| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,952,639 | A→G | 11.4% | Y700Y (TAT→TAC) | nisB ← | Nisin biosynthesis protein NisB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,952,639 | 0 | A | G | 11.4% | 178.9 / 9.1 | 70 | Y700Y (TAT→TAC) | nisB | Nisin biosynthesis protein NisB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/36); new base G (4/4); total (30/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
ATGGCTTATCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTAGTAGAAGCTTGTTATCTCCATAAACT > USA300TCH1516_ALE/1952509‑1952777 | aTGGCTTATCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTAATTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAAGAATTTCATACACAAGa > 2:446412/1‑140 (MQ=255) gCTTATCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTTGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCa < 1:419433/140‑1 (MQ=255) aTCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCt < 2:343804/140‑1 (MQ=255) tCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCtt > 2:226357/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGtt < 1:74236/140‑1 (MQ=255) tCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGttt < 2:561589/140‑1 (MQ=255) tCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGttt < 2:561534/140‑1 (MQ=255) tCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTACTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTAGAAAAAAAAAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGttt < 2:122248/140‑1 (MQ=255) taaTATCTGTATTTTTTTATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTTCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTa < 1:327879/139‑1 (MQ=255) aaTATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACAGATGATCATTTTTTGATTGAGGTAAAAATGGTTCTACTATACTTTCTCGTTTAt > 2:516366/1‑140 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2:192108/140‑1 (MQ=255) tttttATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTTCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTtata < 1:161024/140‑1 (MQ=255) ttATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTc < 1:226357/140‑1 (MQ=255) tatTTTGGAATTTCGATTTCGGTTCCTCGATAATATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCttt < 2:360155/140‑1 (MQ=255) tatTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTACAGATGAGGTGGCTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATCTTCttt > 1:451474/1‑140 (MQ=255) tatTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCttt > 2:99037/1‑140 (MQ=255) tttGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTtcat > 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(MQ=255) tttATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTtagta < 1:202061/140‑1 (MQ=255) ttATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTTGCTAATGATAAATTtagtag > 1:149967/1‑140 (MQ=255) taAATTTGTGTAACAACATCATACAGGTGGTCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCGATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTAGTAGAAg < 2:634856/140‑1 (MQ=255) aaTTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTAGTAGAAGCt < 1:99037/140‑1 (MQ=255) gtgtAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTAGTAGAAGCTTGTTa < 1:628665/140‑1 (MQ=255) tttCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTAGTAGAAGCTTGTTATCTCCATaa > 1:613510/1‑140 (MQ=255) cATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTATTAGAAGCTTGTTATCTCCATAAACt > 1:103295/1‑140 (MQ=255) | ATGGCTTATCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTAGTAGAAGCTTGTTATCTCCATAAACT > USA300TCH1516_ALE/1952509‑1952777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |