| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,915,579 | T→C | 6.1% | T81T (ACA→ACG) | metK ← | S‑adenosylmethionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,915,579 | 0 | T | C | 6.1% | 222.1 / 4.3 | 80 | T81T (ACA→ACG) | metK | S‑adenosylmethionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/38); new base C (2/3); total (39/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
TTCAATTTCTTCTTCGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCATTTGGATCGTCTT > USA300TCH1516_ALE/1915447‑1915718 | ttCAATTTCTTCTTCGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTTTATc > 1:639749/1‑140 (MQ=255)gtCAATTTCTTCTTCGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATc < 2:337344/139‑1 (MQ=255) aaTTCCTTCTTCGCTATCTTTATCCCGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCAGAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCaa < 1:220044/140‑1 (MQ=255) gttcttcttcGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAAtt < 1:600890/139‑1 (MQ=255) tcttcttcGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTGTCCACGCCTTGTGAAATGTCGGGTGATTGTTCATTAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTc < 2:236772/140‑1 (MQ=255) tcttcttcGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTTTTCATCAATTGCAGTTAAAATTGTCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTc < 1:191843/140‑1 (MQ=255) ttcttcGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCTTAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCtt > 1:288233/1‑140 (MQ=255) ttcttcGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCtt > 1:574814/1‑140 (MQ=255) ttcGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCTGGTGATTGTTCATCAATCGCATTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTaa < 2:435040/140‑1 (MQ=255) tcacTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAAt < 2:10560/137‑1 (MQ=255) tcGCTGTCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAAt < 2:10557/140‑1 (MQ=255) tcGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAACATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCGCTTGTGTATCCAATTCCTTTCAt > 2:462341/1‑140 (MQ=255) tcGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAAt < 1:199493/140‑1 (MQ=255) cGCTATCTTTATCACGATACACTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTAGACAATTTCTTTAAtt > 2:271859/1‑140 (MQ=255) cTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGt < 2:281492/140‑1 (MQ=255) tCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTCGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTtc < 2:414490/140‑1 (MQ=255) tttATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTtctc > 1:281735/1‑140 (MQ=255) aTCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTaa < 2:175419/140‑1 (MQ=255) tCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTCCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTaac > 2:104421/1‑140 (MQ=255) caggATACTCGAACGCTGTACCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCCTCACTCGCACTTAAAACTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTaaca < 2:431415/137‑1 (MQ=255) cACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTACCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCCATTTCTTTAATTGTTTCTCTaaca > 1:542165/1‑140 (MQ=255) aCGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTTATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTaacaa < 1:312305/140‑1 (MQ=255) gATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTCGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACt > 1:439423/1‑140 (MQ=255) gATACTCTAATGATTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTCGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACt > 1:470980/1‑140 (MQ=255) aTACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTAACAGAAGCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACtt > 1:654701/1‑140 (MQ=255) tACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACttt < 1:64256/140‑1 (MQ=255) caCTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACttt < 1:2267/139‑1 (MQ=255) ctctAATGCTTTATCCACGTCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCTATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCGTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCg < 2:562253/140‑1 (MQ=255) tctAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCgg > 1:294417/1‑140 (MQ=255) tATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACa < 1:567737/140‑1 (MQ=255) cACGCCTTGAGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATAtg > 1:488258/1‑140 (MQ=255) aCGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATAtgt > 1:196715/1‑140 (MQ=255) gCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATAtgttg < 1:95435/140‑1 (MQ=255) gcTTGAGCAATTTTAGGTGATTGTTCATCAATTGCAGTTAAATTTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCGAACAACTTTCGGAATATCAACATAtgttgt < 1:84440/139‑1 (MQ=255) ccTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATAtgttgt < 1:328104/140‑1 (MQ=255) gCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTACTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTAGGAATATCAACATATGATGTTGTata > 1:83090/1‑138 (MQ=255) cAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCGACATATGTTGTTGTAGaa > 1:530836/1‑140 (MQ=255) gTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATACCAACATATGTTGTTGTAGAAAttt > 1:364288/1‑140 (MQ=255) aGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGc > 1:52248/1‑140 (MQ=255) aGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACAATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGc > 1:192083/1‑140 (MQ=255) gTGATTGCTCATCCATCGCAGATAAAATTGCCATTGTTTCATAAACAGAACCATATGTTGCTCTTGTGGATCCAATTGTTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCg > 2:629852/1‑140 (MQ=255) ttGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAATTATAGGAATATAAACATATGTAGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGa > 2:95477/1‑140 (MQ=255) ttGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAAGATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGa < 1:192386/140‑1 (MQ=255) gtcatcaATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCa < 2:574814/139‑1 (MQ=255) tcaATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGACTATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGc < 1:519635/140‑1 (MQ=255) caATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGcc < 2:567664/140‑1 (MQ=255) aTCGCAGTTAAATTTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTTTGTATCTAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAAAAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCAt < 1:55482/140‑1 (MQ=255) aTCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCAt < 1:189138/140‑1 (MQ=255) tCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTGACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATa < 2:566107/140‑1 (MQ=255) tCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATa > 2:539493/1‑140 (MQ=255) tCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCCATCAATGCCATa > 2:623043/1‑140 (MQ=255) taGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCt < 1:93194/139‑1 (MQ=255) ttAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCTTTTTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTACCAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCtgtt < 2:484261/140‑1 (MQ=255) ttAAAATTGCCATTGCTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCtgtt > 1:492319/1‑140 (MQ=255) gCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTCGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAgt < 2:470980/140‑1 (MQ=255) gCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTCGTGTATCCAATTTCTTTAATTCTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAgt < 2:439423/140‑1 (MQ=255) ccATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAgtt > 2:153771/1‑140 (MQ=255) cATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGAGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCCGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAgttg < 2:451150/140‑1 (MQ=255) tGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGttt > 1:520825/1‑140 (MQ=255) cataatcataaCCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACaa < 2:295524/140‑1 (MQ=255) ataatcataaCCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGCTTCTCTAACAACTTACGGAATAACAACATAAGAAGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTAGTAACAGTTGTTTCACAAg > 1:79369/1‑140 (MQ=255) taatcataaCCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGc > 2:423518/1‑140 (MQ=255) taatcataaCCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGc < 1:665560/140‑1 (MQ=255) taatcataaCCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGAAATATCAACAACTATGAACAAAAAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGc > 1:316551/1‑140 (MQ=255) ataaCCATTTTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTacac < 2:239520/140‑1 (MQ=255) ataaCCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTCATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTacac < 2:64042/140‑1 (MQ=255) ccATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACTTTTGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGc < 1:401756/140‑1 (MQ=255) cATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTGGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAAAAGTTGTTTCACACGCTACCCGTGCa > 1:537772/1‑140 (MQ=255) cATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCa > 1:643207/1‑140 (MQ=255) cATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCa > 2:285914/1‑140 (MQ=255) tatTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCAtt < 1:422984/140‑1 (MQ=255) ttttGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCCCAAGCTACACGTGCATTTg > 2:50744/1‑140 (MQ=255) ttttGCTCTTGGGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCATTTg < 2:83640/140‑1 (MQ=255) tttGCTCTTGTGTAACCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCATTTgg > 2:452148/1‑140 (MQ=255) tGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCATTTGGAt < 2:154464/140‑1 (MQ=255) tctTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCATTTGGATCGt > 1:387713/1‑140 (MQ=255) tctTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTGGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCATTTGGATCGt > 2:312024/1‑140 (MQ=255) tctTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGACGGGGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCCCACGCTGCCCGTGCGTATGGATCGt > 2:394711/1‑140 (MQ=255) tctTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCAGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCCTACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCATTTGGGTCGt > 2:239388/1‑140 (MQ=255) tctTGTGTATCCAATTTATTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGGATATAAACATATATTTTTGTAGAAATTTGGCATGTGATCAATGCTATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAACTACACGTGCATTTTGATcat > 1:303740/1‑138 (MQ=255) tgtgTATCCAATTTCTTTAACTTTTTCTCTAACAACTCTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATCCCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCATTTGGATCGTCtt < 2:217697/140‑1 (MQ=255) | TTCAATTTCTTCTTCGCTATCTTTATCACGATACTCTAATGCTTTATCCACGCCTTGTGCAATGTCAGGTGATTGTTCATCAATCGCAGTTAAAATTGCCATTGTTTCATAATCATAACCATATTTTGCTCTTGTGTATCCAATTTCTTTAATTGTTTCTCTAACAACTTTCGGAATATCAACATATGTTGTTGTAGAAATTTCGCCGGCGATCAATGCCATACCTGTTGTAACAGTTGTTTCACAAGCTACACGTGCATTTGGATCGTCTT > USA300TCH1516_ALE/1915447‑1915718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |