| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | A→T | 100% | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | 0 | A | T | 100.0% | 150.2 / ‑6.5 | 53 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (18/34); minor base G (1/0); total (19/34) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1513795‑1514062 | tttatttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGTATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAACATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTg < 1:10463/140‑1 (MQ=255)tttatttGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAATAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAACATCTATATCACTCAGAATATGTTTTATTg < 1:10840/140‑1 (MQ=255)tttatttGTATGAATCGATTTATCTGTAGTCATTGGCATGGGGTTTGTCTTTTTGATAAAGCGTACAAAAAATATTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTg < 1:301464/140‑1 (MQ=255) ttatttttatttAACCATTTATTAGTAGCGATTAGCATGGGGTTTGTCTCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGt < 2:608799/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |