| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 39,378 | C→T | 100% | D586N (GAT→AAT) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 39,378 | 0 | C | T | 100.0% | 177.9 / NA | 53 | D586N (GAT→AAT) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (27/26); total (27/26) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AATAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATT > USA300TCH1516_ALE/39241‑39513 | aaTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCCTAAGATCTATAAATAttttt > 2:529822/1‑140 (MQ=255)aaTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGAGCTATAAATAttttt > 1:83204/1‑140 (MQ=255) aTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATAtattct < 2:8607/141‑1 (MQ=255) catcattatGTTTGGATTATCTTTATCTTATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTAtg < 2:48410/141‑1 (MQ=255) 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2:497153/1‑141 (MQ=255) tGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCTTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGc > 1:588117/1‑141 (MQ=255) tGCAAAAGAGCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATCTACGACTTGTTGCAGACCATCCGTTAATAGAGTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGc < 1:317075/141‑1 (MQ=255) ggaTAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATATCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCg < 2:263114/139‑1 (MQ=255) gCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCg > 2:114052/1‑141 (MQ=255) cATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTAAGAATTGTTGAATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTACCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGt < 1:14492/141‑1 (MQ=255) 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1:24638/141‑1 (MQ=255) aaTATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACTACTTGTTGCATTCTATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGACTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAatatcatatga < 2:203931/141‑8 (MQ=255) aaTATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCatt > 2:538253/1‑141 (MQ=255) | AATAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATT > USA300TCH1516_ALE/39241‑39513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |