| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | G→A | 100% | H104Y (CAC→TAC) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | 0 | G | A | 95.7% | 64.0 / ‑5.0 | 22 | H104Y (CAC→TAC) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (13/8); total (13/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAC > USA300TCH1516_ALE/1744242‑1744499 | tACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTAc < 1:108576/141‑1 (MQ=255) aCCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTAcc > 2:38285/1‑141 (MQ=255) aCCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTc > 2:124448/1‑141 (MQ=255) ccTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATAc > 1:163859/1‑141 (MQ=255) tATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTACTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTAATACTGATAACGAATGACTTCACg > 1:356675/1‑141 (MQ=255) gctgctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGCCTTCACGAGGt > 2:160449/1‑141 (MQ=255) gctgctTCAATCGTACAACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGt > 1:234957/1‑141 (MQ=255) ctgctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTa > 2:121720/1‑141 (MQ=255) gTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCcttct > 2:23360/1‑141 (MQ=255) tACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCcttctt < 1:38285/141‑1 (MQ=255) accaccAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCttt > 1:361443/1‑141 (MQ=255) gCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGt > 2:348193/1‑141 (MQ=255) aaaTCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTTATACTTATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTGCTTTTCTAACAGGTGCAAAg < 1:241345/141‑1 (MQ=255) atcatcTGTTATTAACACCCGTCGACCTGGTTGAATAGAAAAAT‑‑TGCATTAGATTTAAACATTTGTCCCATATTCTAGGGCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGcc < 1:89384/141‑1 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa < 2:98809/141‑1 (MQ=255) catcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCaa > 1:63240/1‑141 (MQ=255) gTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATcccc < 1:121720/141‑1 (MQ=255) aaCACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTGGTACCATATTCTAGGGCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGaa < 1:103798/141‑1 (MQ=255) ttGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCTTTGAATAGGCTAc > 1:101212/1‑141 (MQ=255) tttAATTGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGcc < 1:380256/141‑1 (MQ=255) tGCATCTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGAt > 1:396411/1‑141 (MQ=255) cTTTGTACATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGc < 1:250323/141‑1 (MQ=255) tgtaCATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAc < 2:35025/141‑1 (MQ=255) | TACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATT‑G‑TTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAC > USA300TCH1516_ALE/1744242‑1744499 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |