| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,607 | T→C | 20.6% | D22G (GAT→GGT) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,607 | 0 | T | C | 20.6% | 105.6 / 24.7 | 60 | D22G (GAT→GGT) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/21); new base C (5/7); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.84e-01 | |||||||||||
ATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTCTGAAAAATCTTGATATAA > USA300TCH1516_ALE/1744468‑1744746 | aTAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCATCATTATCCATAATTGTAGTAatat < 1:485582/140‑1 (MQ=255) aGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAaca < 1:217951/140‑1 (MQ=255) gCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTATCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAacac > 2:181571/1‑140 (MQ=255) ccAATGTTAATGCCACGCGCTTCAGGTCCTACACCGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACAcc < 2:520834/140‑1 (MQ=255) actGATAAAGCCACCCGCTTCAGTGCCTACAACTTTATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATATTTGTAGTAATAGCGGGGAAACTAACACCTg < 2:240297/138‑1 (MQ=255) tGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCATTGAAACTAACACCTGGt > 2:302160/1‑140 (MQ=255) aaGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCTTATTCTACAATTTTATCTGTTTCATAGCCATATACTACACCATTATCAATAATTGTAATAATATCCTTATAACTAACACCTGATTTcag > 1:62434/1‑138 (MQ=255) aaGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTACATAGCCATATGCTTTACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAATTAACACCTGttttatg > 1:256450/1‑137 (MQ=255) gCCACGCGATTCAGGGCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTGCAGTTGTGTCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGcc > 2:489336/1‑140 (MQ=255) cgcgCTTCAGGTCCTACAATGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGTTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATc < 1:400677/140‑1 (MQ=255) cgcgCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATc < 1:633749/140‑1 (MQ=255) gcccTTCAGGTCCTACAACGATATCCACATCCCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCt < 2:382925/137‑1 (MQ=255) cAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACg < 1:364046/140‑1 (MQ=255) cAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACg < 1:282290/140‑1 (MQ=255) acgaagtCAATATATCTGTATTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTTTTGCATACCCATATGTTTAACCATTATCAATAATTATAGTATTAACCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAAGATTGGACTTCTGATACGTa > 2:225893/7‑140 (MQ=255) aCGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTACCACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTATGATCCGTa > 2:208383/1‑140 (MQ=255) aCGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTa > 2:500696/1‑140 (MQ=255) cGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATCCGTAt > 2:651961/1‑140 (MQ=255) cGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGCTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTAt > 2:400765/1‑140 (MQ=255) cGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAAATTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTTAAGCTACCACCTGTTTTAGCCCAATCTTAAACTTCTGATACGTAt > 2:245274/1‑140 (MQ=255) tatCAACATGTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATGCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGc < 1:117706/140‑1 (MQ=255) tCACCATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCAGATGCTTCACCACTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCtt < 2:44434/140‑1 (MQ=255) tCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGACACTAAGAGGTGGTATCTGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTTCtt > 1:513616/1‑140 (MQ=255) aTCTCTGTCTTTTGCGTCTTTTACAATTTTATCTGTTGCATGGCCCTATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTTTGATACGTCTTGCGTTCAAt > 1:592128/1‑140 (MQ=255) gTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCAGAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTa < 2:62706/140‑1 (MQ=255) cGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTtcc > 2:148744/1‑140 (MQ=255) aCAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAAt < 2:112182/140‑1 (MQ=255) aCAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAAt < 1:134621/140‑1 (MQ=255) ttttttCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCTTAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCt < 1:118415/140‑1 (MQ=255) aTCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACg > 1:169486/1‑140 (MQ=255) tCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCCTTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGa > 2:656082/1‑140 (MQ=255) tCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTATATTGCGCACGa < 2:407871/140‑1 (MQ=255) tCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGa < 1:295819/140‑1 (MQ=255) tCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGa < 1:364295/140‑1 (MQ=255) tCTGTTGCATAGCCATATCCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGa < 1:643414/140‑1 (MQ=255) cTGTTGCATAGCCATATGCTGCACCATTATCCATAATTGTAGTAGTATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCATGAc > 1:405675/1‑140 (MQ=255) tGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACa < 2:204234/140‑1 (MQ=255) tGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACa < 2:115743/140‑1 (MQ=255) gTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACaa > 2:560220/1‑140 (MQ=255) ttGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGGCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTACTTTAAGTCCATTAATATTTCGTCCTAAATGGCTAACGACAAt > 2:516940/1‑140 (MQ=255) cATAGCCCTATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATtgt < 2:62434/140‑1 (MQ=255) aTAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAGTTGCTCAAGCCACTtgtg > 2:87687/1‑140 (MQ=255) aTAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGATTTCGGCCAATCTTGAAATTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATtgtg > 1:590244/1‑140 (MQ=255) ccATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCGCACGACAATTGTGACtt > 2:209308/1‑140 (MQ=255) cATATGCTTCACCATTATCGATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTGGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACttt > 1:399912/1‑140 (MQ=255) tatGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTAt > 1:606250/1‑140 (MQ=255) tatGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTAACTTTAt > 1:606094/1‑140 (MQ=255) tGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAGTTGTGACTTTAtgc > 1:498111/1‑138 (MQ=255) tGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATcc > 1:600416/1‑140 (MQ=255) cTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCaa > 1:14044/1‑140 (MQ=255) cACCATTTTCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAAttt < 2:256450/140‑1 (MQ=255) aTTATCCATAATTGTAGTTATATCCTTGAATCTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGATCTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTa < 1:298509/140‑1 (MQ=255) ttATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATATTGAACTTCTAAGACGTATTGCTTTAAATACATTAATATTTCCTCCTACATTGCTAACGACCACTGTACCTTTATCCAAtttattgt > 2:664146/1‑138 (MQ=255) tcaTCCATAATTGTAGTAATATCCTTGCAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGGACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACTACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTAt < 2:448619/138‑1 (MQ=255) aTCCTTAATTCTAGTAATCTCCTTGAAACTAACACCTGGGTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTAttt < 1:650033/140‑1 (MQ=255) ccATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTTTTTCt > 2:343499/1‑140 (MQ=255) cATAATTGTAGTAATACCCTTGAATCTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGATCTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTATTTTTTCCTCCTAAATTGCTCAGGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTCTg < 1:70945/140‑1 (MQ=255) gtagtaATATCCTTGAATCTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTTCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTCTGAAAAATc < 1:101342/140‑1 (MQ=255) agtaATATCCTTTAAACTAACACCTTGTTTCGCACAATCTTGAACTTCTGATACGTACTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCATAAACTGCTCACGACAATTTTCACTTTATCCAATTTTTCATTTCTGAAAAAGCtt < 2:389043/140‑1 (MQ=255) gtaATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTCTGAAAAATCTTg > 1:17077/1‑140 (MQ=255) aaTATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTCTGAAAAATCTTGat < 1:400765/140‑1 (MQ=255) tatCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTCTGAAAAATCTTGatat < 2:14044/140‑1 (MQ=255) tCCCTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATGAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTTTGAAAAATCTGGATataa > 2:6896/1‑140 (MQ=255) | ATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTCTGAAAAATCTTGATATAA > USA300TCH1516_ALE/1744468‑1744746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |