| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,063,909:1 | +C | 100% | coding (580/1218 nt) | ywtF ← | Putative transcriptional regulator YwtF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,063,909 | 1 | . | C | 91.4% | 111.9 / 6.0 | 35 | coding (580/1218 nt) | ywtF | Putative transcriptional regulator YwtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (12/20); total (13/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
TAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAAT > USA300TCH1516_ALE/1063777‑1064043 | tAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CC‑Cctttt < 1:336138/141‑1 (MQ=255) cAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTttttaatt > 1:263241/1‑141 (MQ=255) aaCTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTttttaattt < 2:243259/141‑1 (MQ=255) tCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTtttaattttaat > 1:106372/1‑141 (MQ=255) tCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTtttaattttaat > 1:33529/1‑141 (MQ=255) tCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CC‑CCTtttttatttttctt > 2:16712/1‑137 (MQ=255) tCCTGTGCCTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTtttaattttaat < 1:108958/141‑1 (MQ=255) ttGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 2:239481/141‑1 (MQ=255) gAATATAATCTGAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCAAGTTTAAATTCTGTATTATGATGTTTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCATCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTGATTTTAATCTTACCAGTatcat < 2:379048/141‑1 (MQ=255) tCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTa < 1:392009/141‑1 (MQ=255) tttaattaaTTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAg < 2:54339/140‑1 (MQ=255) aTTTGACCTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTc < 1:167936/141‑1 (MQ=255) tttGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCg > 1:37290/1‑141 (MQ=255) tttGACGTTGTCCACGTTTTAAGGCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCg < 1:64716/141‑1 (MQ=255) tGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTa < 1:294694/141‑1 (MQ=255) tGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTa < 2:236324/141‑1 (MQ=255) gACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTAt < 1:23996/141‑1 (MQ=255) gTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTGTGGCACATCATAg < 2:183758/141‑1 (MQ=255) aaGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCATATCATTGTatat < 2:46141/141‑1 (MQ=255) aGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATg > 1:231888/1‑141 (MQ=255) aGTCTGAATCATGATATCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAACTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATg > 1:294414/1‑141 (MQ=255) tCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGCGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTa > 2:359187/1‑141 (MQ=255) ctaCTGCTAATGCCTCATCCCCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACa < 2:75262/139‑1 (MQ=255) taCTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATCTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTATGTCGTATGGCACATCATAGTATCTGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCTACaa < 2:241116/140‑1 (MQ=255) aaCTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACaa < 2:33529/141‑1 (MQ=255) aaCTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CCGCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTGAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACaa < 2:233565/141‑1 (MQ=255) cTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTTTTTTTTATCTTACCAGTATCAGCCGTGTTAGGTTCATTTTAGTCGTATTGCACATCATAGTATCTCCCACCAACCTCACTCACAGCCTCGCCACATGCt > 2:296553/1‑141 (MQ=255) aaaGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCttt > 1:20660/1‑141 (MQ=255) aGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCa < 2:106372/141‑1 (MQ=255) cTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCatat < 1:174828/141‑1 (MQ=255) tcatcaCCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTTTTTTTTTTCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGTTTCATTTAAGTCTTATGGCACATCATAGTGTCTGCCACCAAGCTCTTTTACAGCCTCGACAATTGCTTTCATAtt > 2:118532/1‑141 (MQ=255) tcatcaCCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTCCCACAAACATCAATGAAAGGTTCATTAAAGTCGTATGGCACATCATAGAAAATACCACCAAACACATATACAGCCTCGACAAATGCTTTCATAtt > 1:34082/1‑141 (MQ=255) tcatcaCCATTTAATTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATAtt < 2:230046/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGATCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATGGACTCTCACata > 2:91441/1‑141 (MQ=255) ttGGTACCC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATaataat < 1:172741/141‑1 (MQ=255) | TAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTA‑CC‑CTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAAT > USA300TCH1516_ALE/1063777‑1064043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |