| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | G→C | 100% | A155G (GCA→GGA) | ypdF ← | Aminopeptidase YpdF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 179.2 / ‑6.5 | 63 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (28/34); minor base A (0/1); total (28/35) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGAT > USA300TCH1516_ALE/1646053‑1646320 | tttATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACATTTATAACCAGATTCGAGAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTCCTTCCTTTTCAGTCATGTCTACtt < 2:467529/140‑1 (MQ=255) tATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCtttt < 1:231752/140‑1 (MQ=255) cACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTaca < 2:493901/140‑1 (MQ=255) acgtGCAACACCATGTGTTAATGCACCTCTATGACCAGAATCTACTTACGTACAGAATGTTGGTAAATCTGCTCCTTCTTCTTGAAGGTTAATTTCTTACAATGCCTTGAGTGCTTTTTCGTTCGTGCCTCCTTTTagaa < 2:295213/137‑1 (MQ=255) cTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTTCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaac < 1:173975/140‑1 (MQ=255) cTTGCAACACCATGAGGTAATGCACCTCTCTGACCAGATGCTAAAATAGTATCGAATGATGGTCACTCAGCTCCTAATTCTAGCATTTTACTTACTATTATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCATTTTaccca > 2:293634/1‑137 (MQ=255) gCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTGATAGTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGt < 1:187909/140‑1 (MQ=255) cacCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaaa < 1:634106/140‑1 (MQ=255) tgtgGTAATTCACCTCGATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatata < 1:373223/140‑1 (MQ=255) tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatata > 2:378252/1‑140 (MQ=255) gtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAACGCTTTTGCAGTCATGCCTCCTTTTACCAAAGTTAAAatatat > 2:279942/1‑140 (MQ=255) tgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATAtt > 1:144242/1‑140 (MQ=255) tAATGCATCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCTAATGATGGTCCATCTGCTCATTCTATGAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCat < 1:154645/140‑1 (MQ=255) tAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCat < 1:459198/140‑1 (MQ=255) aaTGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCata < 1:119073/140‑1 (MQ=255) tGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 1:338845/140‑1 (MQ=255) ctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACATTTAAAATATATTCATATGTTtcatc > 1:198668/1‑140 (MQ=255) ctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcatc > 1:271447/1‑140 (MQ=255) tATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTATAGAATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcttca > 1:454943/1‑140 (MQ=255) tATGACCAGATGCTACAATCGTATAGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTCATTCTATTTCATTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcatca > 2:330077/1‑140 (MQ=255) aTGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaa < 2:537262/140‑1 (MQ=255) tGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaac > 1:268557/1‑140 (MQ=255) ccAGATGCTACAATCGGATCGAATGATGGCCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGATTTATAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCGTGCTTCCTTTTCGAACAGTTAAAATATTTTTATATGTTTCGTAAACTat > 2:151046/1‑140 (MQ=255) cTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTACTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATAAATTCATATTTTTGATCAACAATATTAgtt > 2:112363/1‑138 (MQ=255) aCAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATATTTCATCAACAATATTAgctgc > 1:495239/1‑140 (MQ=255) cAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACATTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAcctgct > 2:356911/1‑140 (MQ=255) aaTCGTATCGAATGATGGTCCTTCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCGAATATTTCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGCTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtt < 2:22954/140‑1 (MQ=255) tCGTATCGAATGATGGTCTATCTGCTCCTATTTCTAGCATTTTGCTTTCTAAATTTGCCCTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTGTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 2:621119/140‑1 (MQ=255) tCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATTTTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGTCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:182759/140‑1 (MQ=255) gcGTATCGAATGATGTTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCCCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 2:573794/139‑1 (MQ=255) gTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTg > 2:449581/1‑140 (MQ=255) tgatgGTCCATCTTGTCCTAATTCGAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAg < 2:103826/140‑1 (MQ=255) gatgGTCCATCTGCGCCTAAGTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATTTTTCATCAACAATATTAACTGCTTTTTGAATTtaact > 2:417353/1‑138 (MQ=255) ggTCCATCTGCTCTTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAt < 2:162079/140‑1 (MQ=255) ggTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAt < 1:284157/140‑1 (MQ=255) cATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATGTTCTCCTAACTTTTTTTGCATTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCg > 1:320027/1‑140 (MQ=255) cATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCg > 1:1669/1‑140 (MQ=255) gCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGc > 1:500945/1‑140 (MQ=255) ccTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTGATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATc < 2:114622/140‑1 (MQ=255) tcaTTCTAGCATTTTGCTTTATAATCTTGCCTTTAATTCTTTTTCAGGCATGCCTCCTTTTACAACAGTGAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCtt < 2:292727/138‑1 (MQ=255) aaTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCttt > 1:583133/1‑140 (MQ=255) ttCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTCACAACAGTGAAAATATCTTCCTATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAATCCACATTCGTCAGCATCTTTGa < 2:335441/140‑1 (MQ=255) tAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGt < 1:275777/140‑1 (MQ=255) gCATTTTGCTTTCTTATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtct < 2:459406/140‑1 (MQ=255) gCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtct < 1:304427/140‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAt < 1:420011/140‑1 (MQ=255) tGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTCTGACGCCTCTaaat < 2:585786/140‑3 (MQ=255) cTTTCTACTATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGATTTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtttt < 2:132622/140‑1 (MQ=255) tttCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTACAATCTATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAACCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTATAATTTTa > 1:310472/1‑140 (MQ=255) tttCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTACAGTAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTa > 2:531980/1‑140 (MQ=255) tttCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGCTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTa > 2:474102/1‑140 (MQ=255) ttCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTAt < 1:229020/140‑1 (MQ=255) cTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTTATGCGGTGCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCt < 1:654537/140‑1 (MQ=255) ttatatTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTATACAACAGGTAAAATATATTCATATGCTTCATCAACAATATTAGCTGGTTTTTTAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTTACGTCTCTAATTTTATCTa < 2:260256/138‑1 (MQ=255) gCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACTATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGGCGTCTCTAATTTTATCTACAGTAtt > 2:395716/1‑140 (MQ=255) cTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTCCAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCCACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAg > 2:305258/1‑140 (MQ=255) cTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAg < 1:83764/140‑1 (MQ=255) aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAAt < 2:268557/140‑1 (MQ=255) cAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAt > 2:187993/1‑140 (MQ=255) aGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTGAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTTGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAACTTTGACATCTCTAATTTTATTTACAATATTAGAAATGATTGTTaagt > 2:363707/1‑138 (MQ=255) aGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATAAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATTTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATg > 1:201619/1‑140 (MQ=255) gTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGa < 1:418856/140‑1 (MQ=255) tCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGat > 2:527388/1‑140 (MQ=255) | TTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGAT > USA300TCH1516_ALE/1646053‑1646320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |