| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,543,088 | G→A | 90.2% | R283K (AGA→AAA) | hlgA → | Gamma‑hemolysin component A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,543,088 | 0 | G | A | 90.2% | 167.5 / 8.3 | 62 | R283K (AGA→AAA) | hlgA | Gamma‑hemolysin component A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base A (24/31); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
AACTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAA > USA300TCH1516_ALE/2542950‑2543224 | aaCTACCTCCTTTAACTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGaa > 1:494266/1‑140 (MQ=255)aaCTACCTCCTTTAAATCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGAc > 1:494153/1‑141 (MQ=255) cTACCTCCTTTAATTCAAAGGGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACAt > 1:191770/1‑141 (MQ=255) tttAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACGTGGATGCTACCTATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGc < 1:584686/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACat < 2:257230/141‑1 (MQ=255) catcatTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCtt < 1:610315/141‑1 (MQ=255) catcatTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCtt < 2:596684/141‑1 (MQ=255) tcatTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTAGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATGGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCtttt > 1:446327/1‑141 (MQ=255) attaCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAAc < 1:432605/141‑1 (MQ=255) taCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCg > 2:435600/1‑141 (MQ=255) acaacaTTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGGGAGTGTGGAATCACTTACGGCAGAATCATGGATGCGTCATGTGCTTACGTGTCACCACATCGTTTAGCCGGTTATAGAAAACATTATGGTTTTAAAAACCGa < 2:191714/141‑1 (MQ=255) acaacaGTGTCCAACGAAATAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACCTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGa < 2:276403/141‑1 (MQ=255) acacTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAAc < 2:467809/141‑1 (MQ=255) acaTTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAAc > 1:97436/1‑141 (MQ=255) caTTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGaaaag > 1:74906/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTAACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGa < 1:451317/141‑1 (MQ=255) aGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGaa > 2:176154/1‑141 (MQ=255) gTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACt < 1:440023/141‑1 (MQ=255) aaagGCGAGTTTGAAATCACGTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGTGTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGaaa < 2:164062/141‑1 (MQ=255) aGCGAGTGTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTTCAGTGAAATATGAAGTGAACTGGAAAaca < 2:642336/141‑1 (MQ=255) gAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACAt < 1:277365/141‑1 (MQ=255) tttGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGaa > 1:35477/1‑141 (MQ=255) tggaaTCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACCTATGCTTACGTGACCAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGCTGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGt < 1:115915/138‑1 (MQ=255) aaaTCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTACCTAAAAATGTAACTGGAAAACACATGAAGTaa < 1:660248/141‑1 (MQ=255) aTCACTTCCTGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTaaaa < 2:336557/141‑1 (MQ=255) aTCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTaaaa < 2:337772/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tcGGCAGAAACGTGGAGGCGACATAATCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGACAGAAAACATGATGCTTGTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTaaaa < 2:423085/140‑1 (MQ=255) cAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTTGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCAt < 2:97436/141‑1 (MQ=255) aCATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACAGCGTTTAGCAGTCTACATTAGACGTGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCacac < 1:313638/141‑1 (MQ=255) aTGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCt < 2:341295/141‑1 (MQ=255) aTGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCt < 1:436517/141‑1 (MQ=255) aTGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACAAATGAAGTAAAAATTAAAAGCATcacaaca > 2:12625/1‑138 (MQ=255) cTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCtaaataaa > 2:3496/1‑141 (MQ=255) cTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGaaaa > 2:121898/1‑141 (MQ=255) cATATGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAg > 2:160878/1‑141 (MQ=255) atatGCATACGCGACACAACATCGTTGAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGt < 2:423883/141‑1 (MQ=255) tgattgcGTGCCAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAGAAAAAAATTAAAAGTATAACACCGAAGTAAACAGTTCa > 2:242112/7‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aCAAAACATAGTCTAGCCGTTGCCAGAAAACATCATGCTTTTAAGAACCGAAACTGTACCTTTAAATATTAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTaa > 2:460201/1‑141 (MQ=255) | AACTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAA > USA300TCH1516_ALE/2542950‑2543224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |