Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 725,415 | T→C | 8.6% | V101A (GTT→GCT) | dhaK → | PTS‑dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone‑binding subunit DhaK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 725,415 | 0 | T | C | 8.6% | 144.5 / 4.3 | 60 | V101A (GTT→GCT) | dhaK | PTS‑dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone‑binding subunit DhaK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/20); new base C (3/2); total (37/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 |
ACATGAACCTGCGCATGCCGGTTTTGTTGCAGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCGTGGTGTTGCA > USA300TCH1516_ALE/725275‑725554 | aCATGAACCTGCGCATGCCGGTTTTGTTGCAGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGt < 1:581608/141‑1 (MQ=255) aTGAACCTGCGCATGCCGGTTTTGTTGCAGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTg < 2:500526/141‑1 (MQ=255) cATGCCGGTTTTGTTGCAGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTTCACCGGATAAAATATTAGAAGCTGTTAAAGCAGTAGATACTGGGGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACGAt > 2:337133/1‑141 (MQ=255) cATGCCGGTTTTGTTGCAGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATCCTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAGAACTAt > 1:109155/1‑141 (MQ=255) cATGCCGGTTTTGTTGCAGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTAt > 2:658774/1‑141 (MQ=255) cATGCCGGTTTTGTTGCAGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTAt > 2:206816/1‑141 (MQ=255) ttttGGTGCAGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGa < 2:250924/141‑1 (MQ=255) aGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGaa < 1:579504/141‑1 (MQ=255) gAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAGTATTGGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGCGACGTGATGAAt > 1:306957/1‑141 (MQ=255) tATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCCGCTAAAATATTAGACGCTATTAAAGCAGTCGATACTGGTGATGGTGTCTTACTAGTGGTCAAAAACTATGCAGGTGACGCGATGAATTTCGa > 2:377767/1‑141 (MQ=255) gggTTTGTGGCGAAGGATTTACAGCACCTACACCTGATAAAATATTTGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGc < 2:426639/140‑1 (MQ=255) cGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGACGTTTAGCTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGc > 1:653797/1‑141 (MQ=255) gTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGAACAAGAGCTTGCACGAATGGag > 2:449614/1‑140 (MQ=255) ttACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAGATGGAAGGta > 1:497828/1‑141 (MQ=255) aCATCACCTACACCTGATAAAATAGTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGtata < 1:515464/141‑1 (MQ=255) tCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGCAAGATATAAAt > 2:320205/1‑141 (MQ=255) cTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTc < 1:136108/141‑1 (MQ=255) cTACACCGGATAAAATATTAGAAGCAATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATAAAAAAAAAAAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTc < 2:176942/141‑1 (MQ=255) cacCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTACAAATGTTCaaa > 2:55660/1‑141 (MQ=255) aaaaaTATTAGAAGCTAGTAAAGCAGTGGATACGGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTTTTAt < 1:452485/140‑1 (MQ=255) aaaaTATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAGTGGCACAATAGCTTGCAGAAATTGAAGGGATAAATGTTCAAACTGTTAtt > 1:467199/1‑141 (MQ=255) aaaaTATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTAtt < 1:638922/141‑1 (MQ=255) tatTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGGTATGGTTc > 1:595118/1‑141 (MQ=255) tatTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGAAGCATGGAACTATGAAGATGTCGTTATGAATTTCGAAATGGGGCAGGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTGATTGTTc > 1:156862/1‑141 (MQ=255) gAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGGGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGAGGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTAGGAGAAAGGGAAGGTATAAATGGTCAAACTGTTATTGTTACTgac > 2:9399/1‑141 (MQ=255) aGCCATTAAAGAAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTgacga < 1:634635/141‑1 (MQ=255) gtagtAATGCAGGAGATACTGTTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACa > 2:389853/5‑141 (MQ=255) cTATTAAAGCAGTAGATACTTGTGATGGTGTATTACTAGCTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATATATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACa > 2:490106/1‑141 (MQ=255) cTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGCTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACa > 2:83110/1‑141 (MQ=255) tATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGGGACGTGAGGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTCATTGTTCGTGGCGACAt > 2:103813/1‑141 (MQ=255) tATGAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAAAACTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCACACTGTTATTGTTCATGAGGACAt > 2:244206/1‑141 (MQ=255) tAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGc < 2:528740/141‑1 (MQ=255) aaaGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGCTGTAACAAAATATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGACATGGCACAAGAGTTTGTAGAAATGGAAGGGATAAATGATCAAACTGTTATGGTTCGTGACGACATTGCt > 2:554768/1‑141 (MQ=255) gCAGTAGATGCAGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTTATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCtgtg < 1:254320/141‑1 (MQ=255) gCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCtgtg > 2:324866/1‑141 (MQ=255) gCAGTAGATACGGGGGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGCATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGAAGACGTTGCtgtg > 2:243093/1‑141 (MQ=255) gTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACa > 1:104502/1‑141 (MQ=255) aGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACaaa > 2:553522/1‑141 (MQ=255) aGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACaaa > 2:590931/1‑141 (MQ=255) agaCTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACg < 1:663527/139‑1 (MQ=255) ggTGATGGTGTATTACTCGTTGCTTATATCTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTa > 1:490213/1‑141 (MQ=255) ggTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGCCAAACGAAGTa > 1:308439/1‑141 (MQ=255) ggTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTa > 2:359760/1‑141 (MQ=255) gTGATGGTGTATTACTAGCTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTAc < 1:83110/141‑1 (MQ=255) gTGATGGTGTATTACTAGCTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCACAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACCGTTATTGTCTGTGTAGCCACTTCTGTGACAAACTTAGTAc < 1:490106/141‑1 (MQ=255) gATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACGTTGCTGTGACAAACGAAGTACaa > 2:456277/1‑141 (MQ=255) ggTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAAcgt < 2:622154/141‑1 (MQ=255) ggTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAAcgt < 2:71680/141‑1 (MQ=255) ggTGTATTACTAGTGGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAAcgt < 2:312415/141‑1 (MQ=255) tgtATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAAcgtcg > 1:237659/1‑141 (MQ=255) gtATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATAGTTCGTGACGACATTGCTGTGCCAAACAAAGTACAAcgtcgt > 2:317779/1‑141 (MQ=255) tATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACTAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCgtg < 1:417262/141‑1 (MQ=255) tATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGGGCTTGCAGAAATGGAAGGTATATATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCgtg < 2:260841/141‑1 (MQ=255) tATTACTAGTTGGAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCgtg < 1:594119/141‑1 (MQ=255) cTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCGTGGTGtt > 2:213738/1‑141 (MQ=255) cTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCGTGGGGtt > 2:648777/1‑141 (MQ=255) cTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGGAGTGGTGtt > 2:124043/1‑141 (MQ=255) aaGTTGCAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCGTGGTGTTg < 1:3476/140‑1 (MQ=255) tgTTGTAAAAAACTATGCACGGTACGTGACGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCGTGGTGTTGc < 2:95921/140‑1 (MQ=255) gTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCGTGGTGTTGCa > 2:494105/1‑141 (MQ=255) gTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCGTGGTGTTGCa > 1:510354/1‑141 (MQ=255) | ACATGAACCTGCGCATGCCGGTTTTGTTGCAGAAGGTATGCTAGATGCAGCGGTTTGTGGCGAAGTATTTACATCACCTACACCTGATAAAATATTAGAAGCTATTAAAGCAGTAGATACTGGTGATGGTGTATTACTAGTTGTAAAAAACTATGCAGGTGACGTGATGAATTTCGAAATGGCACAAGAGCTTGCAGAAATGGAAGGTATAAATGTTCAAACTGTTATTGTTCGTGACGACATTGCTGTGACAAACGAAGTACAACGTCGTGGTGTTGCA > USA300TCH1516_ALE/725275‑725554 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |