| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | G→A | 100% | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140 → / → USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | 0 | G | A | 100.0% | 91.0 / ‑6.5 | 32 | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (19/12); minor base T (0/1); total (19/13) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAA > USA300TCH1516_ALE/76856‑77089 | tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa > 1:193445/1‑141 (MQ=255)tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa > 1:193461/1‑141 (MQ=255) ccACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGACAACACTGACCTGGTTAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACa < 1:268310/141‑1 (MQ=21) cACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAAGTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAt > 1:33858/1‑141 (MQ=255) cGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTCATTTATATAGTATTACTGCAAACATTg > 1:117944/1‑141 (MQ=255) aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTggg > 1:278679/1‑141 (MQ=255) acgCTAGCCAATCAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTTTAT‑GTGTTTACTTTGCAACAGAATCTATAAACAACATGGGTTTTAATGGTTTATTTAGTTAGTATTACCTCAAACATTGATTTGGGTCaaaa < 2:88509/139‑1 (MQ=18) tGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGAAATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaaaaa < 2:48018/141‑1 (MQ=255) gCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATCAATTAGTGATTAGCTACAG‑TGTTTTACGCGGCGACGCAGCCTATAGAGAACATTTTCGTAAAAGGTTAAGTGATATATTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAt < 2:390794/141‑1 (MQ=12) aGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATGGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAg > 1:368884/1‑141 (MQ=255) aGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAg > 1:49416/1‑141 (MQ=255) aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTAGTGCAAACATTCATTTCGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:185399/1‑141 (MQ=255) aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:147598/1‑141 (MQ=255) aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:302435/1‑141 (MQ=255) gCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaa > 1:209897/1‑141 (MQ=255) aaCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaa < 2:190859/141‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGGTTAGCTATATCTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCAt < 1:347734/141‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAGAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATa > 1:368486/1‑141 (MQ=255) aTTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAt > 1:209270/1‑141 (MQ=255) ggTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATc < 2:193445/141‑1 (MQ=255) aaataaatataA‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATc < 2:193461/134‑1 (MQ=255) tataT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGATTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTGTTGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGa < 2:272964/141‑1 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg < 2:22326/141‑1 (MQ=255) taaaccAGAAGCTAGAAAGAACATGGGCTTAAAAGGTTGTTTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATATGGGCCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTGAGCAAGCGAATTGACGGGGTTaaaa > 2:203225/6‑141 (MQ=255) tGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaaaa > 2:297944/1‑141 (MQ=255) aaCAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTACAAGGTTAATCTATATAGTATTACTGCCAACATTGATCTGGGACCAAAATTAGGGGGCTTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATAAAGCTGATTGGAGAGGCAaaaaaca > 2:64308/1‑138 (MQ=255) gAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATta > 1:228578/1‑141 (MQ=255) aCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtata > 1:319451/1‑141 (MQ=255) ccTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat > 2:103650/1‑141 (MQ=255) ccTAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatat < 2:333172/141‑1 (MQ=255) gtataAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTTCTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatata < 2:273677/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaTAGGCATAAAAGGATAATATAAATAATAATAATACAAACATTGATTTGGTTCAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa < 2:259151/139‑1 (MQ=255) | TGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAA > USA300TCH1516_ALE/76856‑77089 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |