| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,543,088 | G→A | R283K (AGA→AAA) | hlgA → | Gamma‑hemolysin component A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,543,088 | 0 | G | A | 98.2% | 372.0 / NA | 116 | R283K (AGA→AAA) | hlgA | Gamma‑hemolysin component A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base A (56/56); minor base C (0/2); total (58/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
AACTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAA > USA300TCH1516_ALE/2542950‑2543225 | aaCTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAAc > 1:1007615/1‑141 (MQ=255)aaCTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAAc > 1:536820/1‑141 (MQ=255)aaCTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAAc > 1:645859/1‑141 (MQ=255)aaCTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCAACATATGCTTACGTGACAAAAc > 1:256253/1‑141 (MQ=255) ctcctTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGtt > 1:606082/1‑141 (MQ=255) tAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATGTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCg < 2:230240/141‑1 (MQ=255) aaTTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGt < 2:30600/141‑1 (MQ=255) aTTGAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGtt < 2:1003936/141‑1 (MQ=255) aTTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCCTTTAGCCGtt < 1:864994/141‑1 (MQ=255) ttCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTg > 1:637505/1‑141 (MQ=255) cAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGAt < 2:883792/141‑1 (MQ=255) gTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGGAGAGACATGGATGCTACATAAGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGCTAGaa > 1:866697/1‑141 (MQ=255) gTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGaa > 2:700515/1‑141 (MQ=255) tGGCTTTAATCCATCATTTCTTACAACACTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATAGTTTAGCCGTTGATAGaaa < 1:635794/141‑1 (MQ=255) tGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGaaa < 2:1035117/141‑1 (MQ=255) ggCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGaaaa > 2:461800/1‑141 (MQ=255) ggCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGGAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGAAAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGaaaa > 2:580768/1‑141 (MQ=255) cTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACa < 1:108163/141‑1 (MQ=255) cTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACa < 1:28127/141‑1 (MQ=255) cTTTAATCCAACATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACa < 2:539210/141‑1 (MQ=255) tttAATCCAGCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACat > 1:875677/1‑141 (MQ=255) tAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACatga > 2:703547/1‑141 (MQ=255) tAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACatga > 2:593837/1‑141 (MQ=255) aTCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACatgatg > 1:292858/1‑141 (MQ=255) atcatTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCttt < 1:865707/141‑1 (MQ=255) atcatTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTAAGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCttt < 1:416207/141‑1 (MQ=255) tcatTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGGTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGGTGCgttt > 1:66271/1‑141 (MQ=255) acatTCAGTACGACCTTGTCACACGAGAGAGGTAAAGGTGAGAAGAGCGGGGTGGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACAGATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCtttt < 2:977444/140‑1 (MQ=255) atTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAAAATGATGCTTTTaa > 1:840919/1‑141 (MQ=255) tttATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGTCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTaaa > 1:128728/1‑141 (MQ=255) ttattaCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTaaaa < 1:200636/141‑1 (MQ=255) ttactaCAACATTGTCACACAAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTaaaa < 1:12645/141‑1 (MQ=255) tattaCAACATCGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTaaaaa < 2:121922/141‑1 (MQ=255) tattaCAACAGTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTaaaaa < 2:1040858/141‑1 (MQ=255) ttaCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAAcc < 2:1007615/141‑1 (MQ=255) ttaCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAAcc < 2:1043392/141‑1 (MQ=255) ttaCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAAcc < 2:536820/141‑1 (MQ=255) ttaCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAAcc < 2:536848/141‑1 (MQ=255) ttaCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACACGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAAcc > 1:403276/1‑141 (MQ=255) taCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTCAGTTAATACATGATGCTTTTAAAAACCg < 2:256046/141‑1 (MQ=255) taCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTAACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCg < 2:845772/141‑1 (MQ=255) taCAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGGGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCg < 1:3517/141‑1 (MQ=255) acaacaTTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCATTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGa > 1:505208/1‑141 (MQ=255) acaTTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAAc > 2:161612/1‑141 (MQ=255) acaTTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAAc < 2:88914/141‑1 (MQ=255) acaTTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATAATGCTTTTAAAAACCGAAAc > 1:907469/1‑141 (MQ=255) ttGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGtt < 1:840872/141‑1 (MQ=255) gTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTaa > 2:964207/1‑140 (MQ=255) tCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACa > 2:1106464/1‑141 (MQ=255) cacaCGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAg > 2:687981/1‑141 (MQ=255) cacaCGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAg > 2:1040244/1‑141 (MQ=255) cacaCGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAg > 1:12701/1‑141 (MQ=255) acacGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGt > 1:114010/1‑141 (MQ=255) cacGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATCGAGAACAGTTTGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGtt < 1:757522/141‑1 (MQ=255) gAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACTGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTaaa < 2:506520/141‑1 (MQ=255) aaGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAata > 2:18155/1‑141 (MQ=255) aaagGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAGCGTTACAGTTAAatat < 2:133308/139‑1 (MQ=255) gTGATAAATGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGaaat > 2:732286/1‑139 (MQ=255) gTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTCCAGTTAAATATGAAGTGAACt > 2:62346/1‑141 (MQ=255) gATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTgg < 1:1173881/141‑1 (MQ=255) aagccGAGTTTTAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGaaaa < 2:21690/137‑1 (MQ=255) aaaGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGaaaa > 1:421663/1‑141 (MQ=255) aaaGCGAGTTTGAAATCACTGACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGaaaa > 1:727130/1‑141 (MQ=255) aaaGCGAGGTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTAAATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGaaaa < 2:522558/141‑1 (MQ=255) aaGCGAGTTGTAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAac < 2:843463/141‑1 (MQ=255) aGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATTCGAAGGAAACGTGaaaaga > 2:220262/1‑139 (MQ=255) aGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATAAAGTGAACTGGAAAaca > 1:24212/1‑141 (MQ=255) aGCGAGTTTGAAATAACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATAATGCATTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAaca > 1:625390/1‑141 (MQ=255) gTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAACACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAAACGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGa < 2:660985/141‑1 (MQ=255) ttGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAg < 2:247148/141‑1 (MQ=255) ttGAAATCACTGACGGCAGAAACATGGATGCTACAGATGCTTACGTGACAAAACACCGCTTAGCGGTTGATAGAAAACATGATGCCTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGGGAACTGGAAAACACATGAAg < 2:322272/141‑1 (MQ=255) aTCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTaaaa < 2:512893/141‑1 (MQ=255) aTCAATTACGGCAAAAACATGAATGCCACATATGCAAAAATGCTAAACCCTAGCATGCCCATGGATATAAAACATGCTCATTATAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTaaaa < 2:544359/141‑1 (MQ=255) tcGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTaaaa < 2:607544/140‑1 (MQ=255) aCGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAACTATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAATAAAAATTcaaa > 2:279458/1‑141 (MQ=255) aCGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTaaaa > 1:83338/1‑141 (MQ=255) cGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAg < 1:349267/141‑1 (MQ=255) ggCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGc < 1:655215/141‑1 (MQ=255) aCATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCacac < 1:687469/141‑1 (MQ=255) aCATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCacac > 1:714067/1‑141 (MQ=255) aCATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCacac > 1:659953/1‑141 (MQ=255) catgcatgCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGCAAACCTGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACAcc > 1:815920/1‑141 (MQ=255) cATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACAcc > 2:19185/1‑141 (MQ=255) aTGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGATACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCt > 1:771466/1‑141 (MQ=255) tGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTa > 1:351716/1‑141 (MQ=255) gggATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTa > 2:1037807/2‑141 (MQ=255) ggATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTaa < 2:704745/141‑1 (MQ=255) aCATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATCGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACa > 1:1124505/1‑141 (MQ=255) aCATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTTAAAATTAAAAGCATCACACCCAAGTAAACa > 1:606228/1‑141 (MQ=255) atatGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGt < 2:1157797/141‑1 (MQ=255) atatGCTGACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGt < 2:645859/141‑1 (MQ=255) aatGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGtt < 2:675545/140‑1 (MQ=255) cTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAat > 1:48873/1‑141 (MQ=255) cTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAat < 1:243514/141‑1 (MQ=255) cTTACCTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAat < 1:173368/141‑1 (MQ=255) tACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAatca < 1:902835/141‑1 (MQ=255) tACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAatca < 1:646338/141‑1 (MQ=255) aCGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAAAACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCAAACCTAAGTAAACAGTTCAatcat > 2:279727/1‑141 (MQ=255) aCAAAACATCTTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTaa < 1:1138885/141‑1 (MQ=255) cAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGATAAATATGAAGTGAACTGGAAAACAAATGAAGTAAAAATTAAAAGCCTCACAACTAAGTAAAACGTTAAATCATATTaaa > 2:458472/1‑141 (MQ=255) | AACTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAAA > USA300TCH1516_ALE/2542950‑2543225 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |