| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,499,376 | C→A | 100% | G883V (GGT→GTT) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,499,376 | 0 | C | A | 100.0% | 109.9 / NA | 37 | G883V (GGT→GTT) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (15/22); total (15/22) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCCTCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTACCTACAGGTGGTATGAATACAACATAATCTTGCGGTCGTATAGTAATTGTATTATGCACCCCATCAGGTGTACCAGTCGCAAGTATCGTATAACCAGATGGTATTTGATCTGCCTCACTACCACCATTCGTAGT > USA300TCH1516_ALE/1499240‑1499509 | gCCTCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGAATATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCGTTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAATTACTGCTCTAATTTGTTTAACTAc > 1:161621/1‑141 (MQ=255) catCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACa < 2:245545/139‑1 (MQ=255) tCGATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAgg < 1:245648/141‑1 (MQ=255) gATAGTATTTGGCATTTATTCCAACAGGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGATAGGATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTACTTTATTATAATAAACTACTGCTCTAATTTGTTTAACTACAggtg < 1:91216/141‑1 (MQ=255) 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USA300TCH1516_ALE/1499240‑1499509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |