| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,454,626 | A→T | 100% | L48L (CTA→CTT) | lyrA → | Lysostaphin resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,454,626 | 0 | A | T | 100.0% | 213.4 / NA | 65 | L48L (CTA→CTT) | lyrA | Lysostaphin resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (26/39); total (26/39) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATT > USA300TCH1516_ALE/2454490‑2454761 | aCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCAc > 2:16148/1‑141 (MQ=255) aaTAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCCGCGATTTCCAGACTATAATTGGTGTAAAACACTTTATATTTTAAGTTACAGATCTTGCACCa > 2:628740/1‑141 (MQ=255) aaTAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCa > 2:535066/1‑141 (MQ=255) aTAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt > 1:176885/1‑141 (MQ=255) aTAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt > 1:566650/1‑141 (MQ=255) aTAAAATTTCTGGATTTCAATGGGCAATGACAATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGTCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCGGTCTATAATTGGTGTCAACCCCTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt > 1:473905/1‑141 (MQ=255) aaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCGTTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt > 2:339639/1‑141 (MQ=255) tCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATtgct > 1:389527/1‑141 (MQ=255) tCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATtgcc > 2:12942/1‑140 (MQ=255) tCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATggct > 1:617566/1‑141 (MQ=255) tCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTATCCTTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATtgct > 1:351558/1‑141 (MQ=255) cTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATtgctg < 1:50019/141‑1 (MQ=255) tGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATtgctgc > 1:521021/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATtgctgc > 1:584019/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCTTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCa < 2:260803/141‑1 (MQ=255) gTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCaa > 1:610099/1‑141 (MQ=255) gTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCaa > 1:501805/1‑141 (MQ=255) gTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTCCaa > 1:134842/1‑141 (MQ=255) tCAATGGGCAATGACGATTTACGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGGTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGAACTTGCACCATCAATTGCTGCAATCAt > 1:403101/1‑141 (MQ=255) aTGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCAtttt > 2:618992/1‑140 (MQ=255) aaTGACGATTTTCGGCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACt < 2:333041/141‑1 (MQ=255) aTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc < 1:263045/141‑1 (MQ=255) tCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAat < 1:323370/141‑1 (MQ=255) gTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAatat < 1:251166/141‑1 (MQ=255) tcttTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATaaaa < 1:50157/141‑1 (MQ=255) gTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTTAAATATAAAAAGGTc < 1:495346/141‑1 (MQ=255) gTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTTAAATATAAAAAGGTc < 1:495335/141‑1 (MQ=255) ttACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAAc < 2:221574/141‑1 (MQ=255) ggCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATAGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTAAAAAAATAAAATGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAgg < 1:280489/141‑1 (MQ=255) cGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGtt < 2:501805/141‑1 (MQ=255) ttATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAAGTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTa < 2:197761/141‑1 (MQ=255) tATCCATTATGATCAGAGGTTTCCAATCTATAATTGTTGTCAAACACTTTACATTTGAAGTTCAAGCTCTTGCAACGTTAAGTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTaa < 1:132743/141‑1 (MQ=255) aTCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTaaa > 1:571806/1‑141 (MQ=255) gcagatagaTTTACAGTCTATAATTGGGGTCAAACAATTGATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAAGCATTTGTATACTTGATAAAAAAAAAAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAAt < 2:55885/135‑1 (MQ=255) cTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATc < 1:619123/141‑1 (MQ=255) cTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATc < 1:508188/141‑1 (MQ=255) tttCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGaa < 1:261298/141‑1 (MQ=255) tttCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGaa < 2:488438/141‑1 (MQ=255) tCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAg < 1:337488/141‑1 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAACTTCTCAATCAGCCTGAAAGTa < 2:473905/141‑1 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAGGTa > 2:112540/1‑141 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTa < 2:566650/141‑1 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTa > 2:603784/1‑141 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTa < 2:37128/141‑1 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTa > 1:381350/1‑141 (MQ=255) aGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTaa < 2:417894/141‑1 (MQ=255) aGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTaa > 2:103485/1‑141 (MQ=255) gTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGTAAGTAAt < 2:243086/141‑1 (MQ=255) atCTATAATTGGTGTCAAAGACTTTATATTGGATGTTACAGCTCTTGGCCCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGGCGAAGTTGCTGGTGTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAAt < 2:134511/140‑1 (MQ=255) aTTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGt > 1:223108/1‑141 (MQ=255) cAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTTCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCt < 2:392014/141‑1 (MQ=255) aaaCACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTa > 2:379248/1‑141 (MQ=255) aaCACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAg < 2:584019/141‑1 (MQ=255) cacTTTATATTTGAAGATACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAACGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCt < 1:24490/141‑1 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt < 2:660251/141‑1 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt < 2:629372/141‑1 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt < 2:610099/141‑1 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt < 2:109580/141‑1 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt < 2:134842/141‑1 (MQ=255) ttATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTaa < 2:418466/141‑1 (MQ=255) ggTTACAGGTCGTGCAGCATTAATTGCTGCGATCATTTGTGTACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGGCCAACTTGCGGGTTTAAAATTGTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCttt < 2:181198/140‑1 (MQ=255) gTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTa < 1:103485/141‑1 (MQ=255) aCAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCCGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatt < 2:132728/141‑1 (MQ=255) aGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAattat > 1:88317/1‑141 (MQ=255) gATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAattatt < 1:604610/141‑1 (MQ=255) | ACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATT > USA300TCH1516_ALE/2454490‑2454761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |