Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,527,625 | A→G | 8.6% | C106C (TGT→TGC) | dinG_1 ← | putative ATP‑dependent helicase DinG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,527,625 | 0 | A | G | 8.6% | 124.0 / 2.1 | 46 | C106C (TGT→TGC) | dinG_1 | putative ATP‑dependent helicase DinG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/24); new base G (2/2); total (20/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
CGTCAGCTCGATGGGCATTTGCTAAGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAATATGGCGCTTGTTGTAGCATATTTTCT > USA300TCH1516_ALE/1527486‑1527760 | cGTCAGCTCGATGGGCATTTGCTAAGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAAGAAAAGCTATTATAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTTGGACGATATTGAATATTa > 1:125797/1‑140 (MQ=255) gCTCGATGGGCATTTGCTAAGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATc > 1:410836/1‑140 (MQ=255) tCGATGGGCATTTGCTAAGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCtt > 2:135014/1‑140 (MQ=255) cGATGGGCATTTGCTAAGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCttt < 1:536276/140‑1 (MQ=255) gATGGTAATTTGCTAAGATAATACCATGTGCTTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTa < 2:514473/140‑1 (MQ=255) aTGGGCATTTGCTAAGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTaa < 2:97152/140‑1 (MQ=255) aTTTGCTAAGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTGCAATCTTTAAATGCCt > 1:160985/1‑140 (MQ=255) aTTTGCTAAGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTGCAATCTTTAAATGCCt > 1:161304/1‑140 (MQ=255) aaGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTtaat < 2:428610/140‑1 (MQ=255) tACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATtc < 1:135014/140‑1 (MQ=255) cATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATtcaaa < 2:461900/140‑1 (MQ=255) tgCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGAAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACTATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATtcaaatcaa < 2:512394/140‑1 (MQ=255) tctGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATc > 1:537457/1‑140 (MQ=255) tctGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGAAGATATGGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATc > 1:585862/1‑140 (MQ=255) ctGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACAATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAAGAAAATTCAAATCAAAAtat > 1:78984/1‑138 (MQ=255) tGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGCACCGATATTCTAAAGATTTATTGAGTATATGTAACTTTTCTGGGCGGCTATCGAATATTACAAGCCTGAAATGCCTTTTTAAGAAAATTCAAATTAAAATCTa > 2:57612/1‑140 (MQ=255) gCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATTAAATTCAAATCAAAAACTAc > 2:553654/1‑140 (MQ=255) cTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGc < 1:339356/140‑1 (MQ=255) cTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGc < 1:459764/140‑1 (MQ=255) ttAATTGATAGCTTTTATATGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCt > 2:324346/1‑140 (MQ=255) atcgCTTTTATTTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTAAAATGCCTTGTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACaaaaa < 2:75039/137‑1 (MQ=255) ttttATCTGTAGGAAAAGCTATTTTACAGTTTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCaa > 2:142493/1‑140 (MQ=255) tttATCTTTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTCTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAAt < 2:435899/140‑1 (MQ=255) aaaGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTttatcttatc < 1:544450/140‑1 (MQ=255) aaaGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTAAATTATGAGCTATAAAAATGCAATATTttatcttatc > 2:595717/1‑140 (MQ=255) aGCTCTTTTAAAGATATATACTGTAACTATAACTTGTTTGGAACGATATTGAATATTACAATCTGTACATGCCTTTTTAATAAACTTCAAATCCACTTCAACATTATGACCTACAACAATGCAATCTTttatcttatgga > 2:77567/1‑137 (MQ=255) aGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGTCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAATTCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGt < 2:615973/140‑1 (MQ=255) cTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTGCAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAg < 2:160985/140‑1 (MQ=255) cTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTGCAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAg < 2:161304/140‑1 (MQ=255) cTATTTTAAACATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATATTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGAAATCTTTTATCTTATCTTAg > 2:242973/1‑140 (MQ=255) tAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCt < 1:616019/140‑1 (MQ=255) aaGATTTCTAGTGTATCTATAATTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTtg < 1:149929/140‑1 (MQ=255) gATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCATTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTtgtg > 2:107995/1‑140 (MQ=255) aTTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGc > 2:552639/1‑140 (MQ=255) tttCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCa < 2:411719/140‑1 (MQ=255) cTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATTTTCTCTATAAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACt > 1:483690/1‑140 (MQ=255) aGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACTTg < 1:307057/140‑1 (MQ=255) tataACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGGAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAat > 1:463122/1‑140 (MQ=255) taACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAatat > 2:88055/1‑140 (MQ=255) cTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTCTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGATACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAATACGgc < 2:373141/140‑1 (MQ=255) tGGGACGATATTTAATATTACAATCGTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCTATCTTTTATCTTTTCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAATATGGCGCttgt < 1:57612/140‑1 (MQ=255) gACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAATATGGCGCTtgttgt < 2:576926/140‑1 (MQ=255) gATATTTAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTCAATCCAATTCAAATCACAATCTACATTATGAGCTACAACAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATCTCTTGTGCAACTTGATTAAAATATGGCTCTTGTTGTAGc < 2:227186/140‑1 (MQ=255) atatTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTCTCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAATATGGCGCTTGTTGTAGCa < 2:437276/140‑1 (MQ=255) tatTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAATATGGCGCTTGTTGTAGCat < 1:552639/140‑1 (MQ=255) ttGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAATATGGCGCTTGTTGTAGCatat > 1:598817/1‑140 (MQ=255) tatTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAATATGGCGCTTGTTGTAGCATATTttct < 1:8290/140‑1 (MQ=255) | CGTCAGCTCGATGGGCATTTGCTAAGGTAATACCATGTGCCTCTGCTAATTCACTTAATTGATAGCTTTTATCTGTAGGAAAAGCTATTTTAAAGATTTCTAGTGTATCTATAACTTTTTTGGGACGATATTGAATATTACAATCTTTAAATGCCTTTTTAATAAAATTCAAATCAAAATCTACATTATGAGCTACAAAAATGCAATCTTTTATCTTATCGTAGATTTCTTGTGCAACTTGATTAAAATATGGCGCTTGTTGTAGCATATTTTCT > USA300TCH1516_ALE/1527486‑1527760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |