| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,078,566:1 | +T | 100% | coding (253/681 nt) | USA300HOU_RS10490 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,078,566 | 1 | . | T | 91.3% | 69.0 / 0.7 | 23 | coding (253/681 nt) | USA300HOU_RS10490 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base T (15/6); total (17/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
GATATGACAAATGCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑G‑‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAGA > USA300TCH1516_ALE/2078427‑2078692 | gATATGACAAATGCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑G‑‑t < 1:57126/141‑1 (MQ=255) tatGACAAATGCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑G‑‑ttt > 2:92524/1‑141 (MQ=255) tatGACAAATGCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAAAATAGTTGACATTAAGCAAT‑T‑G‑‑ttt > 2:257927/1‑141 (MQ=255) tatGACAAATGCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTAACTCACATCTGCTTAGTAAGAATATAAAAAAATCACACGCGTTCCCATTAATGTTAAGACAATGAATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑G‑‑ttt > 2:77129/1‑141 (MQ=255) gCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑G‑‑ttttttttgaacc > 2:31719/1‑135 (MQ=255) cATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACt > 1:249602/1‑141 (MQ=255) tatGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTgg < 2:250935/141‑1 (MQ=255) tGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTa > 1:83674/1‑141 (MQ=255) aGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAAc > 2:181770/1‑141 (MQ=255) aaaaaTAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGAATTAAGCGATGT‑T‑‑TTTTTTTGACACTGGGaaagtaatt > 1:335009/1‑135 (MQ=255) aaaaTAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGTTAAAATCataa > 2:340619/1‑140 (MQ=255) aaaaTAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCatat > 1:273559/1‑141 (MQ=255) aaaaTAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCatat > 1:357153/1‑141 (MQ=255) aaaaTAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGAAACTGGTAAACTCatat > 1:148242/1‑141 (MQ=255) aTTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATg > 1:156569/1‑141 (MQ=255) gCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCt > 1:395702/1‑141 (MQ=255) aTAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGAt > 1:253119/1‑141 (MQ=255) atatAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTc < 1:18264/141‑1 (MQ=255) atatAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTc < 2:389767/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTAATAAAAAGCATTCCAATTAAACTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTAGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTc < 1:18563/137‑1 (MQ=255) cAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCa < 1:232519/141‑1 (MQ=255) gTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATc > 1:148010/1‑141 (MQ=255) tGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCaaa > 1:351179/1‑141 (MQ=255) ttAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAaata < 1:181770/141‑1 (MQ=255) cATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATAttgt > 1:8840/1‑141 (MQ=255) aGTTGGCATTAAGCCAT‑TGG‑‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTtata > 1:217773/1‑141 (MQ=255) ggCATTAAGCAAT‑T‑GT‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAg > 1:9146/1‑141 (MQ=255) cATTAAGCAAT‑T‑GTTTTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAGa > 1:69530/1‑141 (MQ=255) | GATATGACAAATGCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAAT‑T‑G‑‑TTTTTTTGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAGA > USA300TCH1516_ALE/2078427‑2078692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |