| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,485,771 | A→C | 8.4% | intergenic (‑89/+292) | mqo1 ← / ← lctP_2 | putative malate:quinone oxidoreductase 1/L‑lactate permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,485,771 | 0 | A | C | 8.4% | 161.8 / 5.3 | 64 | intergenic (‑89/+292) | mqo1/lctP_2 | putative malate:quinone oxidoreductase 1/L‑lactate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/33); new base C (3/3); total (28/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
ATACCGCCACCAATTAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACAAAGACAAAACCACAAACCTTAACAGCTATCAACCAATT > USA300TCH1516_ALE/2485633‑2485909 | ataCCGCCACCAATTAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑Caa < 1:147770/140‑1 (MQ=255) ccaccaATTAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CCATAGGtt > 1:573247/1‑140 (MQ=255) ccaccaATTAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CCATAGGtt > 1:78917/1‑140 (MQ=255) accaATTAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTcc < 1:625603/140‑1 (MQ=255) aTTAAGTTGACACCTGTTTTGCTTTATTGTTCTGTCATAACAACTACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATATGTTCCCATg < 2:603869/140‑1 (MQ=255) aTTAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACGAATACAGTCACCATATTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATAACACTTTAAATCAATAAGTGTAT‑CAATAGGTTCCAATg > 1:62995/1‑140 (MQ=255) ttAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATgg < 1:215004/140‑1 (MQ=255) ttAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATgg < 1:472898/140‑1 (MQ=255) tAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACTAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGt < 1:620179/140‑1 (MQ=255) tAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGt < 1:362097/140‑1 (MQ=255) tAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGATGTCATAACAAATACAGTCTCACTTTTTAAAATTAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAAGAGGTTCCCATGGt < 2:435407/140‑1 (MQ=255) aaGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTg < 2:545988/140‑1 (MQ=255) gATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑At < 2:455488/140‑1 (MQ=255) tGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGc < 1:5142/140‑1 (MQ=255) aTCTGTTTTGTTATGTTGTCTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTGTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTa < 1:314502/140‑1 (MQ=255) tCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTAt < 2:531043/140‑1 (MQ=255) cTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAATTTAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTAtt < 1:352125/140‑1 (MQ=255) ttttGCTATGTTGTGTTGTCATAACAACTACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAACTCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACt < 1:377524/140‑1 (MQ=255) ttGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTAt < 1:503175/140‑1 (MQ=255) tGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATTAATAATGTAACGTTCTATAAATACTACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATCACTATc < 1:358092/140‑1 (MQ=255) tGCTATGTCGTTTTGTTATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATc < 2:430600/140‑1 (MQ=255) 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1:283863/1‑140 (MQ=255) ttgtCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTatat > 1:545365/1‑140 (MQ=255) cggtCATAACAAATAGAGTCCCTCTTTTTAAAATGAATAATGGCACGTTCGAGAAATATGACATATTAATACCGCATTAAATCATTAAGTGTCT‑CATGAGGTTCGCGTGGGG‑ATGCTTTATTCATATCTACGATGgatag > 2:7487/3‑139 (MQ=255) gtCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CCATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTa < 2:78917/140‑1 (MQ=255) gtCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CCATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTa < 2:573247/140‑1 (MQ=255) aTAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGTAATACGACATATTAATTTCTTTTTTTTTTTTTTTGTGTTT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAata < 1:39054/140‑1 (MQ=255) aaCAATAACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATAtt < 2:27577/140‑1 (MQ=255) aTACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTtata < 1:584258/140‑1 (MQ=255) aTACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTtata > 2:230043/1‑140 (MQ=255) tACAGTCCCCCTTTTTAAAATTAATAATCGAACGTTCGAGAAATTCGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CCATCGGTTCCCATGTTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTataa < 2:317096/140‑1 (MQ=255) cAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTTACT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTAATATCTAATATGTATATTAATATTTTataata > 1:41185/1‑140 (MQ=255) ccTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCCCTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAac < 1:550992/140‑1 (MQ=255) tttAATATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAactact < 2:11045/140‑1 (MQ=255) aaaaTGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTCCTTTa > 1:571810/1‑140 (MQ=255) aaaaTGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTa > 2:500170/1‑140 (MQ=255) aaaaTGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTA‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTa > 1:275900/1‑140 (MQ=255) aaaTGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTaa > 2:38323/1‑140 (MQ=255) aaTGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAAt > 1:272854/1‑140 (MQ=255) tGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTCAATATTTGAG‑ATCTCCAATGGTTATATATTAAG‑ATACTCTAATACGATTAACTAGTTATATTAATAGTTTATAATAACGAAACTACTTTAATta > 1:319434/1‑140 (MQ=255) tGGAACCTTCGAGAAATACGACCTATTAAGACCACTTTAAATCAATAACTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGACACTACTTTAATTATATACtt < 2:409264/140‑1 (MQ=255) ggAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTAT‑CCATAGGATCTCCTGATG‑TCGCTCTTTCACTATCTCCTATCGAAAATATTCCTTTCAAATAACTAATCTACATGAATcatatttttt > 2:386534/1‑135 (MQ=255) cGTTCGAGAAATTCGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTAAAAAAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTAtgt < 1:17690/140‑1 (MQ=255) gagaAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAGTTATATACTTTATGTGCgtt > 2:587297/1‑138 (MQ=255) gagaAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTAATTTAATTATATACTTTATGTGCGAt > 2:362036/1‑140 (MQ=255) agaAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATa < 1:628553/140‑1 (MQ=255) aaaTACGATATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCTATGGTT‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGc < 2:590184/140‑1 (MQ=255) tACGCCATATTAATATCACTTTAAATCAATAAGTGTTT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATTTACTTTTTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGcaca < 1:226716/140‑1 (MQ=255) tACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGG‑TCCAAGTTTGAACTCCTTCTTAAGATTAACTATGTATATTAATCTGGTCTAAGAACAAAACTACTATAATTATATACTTTATGTGCAATAGcaca > 1:656804/1‑140 (MQ=255) atTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACAAAGACaaa < 1:38323/140‑1 (MQ=255) atTAATACCACTTTAAATCAATAAGTATCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACAAAGACaaa < 1:37963/140‑1 (MQ=255) tACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACCAGGACAAAACcac > 2:382211/1‑140 (MQ=255) cTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGAACAAAGACAAAACCACAAAcc > 1:665197/1‑140 (MQ=255) tCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATTCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACAAAGACAAAACCACAAACCTTAACAg < 1:87584/140‑1 (MQ=255) cAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACAAAGACAAAACCACAAACCTTCACCGc > 2:322911/1‑140 (MQ=255) cAATAAGTGTCC‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAACTATATACTTTATGTGCGATAGCACATAGTTAATTCTTCAAACCTTAACAGc < 2:473680/140‑1 (MQ=255) tct‑cAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATATACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACAAAGACAAAACCACGAACCTTAACAGCTATCAACCa > 1:461779/1‑140 (MQ=255) t‑cAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATAGTTTATGTACGATAGCACAAAGACAAAACCACAAACCTTAACAGCTATCAACCaat > 1:492299/1‑140 (MQ=255) cAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACAAAGACAAAACCACAAACCTTAACAGCTATCAACCaatt < 1:278006/140‑1 (MQ=255) cAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAAGAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACAAAGACAAAACCACAAACCTTAGAAGCTATCAACCagtt > 2:447432/1‑140 (MQ=255) | ATACCGCCACCAATTAAGATGACATCTGTTTTGCTATGTTGTGTTGTCATAACAAATACAGTCCCCCTTTTTAAAATGAATAATGGAACGTTCGAGAAATACGACATATTAATACCACTTTAAATCAATAAGTGTCT‑CAATAGGTTCCCATGGTG‑ATGCTCTATTACTATCTACTATGTATATTAATATTTTATAATAACGAAACTACTTTAATTATATACTTTATGTGCGATAGCACAAAGACAAAACCACAAACCTTAACAGCTATCAACCAATT > USA300TCH1516_ALE/2485633‑2485909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |