| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | G→A | 100% | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140 → / → USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | 0 | G | A | 100.0% | 187.7 / NA | 58 | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (27/31); total (27/31) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAA > USA300TCH1516_ALE/76833‑77103 | ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGtt > 1:318483/1‑141 (MQ=255)ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGAGCGTAAAAGGtt > 2:509734/1‑141 (MQ=255) cAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTaa < 1:575207/141‑1 (MQ=255) aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatat > 1:226951/1‑141 (MQ=255) gATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGt > 1:562339/1‑141 (MQ=255) tttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGATAAGTGATATCGTAtt > 1:601320/1‑141 (MQ=17) ttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTa < 1:255484/141‑1 (MQ=255) ccATGCCACGAAGTTAGCATCATGATAGCAAGTTAAGCGAACACTGAAATGAAAAATTAGTGGTTAGATATATCTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGc < 1:653228/141‑1 (MQ=18) ccATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAATCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAATACATGGGCTTAAAAGGTTCATGTATATAGTATTACTGc < 1:370677/141‑1 (MQ=17) tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATCATACATTAGTGGTTAGCCATATTTTTGTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa < 2:569464/141‑1 (MQ=21) gCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAc > 1:120973/1‑141 (MQ=255) gCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAc < 1:445173/141‑1 (MQ=255) gCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAAc > 1:120988/1‑141 (MQ=255) ccACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACa < 2:278074/141‑1 (MQ=255) catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAATACCGGCATGAGAAATTTGTGGCACACTATAGTTGTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc < 1:481063/141‑1 (MQ=25) catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACGGCAAACATTGATTTGGGTc < 1:213641/141‑1 (MQ=255) ccaGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAggg < 1:502269/139‑1 (MQ=255) ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTCAAAGGTTAATTTATATAGAATTACTGCACACATTGATTTGGGGCCAAAATTAggagcat > 2:347982/1‑136 (MQ=25) aaCACTGACGTGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTAATTTGGGTCAAAAATTAGCGGTATTaaaaaa > 2:168614/1‑141 (MQ=255) aaCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTCTTaaaaaa > 2:544718/1‑141 (MQ=255) acacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACGTGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaaa > 2:172876/1‑141 (MQ=255) gACATGATAAATTAGGGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaat < 1:277859/141‑1 (MQ=255) aTGATAAATGAGTGGTTTGCTATATTTTGTTACTTTGCAACAGAACCTATATAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAAtgaatgaa < 1:150288/141‑1 (MQ=39) aTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATACAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAt > 2:356394/1‑141 (MQ=255) aTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAt > 1:119485/1‑141 (MQ=255) tGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAt > 1:646454/1‑141 (MQ=255) tAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAg < 1:410213/141‑1 (MQ=255) aGCTAAATTTTTTGACTTTGCAACAGAACCGATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAAAAGAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGc < 1:146763/141‑1 (MQ=255) gCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGAGTATAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCt < 2:417757/141‑1 (MQ=255) gCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCGATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCt < 1:323217/141‑1 (MQ=255) atatTTTTTTTCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTTTATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGCCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCACGCAGAt > 2:262901/1‑141 (MQ=255) atatTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGGTTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAGCAAGCTGAt > 1:138820/1‑141 (MQ=255) atTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTg > 1:73063/1‑141 (MQ=255) atTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAAGGAATCATAATTTTATCAAGCTGAGTg > 1:239350/1‑141 (MQ=255) tttttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTgg > 2:446297/1‑141 (MQ=255) tttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTACTTTATAAAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgag < 1:347982/141‑1 (MQ=255) tttAGTTTGCAAAAGAAACTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGAATAATAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag < 2:25139/141‑1 (MQ=255) tttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag > 1:200053/1‑141 (MQ=255) tACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTACAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 2:387785/141‑1 (MQ=255) aCTTTGCAACAGAACCTATACACAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 1:305877/141‑1 (MQ=255) aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 2:501407/141‑1 (MQ=255) aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt > 2:590958/1‑141 (MQ=255) aCTGTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAATAATTAGGGGTAATAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 2:371332/141‑1 (MQ=255) cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTa > 1:36435/1‑141 (MQ=255) tGCAGCGGAGCCTATGAGAAGAATGGGCTTGAGAGGTTAATTTATATAGTATTAGTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATGAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaagg < 2:250042/141‑3 (MQ=255) cAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTAATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt < 2:507959/141‑1 (MQ=255) gAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATta > 1:378031/1‑141 (MQ=255) aCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTCGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAATGGAGAGGTTAAAATGCATtata < 2:476549/141‑1 (MQ=255) cccacaaaaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATTAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat < 1:335134/136‑1 (MQ=255) ccTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat < 1:214201/141‑1 (MQ=255) aacaaaCATGGGCTCAAAATGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTTATTTGGGTCAACAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGACTCATTATTTTATCATGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTAGATAAAAt < 2:153663/138‑1 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGTTAGTTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATGATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 2:491549/141‑1 (MQ=255) aTGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGa > 2:662483/1‑141 (MQ=255) tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATACTAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTACATAAAATTTATTGAg > 1:417017/1‑141 (MQ=255) tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATCGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGGGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg > 1:615742/1‑141 (MQ=255) gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCa > 2:86681/1‑141 (MQ=255) cTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGTGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCaa < 1:509734/141‑1 (MQ=255) cTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATAAGAAAAAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCaa < 2:318483/141‑1 (MQ=255) | TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAA > USA300TCH1516_ALE/76833‑77103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |