| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,499,376 | C→A | G883V (GGT→GTT) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,499,376 | 0 | C | A | 96.9% | 318.1 / NA | 97 | G883V (GGT→GTT) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (56/38); minor base T (1/2); total (57/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTACCTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCATTCGTAGTTTGA > USA300TCH1516_ALE/1499241‑1499513 | ccTCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCGAAATAGTAGCAGCATTGCTCATAGTAGATTCAACTACGGTATTATAATAAACTAGTGCTCTAATTTGGTGATCTACa > 1:1140803/1‑141 (MQ=255) cTCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAg < 2:37192/141‑1 (MQ=255) cTCGATAGTATGTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACCACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAg < 2:489459/141‑1 (MQ=255) tCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAgg < 2:1061733/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTATTTGGCAGTTATTCCAACAGGAGTATTGATTGTTGGGGGAATGTCAGCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTa < 1:188091/141‑1 (MQ=255) gTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTCCAGGTGGTAt > 1:674569/1‑141 (MQ=255) gTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCACATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTAt < 1:904190/141‑1 (MQ=255) aTTTGGCATTTATTTCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACGGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGa < 1:529453/141‑1 (MQ=255) aTTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGa > 2:812383/1‑141 (MQ=255) aTTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGa < 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(MQ=255) gATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTc > 1:610205/1‑141 (MQ=255) attattGATTGGTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATTGTAACAGCATTACTTATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCg < 2:292475/141‑1 (MQ=255) ttattGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATCGTAACCATTTTTCGCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGt < 1:514929/141‑1 (MQ=255) attgattgTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGACGtaa > 2:313699/1‑140 (MQ=255) attgattgTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAACTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGtat > 1:518586/1‑141 (MQ=255) ttgattgTGGGTGGGGTGTGATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGtata > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |