141 (MQ=255) cTTAGTCTTTGAAAAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATCGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATc < 2:201248/141‑1 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2:16282/141‑1 (MQ=255) gaagaaGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGaa > 1:86188/1‑141 (MQ=255) aaTGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAAttt > 1:649908/1‑141 (MQ=255) aaTGACATCGTTGGCTTTGCTAACGTTAGTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAAttt > 1:423102/1‑141 (MQ=255) aaTCGTGTGCTTTTCTAACTTTATTTACAGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGAAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAgg < 2:31974/140‑1 (MQ=255) gTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGtt < 2:647192/141‑1 (MQ=255) gTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGtt < 1:578722/141‑1 (MQ=255) ttGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGTATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAg < 2:520762/141‑1 (MQ=255) cTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGagg > 1:233261/1‑139 (MQ=255) tttatttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGat < 1:407143/141‑1 (MQ=255) tttatttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGat < 2:659102/141‑1 (MQ=255) tttatttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGat < 1:416450/141‑1 (MQ=255) gttatttaCGGTGTAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATTGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGat < 1:166948/140‑1 (MQ=255) tttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCATCATACTGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGACAAATTTGAAGGTGTTTACGTAGAAGTAGataata > 1:404197/1‑141 (MQ=255) tttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGATGGTGTTTACTTAGAAGTAGataata < 1:333951/141‑1 (MQ=255) cGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATAGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATaaaaa > 2:570604/1‑141 (MQ=255) ggTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAAt < 1:111064/141‑1 (MQ=255) gaagaaTGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATgaa > 1:209998/1‑141 (MQ=255) agaaTGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATgaaga > 2:482171/1‑141 (MQ=255) agaaTGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATgaaga < 1:563590/141‑1 (MQ=255) | CGACAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATGAAGA > USA300TCH1516_ALE/665254‑665527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |