| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,669 | (A)7→6 | coding (322/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 96.7% | 2854.7 / 69.5 | 647 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/18); new base . (337/284); total (343/304) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 700 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 | attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAACTa > 1:625525/1‑141 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa > 1:942713/1‑141 (MQ=255) atGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaa > 1:73370/1‑141 (MQ=255) atGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGGCAACAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaa < 1:958541/141‑1 (MQ=255) ttATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat < 1:1046554/141‑4 (MQ=255) ttATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat < 1:659725/141‑4 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatcta > 2:1081605/1‑137 (MQ=255) ctttAGACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTCTTGAAGGATATTGGTTTTCTCAATATGCAGAAATATTATTTAAAATTGTAGCACTATTGATTTTGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatgtac > 2:271858/2‑136 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATAc > 1:263029/1‑141 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAAT‑AAAAAATATACa > 2:1106651/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatataaat > 2:325818/1‑134 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt < 1:516827/141‑1 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt > 1:897096/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTCATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt < 2:777019/141‑1 (MQ=255) cacTTGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAACGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTa > 1:816282/1‑141 (MQ=255) aacTAGTGATTAAATTTACAGGATAGTCACCAAGTATTTAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTAAAATAAAAAT‑AAAAAATATACATCTa < 2:870677/140‑1 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACCGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa > 2:1134134/1‑141 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTTTTTATTAAGCTGTTTATGTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa > 2:838205/1‑141 (MQ=255) cTATTGCTTAAATTTACAGGTCTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaaa < 1:549286/141‑1 (MQ=255) cTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATACTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaaa > 1:107456/1‑141 (MQ=255) tgTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg < 2:140422/140‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt > 1:439844/1‑141 (MQ=255) aaaTTTACAGGTTTGACACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCACTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 2:67951/141‑1 (MQ=255) aaTTTACAGGTGTGTCAGCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa < 2:51899/141‑1 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa > 2:89423/1‑141 (MQ=255) tttACGGGTTTGTCACCGAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTGGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTTCGAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTatt > 2:731722/1‑139 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:49408/1‑141 (MQ=255) ggTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaaa > 1:473173/1‑141 (MQ=255) gTTTGTCACCCAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATGACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaaaa > 1:865837/1‑140 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTCAAGGTTAAATTAATGAAAAAt > 2:128170/1‑141 (MQ=255) tGTTACCAAGTACTGAGGGAACTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGCAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 2:249981/141‑1 (MQ=255) tGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 2:935596/141‑1 (MQ=255) tGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 1:338936/141‑1 (MQ=255) gTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGaa < 1:308055/141‑1 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTACTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt > 2:720264/1‑141 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt < 1:207084/141‑1 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt > 1:9984/1‑141 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTcgaa > 2:464089/1‑140 (MQ=255) gTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGaa > 1:1129345/1‑141 (MQ=255) aTTTAAAGATCTTGGGTTTCTCAATACCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAAAAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAata < 2:1122342/141‑1 (MQ=255) aTTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAGATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAata > 2:845424/1‑141 (MQ=255) ggATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaaa < 1:374999/141‑1 (MQ=255) ggATCTTGGTTTTATCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCAATATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaac < 2:207889/141‑2 (MQ=255) tCTTGGTTTTCTCAATATCCAGACATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACa > 2:446680/1‑141 (MQ=255) tCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACa > 1:640933/1‑141 (MQ=255) cTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTCAAGGTTAAATTAATGAAAACTAGAATTAGAGAAAATAGAAAACaa > 2:420789/1‑141 (MQ=255) cTTGGTTTTCTCAATATCAAACAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaa > 2:1151792/1‑141 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa > 2:701229/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGCAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACAAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAATaaaa < 1:41975/141‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa > 1:801896/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTCATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACagaaa > 2:803009/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa < 2:538664/141‑1 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACACAT‑AAAAAATATACACCTAAAGGTTAGATTAATGAAAAATAGAATTAAAGAATATAGACAACAAAAAg > 1:79255/1‑141 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 2:55139/141‑1 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 1:1011651/141‑1 (MQ=255) tctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATGACTGCAGAATAGAATTAGAGACTATAGAAAACAAAAAGGAAt > 1:1110910/1‑141 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAGATAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt > 1:388354/1‑141 (MQ=255) aaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtct < 2:1188034/141‑1 (MQ=255) aaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAACGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGAAATTtct > 1:671013/1‑141 (MQ=255) atatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTAAAC‑AAAAAAAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc < 2:760441/141‑1 (MQ=255) accAGAAGTGTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 2:226998/140‑1 (MQ=255) aGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaaa > 2:975113/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt > 1:279387/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt < 1:923907/141‑1 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTaa < 2:594624/141‑1 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAACAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt < 1:776100/141‑1 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAGGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAATTTAAGTaa > 2:193615/1‑141 (MQ=255) ataATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTACACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa < 1:711372/141‑1 (MQ=255) aaTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAt < 1:1096581/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAATGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt > 2:642837/1‑141 (MQ=255) cACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtg > 2:410854/1‑141 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc > 2:288533/1‑141 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACCATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:662440/141‑1 (MQ=255) atATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:907505/140‑1 (MQ=255) tATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt < 1:75047/141‑1 (MQ=255) aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:1057564/1‑141 (MQ=255) aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:172184/1‑141 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg < 1:975113/141‑1 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg > 2:1173442/1‑141 (MQ=255) cTTATACTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑GAAAAATATACATTTAAAGGTTAAATTAATGAAGAATAGAATTAGTGAATAAAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa < 2:573878/141‑1 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa > 2:2588/1‑141 (MQ=255) ttGCTGTTTAATTACTAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 1:167076/140‑1 (MQ=255) tggCTTTTTAATTGTTATACTA‑AGAGAAAGAAATTTACATCTAAATGTTACATTAGTGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 1:454026/139‑1 (MQ=255) aTGCTGTTTAATTACAATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCAAAAGCTTAAAATAATGAAAAATAGAATTAGAGAAGATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 1:140618/141‑1 (MQ=255) tGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAGTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACt < 2:831485/141‑1 (MQ=255) agatGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACt < 2:1066060/138‑1 (MQ=255) cTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt < 1:53127/141‑1 (MQ=255) tGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAtt < 1:1147095/141‑1 (MQ=255) tttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTaa < 1:235305/141‑1 (MQ=255) tAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATg > 1:847297/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATCGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGAAAACTATTacaac > 1:581354/1‑137 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTTGGCAAACTATTAATGc < 1:594483/141‑1 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 2:608326/1‑141 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATGAATGCa > 1:1192409/1‑141 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACGATTAATgaa > 2:1034358/1‑139 (MQ=255) tacaatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGTTTAAATTAATGAAAAATAGAAATAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt < 1:686641/141‑1 (MQ=255) ctatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg > 1:292343/1‑141 (MQ=255) tactacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATATAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAATTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGACTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa > 2:363536/1‑141 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat > 1:189546/1‑141 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAAAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAAGCAATAGAAAAAaat > 2:49986/1‑141 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |