| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 129,796 | G→C | intergenic (‑209/+212) | spa ← / ← sarS | Immunoglobulin G‑binding protein A/HTH‑type transcriptional regulator SarS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 129,796 | 0 | G | C | 98.6% | 239.9 / NA | 73 | intergenic (‑209/+212) | spa/sarS | Immunoglobulin G‑binding protein A/HTH‑type transcriptional regulator SarS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (30/42); total (31/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTG > USA300TCH1516_ALE/129660‑129926 | tatTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACatat > 2:939317/1‑141 (MQ=255)tatTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACatat > 1:677401/1‑141 (MQ=255) aTTAAATTTAAAGGTGAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTtata > 1:884606/1‑141 (MQ=255) aTTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTtata > 2:176041/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGAGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAt > 2:782812/1‑141 (MQ=255) aaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAtt > 1:484558/1‑141 (MQ=255) aaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAtt > 2:711116/1‑141 (MQ=255) ccacAAAATCACACAATTTCGAAAAATAAAAACAGATAAAATATAGACAAATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGGTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTc < 2:283724/138‑1 (MQ=255) ccGCAAAATCACCATATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTc < 2:168731/141‑1 (MQ=255) cacAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg < 1:60715/139‑1 (MQ=255) cGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg > 2:1128920/1‑141 (MQ=255) cGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg > 1:1090527/1‑141 (MQ=255) cAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGa < 1:310491/141‑1 (MQ=255) aaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGaaaa > 1:132999/1‑140 (MQ=255) ccagCTATTTCGATTAATAAAAACCGTTAACGTAAGGACATATTTTTTAGAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAGTTCGGAAATGGt < 2:247392/138‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aataaAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATataga < 1:304686/141‑1 (MQ=255) aaaCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTCAGTGATatagaaaata < 1:711116/141‑1 (MQ=255) aaaCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaata < 2:484558/141‑1 (MQ=255) aaCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaatag < 1:715048/141‑1 (MQ=255) aaCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATCAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaattag < 1:857981/141‑1 (MQ=255) aaCAGATAAAAAATAAGCATATTTTTTTAAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaatag < 1:436587/141‑1 (MQ=255) aCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTGATTTCGGAAATGGTTTTAAGTCATatagaaactaga > 2:1131687/1‑141 (MQ=255) aCAGATAAAATATAGACATATTTTTTAAAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaataga < 2:414326/141‑1 (MQ=255) aGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaatagaaa > 1:1884/1‑141 (MQ=255) aTAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgt < 1:495824/141‑1 (MQ=255) tAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgtt < 2:677401/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |