Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 2,083,309 G→A 8.5% A477V (GCG→GTG)  USA300HOU_RS10525 ← 65 kDa membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE2,083,3090GA 8.5% 136.8 / 3.3 47A477V (GCG→GTG) USA300HOU_RS1052565 kDa membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (27/16);  new base A (2/2);  total (29/18)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.76e-01

TTTCACTTTTTAATACAGATTTCACTTTGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAATGTACTGTGTAAGTTGC  >  USA300TCH1516_ALE/2083172‑2083448
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
tttCACTTTTTAATACAGATTTCACTTTGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCcgctt                                                                                                                                          <  1:656273/141‑1 (MQ=255)
  tCACTTTTTAATACAGATTTCACTTTGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCcgctttc                                                                                                                                        >  2:494673/1‑141 (MQ=255)
  tCACTTTTTAATACAGATTTCACTTTGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCcgctttc                                                                                                                                        >  1:318297/1‑141 (MQ=255)
          tAATACAGATTTCACTTTGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCACTTTCGCTTTAGt                                                                                                                                >  1:134741/1‑141 (MQ=255)
          tAATACAGATTTCACTTTGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCACTTTCGCTTTAGt                                                                                                                                >  1:574345/1‑141 (MQ=255)
                   tttCACTTTGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGtttt                                                                                                                       >  2:510423/1‑141 (MQ=255)
                      cACTTTGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGGTTTAAc                                                                                                                    >  2:35843/1‑141 (MQ=255)
                         tttGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATc                                                                                                                 <  1:515720/141‑1 (MQ=255)
                           tGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCaa                                                                                                               >  1:53610/1‑141 (MQ=255)
                                     atatTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCtt                                                                                                     <  1:615548/141‑1 (MQ=255)
                                       atTTTTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCtttt                                                                                                   <  1:149071/141‑1 (MQ=255)
                                       atTTGTAACTAATTTATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAGCATCAATATCTATCtttt                                                                                                   <  2:268767/141‑1 (MQ=255)
                                         ttGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGGGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATTGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTa                                                                                                 <  2:307680/141‑1 (MQ=255)
                                          tGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTaa                                                                                                <  1:258791/141‑1 (MQ=255)
                                          tGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATATATCTTTTTaa                                                                                                >  2:493459/1‑141 (MQ=255)
                                           gTAACCCATGAATAGTTTATTCGAAATTTTAAGATTTAATAATATTGGTGTTAATGTGCTATTTACTGCGATTGTATATGGTACATTGAGATCCGCCTCCGCTTTAATTCCTGTTTTAACATCAATATATATCTTTTTAat                                                                                               >  2:215270/1‑141 (MQ=255)
                                                taattaatTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCtt                                                                                          <  2:477527/141‑1 (MQ=255)
                                                   ttaattGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGaa                                                                                       <  2:570462/141‑1 (MQ=255)
                                                    taattGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTTaaa                                                                                      >  2:231858/1‑140 (MQ=255)
                                                     aattGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACa                                                                                     >  1:481622/1‑141 (MQ=255)
                                                         gTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATaaa                                                                                 >  1:106856/1‑141 (MQ=255)
                                                              ttCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGa                                                                            <  2:511723/141‑1 (MQ=255)
                                                                cGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGAtt                                                                          >  1:465570/1‑141 (MQ=255)
                                                                 gAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTc                                                                         >  1:572841/1‑141 (MQ=255)
                                                                       ttAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTGGTTCCTGTTTTAACATCAATATATATGTTTTTAATCTCTTGAACTTTAAGCAGATTGAGTTgg                                                                   >  1:361140/1‑141 (MQ=21)
                                                                          aGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTa                                                                >  1:616918/1‑141 (MQ=255)
                                                                          aGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTa                                                                >  1:659133/1‑141 (MQ=255)
                                                                          aGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTCAACATAAACAAGATTCAGTTGGCtc                                                                >  2:13288/1‑140 (MQ=255)
                                                                              ttGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCACTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAatat                                                            <  2:574345/141‑1 (MQ=255)
                                                                              ttGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCACTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAatat                                                            <  2:134741/141‑1 (MQ=255)
                                                                                      aTTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTGTCTTTTTAATATCTTGAACATAAGGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAAttt                                                    >  1:442079/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          gtgtTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGt                                                <  1:304441/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     ccATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACtttt                                     >  1:30435/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                       aTTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTCTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTGAGTTGGCTAATATTTGAAGTTCTGTTAATCACtttttt                                   <  1:372068/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             tGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATAACTATCATTTTAATATCTAGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCgaaaa                             <  2:391752/141‑5 (MQ=255)
                                                                                                              gCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCa                            >  2:546604/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                aaTTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCAtt                          >  2:167905/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      atatGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTaaa                    >  1:508430/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      atatGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTaaa                    >  1:390905/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        atGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATGTCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCTGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTaaaag                  >  1:281490/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                        atGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGACCATAAAGCCGATTCAGTTGGCTAATGTTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAAt                  >  1:646033/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        atGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAAt                  <  2:481622/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        atGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAAt                  <  1:494673/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        atGGTACATAGCTATACGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAAt                  >  1:496322/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aCATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATCAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGTCTTTATGTTAATCACTTGTTTCGTTCGTTTTTTATAGTGTGCt             >  2:628039/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aCATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAATGTACt             >  1:136086/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                tAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTCTCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAAGATACtgtg          >  2:234911/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                tAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTCAAAAGTACtgtg          >  2:627060/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 aGCTATCGGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAATGTACTgtgt         <  1:459907/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 aGCCATTCGTTTTCGCTTTTGCTCCTGTTCTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAATGTACTgtgt         <  1:459942/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        cgctttcgctttAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAATGTACTGTGTAAGTTGc  <  2:659133/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        cgctttcgctttAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAATGTACTGTGTAAGTTGc  <  1:546604/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
TTTCACTTTTTAATACAGATTTCACTTTGTCATTTAAATATTTGTAACTAATTAATTGTTTATTCGAAATTTTAAGCTTTGATAAAATTGGTGTTGATGTGCCATTTACTGCAATTGTATATGGTACATAGCTATCCGCTTTCGCTTTAGTTCCTGTTTTAACATCAATATCTATCTTTTTAATATCTTGAACATAAAGCAGATTCAGTTGGCTAATATTTGAATTTATGTTAATCACTTTTTTCGTTCCATTTTTAAAATGTACTGTGTAAGTTGC  >  USA300TCH1516_ALE/2083172‑2083448

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑