| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 39,378 | C→T | D586N (GAT→AAT) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 39,378 | 0 | C | T | 98.8% | 278.6 / NA | 81 | D586N (GAT→AAT) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (50/30); minor base A (1/0); total (51/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATT > USA300TCH1516_ALE/39241‑39513 | aaTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATAttttc > 1:81689/1‑141 (MQ=255) atatCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATAttttct < 2:132073/141‑1 (MQ=255) aTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATAttttct < 2:1049086/141‑1 (MQ=255) aGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCttt > 1:967665/1‑141 (MQ=255) gCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCACTTAAGTTTGCCTAAGATCTCTAAATATtttattta > 2:1084834/1‑141 (MQ=255) ccATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTAt > 2:94131/1‑141 (MQ=255) ccAACATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTAACGGATTAGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTAt < 1:232238/141‑1 (MQ=255) tcatcatGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTAtgtg > 2:789413/1‑141 (MQ=255) tcatcatGTTTGGATTATCTATATCATCTGAAATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTAtgtg > 1:577898/1‑141 (MQ=255) catcatGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATgtgt > 2:755126/1‑141 (MQ=255) atGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGttttt > 2:350010/1‑140 (MQ=255) atGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGGttta > 2:767780/1‑141 (MQ=255) tGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTAc > 2:1121201/1‑141 (MQ=255) gATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGa > 2:1183845/1‑141 (MQ=255) ttatctttatctTTTTTTAGAAACCTCACAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGCTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACt < 2:773322/141‑1 (MQ=255) ttATCTTTATCATATGATATAACCCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACt < 1:679073/141‑1 (MQ=255) ttATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTTTGTGTTTTATTTACGACTTGTTGc > 1:423345/1‑141 (MQ=255) tATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCAAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGTATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCa < 2:1073835/141‑1 (MQ=255) ttCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCAt < 2:175743/140‑1 (MQ=255) ttCATATGATACAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGCCTTGTTGCAt < 2:700373/140‑1 (MQ=255) aTCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCAt < 2:1121712/141‑1 (MQ=255) tatGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTTCATACCa > 2:238629/1‑141 (MQ=255) tGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATc > 1:1101351/1‑141 (MQ=255) tGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATc > 2:214958/1‑141 (MQ=255) gATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCa < 2:626324/141‑1 (MQ=255) ccaccCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCCTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAg < 1:697844/141‑1 (MQ=255) caccCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGa > 1:1123924/1‑141 (MQ=255) caccCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGa > 1:985688/1‑141 (MQ=255) aaTTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGat < 2:906360/141‑1 (MQ=255) aaTTTGTCTGCCAGCTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGat > 1:640840/1‑141 (MQ=255) aTTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATACGTCAAAACGTTGTTGGTATTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGatt > 1:226104/1‑140 (MQ=255) aTTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGata > 1:841490/1‑141 (MQ=255) aTTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGata > 1:976053/1‑141 (MQ=255) aTTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGata > 1:479564/1‑141 (MQ=255) aTTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATAAGTTAACAGATTGata > 1:981678/1‑141 (MQ=255) aTTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTAATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATTAGTTAATAGATGGatt > 2:902703/1‑140 (MQ=255) tGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATAttt > 1:1067832/1‑141 (MQ=255) gTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATATCGCCATTTGATAGCTTGATAtttt > 1:214961/1‑141 (MQ=255) gTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATAtttt > 1:163993/1‑141 (MQ=255) gTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATAtttt > 1:1162200/1‑141 (MQ=255) gTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACAACTTGTTTCATACCATCAGTTAATAGATTGATAtttt > 2:487011/1‑141 (MQ=255) gTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATGTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTTCATACCATCAGTTAATGGATTGATCtttt > 2:784109/1‑141 (MQ=255) tCTGCCAGTTTCTTCTTGTTTCATGTTTATTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAATATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTc < 2:244365/141‑1 (MQ=255) tCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTc > 1:729800/1‑141 (MQ=255) tGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCTTACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCtt > 1:705813/1‑141 (MQ=255) tGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCtt > 1:705730/1‑141 (MQ=255) ttCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTTCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAaat < 2:305477/141‑1 (MQ=255) ttCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAaat < 2:997259/141‑1 (MQ=255) tcCTTTTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAaataat < 2:849491/141‑1 (MQ=255) ccTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTCATAGATTGATATTTTCTTTGGAAataata > 1:260987/1‑141 (MQ=255) ccTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAaataatt > 1:154458/1‑140 (MQ=255) ccTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAataata > 1:553553/1‑141 (MQ=255) cTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAatat > 2:79226/1‑141 (MQ=255) tttCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTCATAGATTGTTATTTTCTTTGGAAATAATAgtttt > 1:771169/1‑141 (MQ=255) tttCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATAttttt > 1:89210/1‑141 (MQ=255) tttGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACGTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCa < 1:148176/141‑1 (MQ=255) tGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCaaa < 1:1074927/141‑1 (MQ=255) tGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAACTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTCTATGTGTTTTATTTACGTCTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCaaa < 1:472874/141‑1 (MQ=255) gAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACGATCAGTTATTGGTTTGTTTTTTTTTTTGGAAATAATATTTTTTTTCCAAAc > 1:307320/1‑141 (MQ=255) gAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCaaat > 2:482211/1‑140 (MQ=255) gAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAAc > 2:487956/1‑141 (MQ=255) gAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAAc > 2:691215/1‑141 (MQ=255) tGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGtt < 2:640840/141‑1 (MQ=255) cAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTGTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGtttt > 1:631005/1‑141 (MQ=255) aaggaaTTCGCCATATAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATGGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCgt > 2:1000135/6‑141 (MQ=255) cGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCgtgt > 1:964132/1‑141 (MQ=255) gATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCt < 2:985688/141‑1 (MQ=255) gATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCt < 2:1123924/141‑1 (MQ=255) tGCCAATTAAGTTTGCATAACAGCAAGAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGCTATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTta < 1:321943/141‑1 (MQ=255) ttAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGt < 2:5058/141‑1 (MQ=255) ttAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACAACATGTGGCAGACCATCAGGTGATAGATTGGTATTGTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTATCTTTaaataaaa < 2:441152/141‑3 (MQ=255) tAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTTTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTa < 1:1088337/141‑1 (MQ=255) aGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATATGTGAGGTGCGTTAat > 1:391659/1‑141 (MQ=255) aGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAat > 1:157754/1‑141 (MQ=255) tataAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAGGTGAGGTGCGTTAATATTGc > 2:1015395/1‑141 (MQ=255) ttaAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGcc < 2:571378/140‑1 (MQ=255) ataAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGcc < 1:517706/141‑1 (MQ=255) ataAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGcc < 2:423345/141‑1 (MQ=255) ataAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGcc < 2:61490/141‑1 (MQ=255) taAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGcct > 1:626705/1‑140 (MQ=255) taAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCa > 1:1148255/1‑141 (MQ=255) aaTATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCatt < 1:54366/141‑1 (MQ=255) aaTATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCatt < 1:968004/141‑1 (MQ=255) aaTATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCatt > 1:4908/1‑141 (MQ=255) aaTATTTTCTTTATGAGTTCTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAAATTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGGGCGTTAATCGTGCCatt > 1:881454/1‑141 (MQ=255) | AATAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATT > USA300TCH1516_ALE/39241‑39513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |