| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000731 | 81 | N→G | 100% | intergenic (–/‑151) | – / → repA | –/replication protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000731 | 81 | 0 | N | G | 100.0% | 412.3 / ‑6.5 | 129 | intergenic (–/‑151) | –/repA | –/replication protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base N (0/0); major base G (75/51); minor base A (1/1); total (76/53) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAG > CP000731/1‑219 | atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACACCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAgaac < 2:311804‑M1/84‑2 (MQ=255) tttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 2:168248‑M1/56‑140 (MQ=255) ttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt > 1:472992‑M1/55‑140 (MQ=255) caagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGTTAATAAAAAGTTTAGAAACTGttt < 1:533‑M1/90‑1 (MQ=255) 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< 1:247600/140‑1 (MQ=255) cGGGGTTTGGTAATAACACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAATGCTAAATAAAAACGTTTTATTACctc < 2:413840/140‑1 (MQ=255) ggggTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACctct > 2:234758/1‑140 (MQ=255) tttgTAATAAAACGTTTAAAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCa < 2:561555/137‑1 (MQ=255) tGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCaa > 1:328901/1‑140 (MQ=255) tGGTAATAAAACGTTAAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTAACTCTTACCaa > 2:538428/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |