Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,448,805 | T→C | 12.8% | N153D (AAT→GAT) | mhqA_2 ← | Putative ring‑cleaving dioxygenase MhqA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,448,805 | 0 | T | C | 12.8% | 88.6 / 6.6 | 39 | N153D (AAT→GAT) | mhqA_2 | Putative ring‑cleaving dioxygenase MhqA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/11); new base C (3/2); total (26/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.43e-01 |
GTATTTCGCCACCTAGACCACCCGTTCCAACTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTGAGAAAATATGACCATTGTT > USA300TCH1516_ALE/1448667‑1448937 | gTATTTCGCCACCTAGACCACCCGTTCCAACTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGCCCTGTAATATCTACATGATTCa > 2:199230/1‑141 (MQ=255) gTATTTCGCCACCTAGACCACCCGTTCCAACTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTAAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTATTATCCACATACTTCa > 2:215183/1‑141 (MQ=255) ttCGCCACCTAGACCACCCGTTCCACCTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACttt < 2:277218/141‑1 (MQ=255) cACCTAGACCACCCGTTCCAACTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGaa > 1:363586/1‑141 (MQ=255) ccTAGACCACCCGCTCCAACTTTGAATACTTGGACATGATAATCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATCCACTTTAAGAATc < 1:348047/141‑1 (MQ=255) accaccCGTTCCAACTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTgg < 1:103143/141‑1 (MQ=255) ccGTTCCAACTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCGTTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATGTCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTa > 2:330662/1‑141 (MQ=255) ccGTTCCAACTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTa > 1:135417/1‑141 (MQ=255) ccAACTTTGATTTCTGGGTCATGATAGTCAGCATTGTCGAATAGTGTGTATTCTACTAATCCTTCAACTCCTAATATCGTTGTTAAAAGTTGCCCTATAATATCTCCAGTACTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCt < 2:113274/141‑1 (MQ=255) ccAACTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCt < 2:329064/141‑1 (MQ=255) aCTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGc > 1:231909/1‑141 (MQ=255) aCTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGc > 1:31890/1‑141 (MQ=255) cTTTGAATACTTGGACCTGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTCCATGATTCAGTTTATGAATCCCTGCTCCTAAACCTTGCa > 1:28381/1‑141 (MQ=255) aacacgcggACAGGATAGGCAGCATCGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCCACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGa < 1:182022/134‑1 (MQ=255) tACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATg > 2:319943/1‑141 (MQ=255) cTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTTACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTa > 1:90156/1‑141 (MQ=255) acaGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTCAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGAc < 1:179477/139‑1 (MQ=255) aGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCg > 2:88657/1‑141 (MQ=255) ttGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATCCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCa > 2:163466/1‑141 (MQ=255) gTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCCAGTCCGAATATCTTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACATTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCaaa > 2:41728/1‑141 (MQ=255) gTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCCAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAAAGGATTGACCGCACTTTCaaa > 2:181086/1‑141 (MQ=255) gTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCaaa > 2:89244/1‑141 (MQ=255) gAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATCCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAaaga > 1:397059/1‑141 (MQ=255) cAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCaa > 1:155083/1‑141 (MQ=255) aaTACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACg > 1:102748/1‑141 (MQ=255) ttCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATa < 1:88657/141‑1 (MQ=255) ttAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATCCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAatata > 2:308976/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTCGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAatata < 2:266377/141‑1 (MQ=255) aaTTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTga > 1:218358/1‑141 (MQ=255) aTTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTgag > 1:254402/1‑141 (MQ=255) tttGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTgaga > 2:276970/1‑141 (MQ=255) tcgACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTGAGaa < 1:307981/139‑1 (MQ=255) aCCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATCCCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATCTATTGGGaaaaa > 2:188692/1‑140 (MQ=255) cTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTGAGAAAatat > 1:10236/1‑141 (MQ=255) tatCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTACTAGAGCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTTTCGTTTGAATATATTGAGAAAATATGTCCAt > 2:142717/1‑141 (MQ=255) atCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTGAGAAAATATGACCAtt < 1:267201/141‑1 (MQ=255) tCTACATGATCCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTGAGAAAATATGACCATTg < 1:308976/141‑1 (MQ=255) cTACCTGATTCACGTCAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGCTGTATCCTTCTGCCGTCGCTCTCAACCAAAGACATCCCTAAACCATCGCCACTCGTTTTCTCGTTGGAATATATTTAGAAAAGATAAccgattt < 2:155083/141‑6 (MQ=255) tACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTGAGAAAATATGACCATTGtt > 1:283347/1‑141 (MQ=255) | GTATTTCGCCACCTAGACCACCCGTTCCAACTTTGAATACTTGGACATGATAGTCAGCATTGTCGAAGGGTTGGTATTCTGCAAATACTTCAAGTCCGAATATATTTGTTAAAATTTGACCTGTAATATCTACATGATTCACTTTAAGAATCACTGGTCCTAAACCTTGCACTTGATGTAACGGATTGACCGCACTCTCAAAAGAAGGCATACCTAAACCAACGCCATAATTATTCTCGTTTGAATATATTGAGAAAATATGACCATTGTT > USA300TCH1516_ALE/1448667‑1448937 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |