| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,784,861 | C→T | 10.8% | T309T (ACG→ACA) | aur ← | Zinc metalloproteinase aureolysin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,784,861 | 0 | C | T | 10.8% | 94.9 / 3.9 | 37 | T309T (ACG→ACA) | aur | Zinc metalloproteinase aureolysin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/19); new base T (2/2); total (16/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
TGTGTTAATTCGTGTGCTACTACGTCATTTGCACCCGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCATCTTTTACGAAGTTTTCAT > USA300TCH1516_ALE/2784721‑2784997 | tgtgtTAATTCGTGTGCTACTACGTCATTTGCACCCGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGc > 2:207548/1‑141 (MQ=255)tgtgtTAATTCGTGTGCTACTACGTCATTTGCACCCGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGc > 1:224790/1‑141 (MQ=255) tAATTCGTGTGCTACTACGTCATTTGCACCCGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCTTTATTTCTGTTATCTTGACCACCGCAGTTCTTAACATGCGTTaa < 1:216309/141‑1 (MQ=255) aTTCGTGTGCTACTACGACATTTGCACCCGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCATCATCACCATCGATCATTTTGTCACCGAGCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACTGTAGTTATTAACATGCGTTAATg < 1:83671/141‑1 (MQ=255) gTCATTTGCACCCGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTTTCTTGACCACCCTAGTTATTAACTTGCGTTAATGAAATCTTTGGATTAcc > 2:222482/1‑141 (MQ=255) ttGTACCCGTTTAACTTGTGAATTGGCTACCATCACCTGCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGTATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACAAccaaggt < 1:277194/141‑6 (MQ=255) ttGCACCCGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATTCGTTCATTGAACAATTTGCCTCTCTTGGt > 2:152220/1‑141 (MQ=255) cGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCata < 2:209843/141‑1 (MQ=255) cGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCata < 2:337391/141‑1 (MQ=255) ttGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCAc < 2:251808/141‑1 (MQ=255) gtgAATGTGCGACCATCACCATCACCAGAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTGTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTACCATGCTGTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGa > 2:188/1‑141 (MQ=255) tgAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGAc > 1:281206/1‑141 (MQ=255) gtgCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAAt < 2:245110/141‑1 (MQ=255) tgCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAAtg < 2:32957/141‑1 (MQ=255) tCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATAtgttt < 1:32937/141‑1 (MQ=255) ttGTCACTGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGCCCACCGTAGTTATTAACATTCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATCTGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTa > 2:23780/1‑141 (MQ=255) tGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTATGTAATAATCATATgtttgttttc > 2:63063/1‑139 (MQ=255) gTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATTTTTGTTTAGc > 2:24018/1‑141 (MQ=255) gTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGc > 1:176691/1‑141 (MQ=255) gTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTGGTTGAGc > 1:285327/1‑141 (MQ=255) aCCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGta > 1:116036/1‑141 (MQ=255) ccATGCGGCATTATTTCTGTTATTTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAAtt < 1:105992/141‑1 (MQ=255) cATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGTGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGCCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAAttt > 2:72405/1‑141 (MQ=255) cATGCGGCATCATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGTGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAAttt > 2:267302/1‑141 (MQ=255) ggCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATc < 1:342579/141‑1 (MQ=255) attattTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTAc < 2:165106/141‑1 (MQ=255) aTCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTg < 2:121407/141‑1 (MQ=255) cTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCt < 2:224790/141‑1 (MQ=255) cTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCt < 1:207548/141‑1 (MQ=255) ttGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTc < 1:146671/141‑1 (MQ=255) ttGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATACGTTTGTTTAGCGTAATAAGTTGCATCTACTCCAGCACGTTGCTc < 1:216280/141‑1 (MQ=255) gACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCAt > 2:142135/1‑141 (MQ=255) ccaccGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCATCt > 1:13616/1‑141 (MQ=255) aGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCATCTTTTACGa > 1:214016/1‑141 (MQ=255) aGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCATCTTTTACGa > 1:190894/1‑141 (MQ=255) attaACATGCGTTAATGAAAGAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCATCTTTTACGAAGtt < 2:32514/141‑1 (MQ=255) aCATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCATCTTTTACGAAGTTTTCa < 1:142135/141‑1 (MQ=255) cATGTGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCATCTTTTACGAAGTTTTCAt < 1:267302/141‑1 (MQ=255) cATGTGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCATCTTTTACGAAGTTTTCAt < 1:72405/141‑1 (MQ=255) | TGTGTTAATTCGTGTGCTACTACGTCATTTGCACCCGATAAACTTGTGAATGTGCGACCATCACCATCACCATAGATCATTTTGTCACCGATCCATGCGGCATTATTTCTGTTATCTTGACCACCGTAGTTATTAACATGCGTTAATGAAACAATTGGACTACCTTGGTTGTCATATGATTCACGACCAAATGTGTCTTTGTAATAATCATATGTTTGTTTAGCGTAATAATTTGCATCTACGCCAGCACGTTGCTCATCTTTTACGAAGTTTTCAT > USA300TCH1516_ALE/2784721‑2784997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |