| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,509,090 | G→A | 7.6% | A1100V (GCT→GTT) | USA300HOU_RS07370 ← | Bacterial dynamin‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,509,090 | 0 | G | A | 7.6% | 172.6 / 2.9 | 61 | A1100V (GCT→GTT) | USA300HOU_RS07370 | Bacterial dynamin‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/25); new base A (3/2); total (34/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATAAAATAGTTTTCAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTGGATTCAAAATTTTACGTTTTGTTAATTGT > USA300TCH1516_ALE/1508952‑1509230 | tataAAATAGTTTTCAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGcc < 1:452569/141‑1 (MQ=255)tataAAATAGTTTTCAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATGGATGCAGAATTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAACCTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGcc < 2:637618/141‑1 (MQ=255) taAAATAGTTTTCAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATTGATTTATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCAt < 2:139635/141‑1 (MQ=255) aaaaTAGTTTTAAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCAtt < 1:309927/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttCAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGATTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCAATTTGCTTTa > 2:301304/1‑141 (MQ=255) ttttCAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAACTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCttaa > 2:577902/1‑139 (MQ=255) tttCAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTAc < 1:386940/141‑1 (MQ=255) ttCAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACa > 2:394751/1‑141 (MQ=255) gttgATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCTTTCGCTTTACGTATAAtt > 1:582241/1‑141 (MQ=255) tgATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTCCATATAATTCa > 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(MQ=255) tgttgtATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTgg < 1:323779/141‑1 (MQ=255) tgttgtATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAACCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTgg > 2:650207/1‑141 (MQ=255) tgttgtATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAACCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTgg > 2:650094/1‑141 (MQ=255) ttgtATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTAAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGtt < 2:284804/141‑1 (MQ=255) gtATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTGACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGt > 1:642683/1‑141 (MQ=255) tATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTCTCTTTGCGTTTGAACATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCCATTCAGCTTGTACAGTCATCTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTGGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGta < 2:319807/141‑1 (MQ=255) tATCGAATTCCAATGCTAAGAAGTCGTTTATTTGCGTNTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGTGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATANAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGta < 2:394888/141‑1 (MQ=255) tCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCt > 2:526487/1‑141 (MQ=255) tGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGt > 1:565644/1‑141 (MQ=255) gCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTa > 2:621796/1‑141 (MQ=255) cTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTAc < 2:375164/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGta < 1:545545/141‑1 (MQ=255) tGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGtata > 1:581435/1‑141 (MQ=255) gAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGCCAAATTGATTCATGTatat > 2:199767/1‑141 (MQ=255) aGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCGTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAAAGTACTTTTACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTg > 1:586107/1‑141 (MQ=255) aCTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTgg < 1:634571/141‑1 (MQ=255) tttCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAACCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTGGAt < 1:650094/141‑1 (MQ=255) tttCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAACCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTGGAt < 1:650207/141‑1 (MQ=255) gCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAGTAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTGGATTCAAAAttt > 1:443669/1‑141 (MQ=255) gCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTGGATTCAAAAttt < 2:38981/141‑1 (MQ=255) gCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTGGATTCAAAAttt > 1:425815/1‑141 (MQ=255) gATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTCTGCCCATTTGGATTCAAAATTTTa < 1:423704/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTGGATTCAAAATTTTACGTTTTGTTAATTGt > 2:612594/1‑141 (MQ=255) gCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTGGATTCAAAATTTTACGTTTTGTTAATTGt > 2:197400/1‑141 (MQ=255) | TATAAAATAGTTTTCAGTTGTTGATGTTTATCTTTCAATTGATTGATAAGTGTTGTATCTAAATCAAATGCTAATAAATCGTTTATTTGCGTTTGAATATTAGCTTCAAAACTTTCAAATTGCGATTCAGCTTCTACAGCCATTTGCTTTACATATAATTCAAGCTGTTGCCTCAATAATCCCATTTGTGGTTGTAATAATTCTAACGTACTTTGACAAATTGATTCATGTATATCTCTTTGCCCATTTGGATTCAAAATTTTACGTTTTGTTAATTGT > USA300TCH1516_ALE/1508952‑1509230 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |