| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,125,066 | G→C | E729Q (GAG→CAG) | cfiB_1 → | 2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,125,066 | 0 | G | C | 98.0% | 332.2 / NA | 102 | E729Q (GAG→CAG) | cfiB_1 | 2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (39/60); total (40/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CTGAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTGAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1124929‑1125201 | cTGAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCTCTTACGAATTGATTGGTCAGt > 2:688297/1‑141 (MQ=255) ttaacGACCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGGCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGtt < 2:590106/137‑1 (MQ=255) tGAGCGATAAATCATTTATACGTTAGGGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGtt < 2:731236/141‑1 (MQ=255) gAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTa > 1:267969/1‑141 (MQ=255) gAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGGTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATGGATTGGTGAGTTa > 2:895380/1‑141 (MQ=255) aGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTaa > 2:1068998/1‑141 (MQ=255) gATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTGTTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAAt > 2:421044/1‑141 (MQ=255) aTCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCTATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATc < 1:829314/141‑1 (MQ=255) aTCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATc < 1:1041953/141‑1 (MQ=255) aaaCATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGc > 1:1077987/1‑141 (MQ=255) aCATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTg < 2:1102818/141‑1 (MQ=255) cATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGt < 2:1016420/141‑1 (MQ=255) aCTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTa > 2:633483/1‑141 (MQ=255) cTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTAc > 1:1006979/1‑141 (MQ=255) tAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCaa < 1:974010/141‑1 (MQ=255) agagTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAAt < 1:968492/141‑1 (MQ=255) gagTATTATTGCAAACTAGCCAAAGAGTTAGAACGTTAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCATGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAAtt < 2:471938/141‑1 (MQ=255) aagaattaaGTCAAACTAACTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTACCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCCCTTACGAATAGATTGGCCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAAtt < 2:404113/137‑1 (MQ=255) gTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCa < 2:916943/141‑1 (MQ=255) gTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCa < 2:172049/141‑1 (MQ=255) ttatGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCt < 2:18260/141‑1 (MQ=255) atGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTc < 1:560562/141‑1 (MQ=255) tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGACTTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTca < 2:766635/141‑1 (MQ=255) tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTca < 1:387800/141‑1 (MQ=255) tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTca < 1:904901/141‑1 (MQ=255) tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTca < 1:904933/141‑1 (MQ=255) tGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTAACAATTCATCTTca > 2:1119685/1‑141 (MQ=255) tGTCAAACTAGCCAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGGCAGGTAAAATCAGCTGTCGATTTACCACTTCATCttac > 2:1027282/1‑139 (MQ=255) gTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTATATTTACCAATTCATCTTcac > 1:211943/1‑141 (MQ=255) gaaaCTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGGAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGGATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCGTTAGATTTACTTATTCATCTTCacac < 2:497474/140‑1 (MQ=255) cAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:1159801/141‑1 (MQ=255) cAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:1130544/141‑1 (MQ=255) cAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:523008/141‑1 (MQ=255) cAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATAGTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:622351/141‑1 (MQ=255) aaaaCTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCacac < 2:622526/140‑1 (MQ=255) aCTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATAATCTAGCTATTAAATATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCa < 1:920596/141‑1 (MQ=255) gaGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTGCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATg < 1:244147/140‑1 (MQ=255) aGCTAAAGAGTTAGACCGGGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGCTATGGCAGGCTTATTACAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGa < 1:237276/141‑1 (MQ=255) aGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATGTTCACACTCATGa > 1:1078919/1‑141 (MQ=255) aGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGa < 1:1087595/141‑1 (MQ=255) cTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAGGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGGTGTGGATTTACCAGTTCTTCTTCGGACTCATGATa > 2:37939/1‑141 (MQ=255) cTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATa > 1:506529/1‑141 (MQ=255) cTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATa > 2:534675/1‑141 (MQ=255) cTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACAAATTCATCTTCACACTCATGATa > 2:382359/1‑141 (MQ=255) tAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATAc < 1:398175/141‑1 (MQ=255) aaaGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACa < 1:196533/141‑1 (MQ=255) aaGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCATTTCATCTTCACACTCATGATACaa < 1:766889/141‑1 (MQ=255) agagTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAg < 2:1147751/141‑1 (MQ=255) agtcaGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTg < 1:644082/137‑1 (MQ=255) agTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTGAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCTATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTg < 1:773357/141‑1 (MQ=255) agTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTg < 1:201154/141‑1 (MQ=255) ttAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTggg > 1:104405/1‑140 (MQ=255) ttAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGt > 1:1027783/1‑141 (MQ=255) tAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTa > 1:219335/1‑141 (MQ=255) tAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTa < 1:1068998/141‑1 (MQ=255) agtaCGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCTCTTACGAATTGTTTGGTATTGTTTCGCCAGGTTTAGTTTTTACTATTCATCTTCACACTCCTCATACAAGTGTTaa < 2:545163/138‑1 (MQ=255) gAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCCCACTCATGATACAAGTGGTAAt > 1:203122/1‑141 (MQ=255) aCGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATgg > 1:1156236/1‑141 (MQ=255) aCGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATgg < 1:1064300/141‑1 (MQ=255) aCGTGAAGGGTTCCATATCTTAGCGATTAAATATAGGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCCGTAGATTTACCAATTCAGCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATgg < 1:279420/141‑1 (MQ=255) aCGTGAAGATTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATgg < 1:1064349/141‑1 (MQ=255) cGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAAtcat > 2:293032/1‑138 (MQ=255) cGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGt > 2:622987/1‑141 (MQ=255) cGTGAAGGCTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGt < 1:71232/141‑1 (MQ=255) ggagggTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGttt < 2:115399/137‑1 (MQ=255) gAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTtta > 1:674342/1‑141 (MQ=255) ggTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGtttcaca > 2:293781/1‑137 (MQ=255) gTTTCCATATTTTTGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTaa > 2:377006/1‑141 (MQ=255) ttCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGTGTATTAAAACCTATAGTCGTTTACGAATTGATTGGGCAGGTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACCCATAATACCAGTGGTAATGGTTTATTAACa < 2:77363/141‑1 (MQ=255) tCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACAt < 1:633483/141‑1 (MQ=255) cATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCACCTTAACACTCATGATACAACTGGTAATGGTGTATTTACaaaa > 1:1045643/1‑138 (MQ=255) tAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGATTTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGa < 2:965354/141‑1 (MQ=255) aggagtGGCAGGGAAATTAAAACCTAAGTCCGCCTACGAATAGATTGGGCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTAGCAATTCATCTTCACACTCAGGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATGGATGc < 2:48594/136‑1 (MQ=255) aGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCAGGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGc < 2:393208/141‑1 (MQ=255) aatatGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCATACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCt < 1:794129/140‑1 (MQ=255) aatacGGCAGGCATAATAAAACCCAAAGCCGCTTACGAAGTGATTGTTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCAACATCACACTCATTATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCt < 2:279463/140‑1 (MQ=255) atatGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACACGCAATAGATGCTg > 1:88678/1‑141 (MQ=255) tatGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACCAACACGCAATAGATGCTgg < 1:658082/141‑1 (MQ=255) gggCTTATTACACCCTAAAGCCGCCTACGATTTGATTGGTCAGTTAAGATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGa < 2:339472/140‑1 (MQ=255) gggCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACTAATTTATGTGTCAGTTAAAATTAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACCAACAATCAATAGATGCTGGTGCCGa < 2:837259/140‑1 (MQ=255) tattaAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCa > 2:215477/1‑141 (MQ=255) ccgaaaGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCAACTTCACACTCATGATACAAGGGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATAct < 1:344228/138‑1 (MQ=255) ccTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATAct > 1:590747/1‑141 (MQ=255) ccTAAAGACGCTTACGAATTGAGTGGTCAGTCAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATAct < 1:430370/141‑1 (MQ=255) cTAAAGCCGCTGACTAATTGATTGGTCTGTTAAACTCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATActg < 2:897083/141‑1 (MQ=255) tAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATActgc > 2:1138399/1‑141 (MQ=255) tAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGAATTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATTCTGGTGTCGATATCATTGATActgc < 2:535673/141‑1 (MQ=255) aaGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTTTCGCTATCATTGATActgcgg > 2:67341/1‑139 (MQ=255) aaGCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATActgctg < 2:527672/141‑1 (MQ=255) gCCGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATGGATACGGCTGtt > 2:385292/1‑141 (MQ=255) ccGCTTACGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCAGTTg > 1:189956/1‑141 (MQ=255) aCGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATGTCATTGATACTGATGTTGCTTCaa > 2:171947/1‑141 (MQ=255) aCGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCaa > 2:404101/1‑141 (MQ=255) aCGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCaa < 1:1110747/141‑1 (MQ=255) aCGAATTGATTGGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACAATCATAATAAAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGGAATAGATGCTGGTGTCGGTGTCATTGATTCTGCCCTTGCGTCaa > 2:1095591/1‑141 (MQ=255) atttattgGTCAGTTAAAATCATCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCAGGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAg < 2:715473/141‑1 (MQ=255) ttgattgGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGt < 2:19636/141‑1 (MQ=255) tagactgGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGt < 1:406449/136‑1 (MQ=255) ttgGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGTGGtt > 1:688794/1‑141 (MQ=255) ttgGTCAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATAAAGGCCCTAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACGGCTGTTGCTTCAAAGAGTGGtt > 1:1171911/1‑141 (MQ=255) | CTGAGCGATCAAACATTTATACTTTAGAGTATTATGTCAAACTAGCTAAAGAGTTAGAACGTGAAGGTTTCCATATTTTAGCGATTAAAGATATGGCAGGCTTATTAAAACCTAAAGCCGCTTACGAATTGATTGGTGAGTTAAAATCAGCTGTAGATTTACCAATTCATCTTCACACTCATGATACAAGTGGTAATGGTTTATTAACATACAAACAAGCAATAGATGCTGGTGTCGATATCATTGATACTGCTGTTGCTTCAATGAGTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1124929‑1125201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |